就在孫文成立興中會，在海外尋求發動革命之時，28 歲的章炳麟此時正躲在經學大師俞樾（1821－1907年）主持的诂經精舍中，撰寫他的《春秋左傳讀》（五卷），批駁清代今文學家劉逢祿《左傳》不傳《春秋》之說。
不過，他并沒能像1894年撰寫的《獨居記》那樣，獨居在诂經精舍中專心于古經文學的研究，還是忍不住寄了16個銀圓，作為會費加入康有為設立的上海強學會。
1897年1月，他離開诂經精舍，到上海在梁啟超主筆的《時務報》報館供職。3個月後，便因不滿康有為倡言建立孔教、自封“教主”，在遭到康氏門徒圍攻毆打後憤而離滬返杭。
返杭後，與人創辦“興浙會”，為《實學報》和《譯書公會報》撰稿，發表包含改良思想、革命意識、儒家經學要義的文章，為他赢得了各界人士的尊重。
張之洞1898年春邀請他赴武昌籌辦《正學報》，但未滿一月即離去；7月，在滬任《昌言報》主筆，發表《商鞅》、《弭兵難》、《書漢以來革政之獄》等支援維新變法的文章。
戊戌政變後，為躲避清政府迫害舉家避難台灣，但與康有為和梁啟超保持書信往來。
1899 年，應梁啟超及留日學生邀請，東渡日本，并與孫文相識，但不久離日回國，出任《亞東時報》主筆。
此時的章炳麟已經是一個主張變革以救國的具有革命意識的民族革命者了，義和團風暴時應邀參加唐才常在上海舉辦的“國會”會議，當衆剪掉辮子以示與滿清決裂。
1903年在上海愛國學社任教，結識鄒容、章士钊等，并為鄒容的《革命軍》作序，還發表了《駁康有為論革命書》，由此開始抛棄社會改良思想。
1904 年冬，蔡元培在上海成立光複會，章炳麟加入并為骨幹。
章炳麟由儒學而改良而革命的轉變，代表的是具有激進傾向的士大夫知識階界層，在即将到來的社會革命之前的心路演變過程。而那些還沒有資格成為獨立知識分子的年輕人的思想，就要單純多了。對這些年輕人來說，最能讓其心血澎湃的便是如革命黨人那樣，公開地倡導反滿和鼓吹革命。
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