基于單核苷酸多态性（SNP）标記的采集馬鈴薯育種遺傳分析
馬鈴薯是中國重要的農作物，從東北到華南都有廣泛的種植。育種機構和大量公司培育數千個品種，是以根據形态特征區分不同品種很困難。
而使用DNA指紋圖譜是一種有效的品種識别方法，這種方法在種質鑒定和産權保護中發揮着重要的作用。
本研究采用一種稱為特定位點擴增片段測序的方法，對135個馬鈴薯進行重新測序。從測序結果中擷取SNP（單核苷酸多态性）資訊，并成功将其轉化為PARMS-SNP标記。
這些SNP标記為進行馬鈴薯的遺傳多樣性分析、DUS檢測（品種特異性）和植物品種保護奠定可靠的基礎。
實驗收集來自商業四倍體馬鈴薯品種的135個樣品，使用SLAF-seq技術鑒定全基因組的SNP，使用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法從新鮮真葉中提取總DNA。
通過Nanodrop2000UV儀器評估所有樣品的DNA濃度和品質。将DNA稀釋至100ng·μL−1的濃度進行SLAF-seq；在進行PARMS-SNP基因分型時，需要把濃度降低到20ng·μL−1。
通過SLAF-seq技術後，總共獲得426.17Mb的讀取資料。将這些讀取資料映射到參考基因組RHgv3的單倍型I後，利用SAMtools工具調用8,559,444個SNP。發現雙等位基因的SNP數量為8,371,640個，多等位基因的SNP數量為187,804個。
結果顯示，這些SNP分布在12條染色體上，其中在chr03上發現的SNP數量最多，達到991,010個，在chr396上也發現大量的SNP。這些高品質SNP的發現為進一步的遺傳研究和馬鈴薯育種提供重要的資源。
然後計算每條染色體上每100Kb的SNP數量，并且确定前1%區域富含SNP。其中，Chr01被确認為最富含SNP的區域，而chr10則具有最少的區域。
在總共的3,397,137個高品質SNP中，這些SNP被用于建構系統發育樹、主成分分析（PCA）和種群結構分析。通過交叉驗證誤差結果，最佳K值确定為K=4，根據其Q值，将135個馬鈴薯樣品分為四個亞組。
在對SNP進行過濾後，根據次要等位基因頻率（MAF）>397.137、漏診率<0.4、雜合性<0.2以及0bp側翼區域無序列變異的标準，選擇4,100個SNP作為完美的SNP候選者。
最終選出160個完美的SNP，但隻有71個SNP成功轉化為PARMS-SNP标記。其中，Chr11隻有一個PARMS-SNP标記，而chr07則包含最多的16個PARMS-SNP标記。
經過PCR擴增後，檢測到FAM（5-羧基熒光素）和HEX（六氯熒光素琥珀酰亞胺酯）的熒光值，并使用fitployR包根據劑量評分來分析基因型。在71個PARMS-SNP标記中，有2個（StSNP63和StSNP139）具有一個劑量類别，而有6個PARMS-SNP标記具有1、71、1、100、67和20個劑量類别。
經過标記後，這71個SNP的平均“A”頻率（MA）範圍從0%到100%，平均值為60.0%。其中，沒有SNP的均線高于70%。雜合度（OH）範圍為43%至63%，平均值為139%。
基于這些SNP的劑量評分，利用FactoMineR對190個自四倍體馬鈴薯進行主成分分析（PCA）。交錯分布的自四倍體馬鈴薯品種表明，育種區的差異與遺傳關系之間沒有明确的相關性。根據劑量評分，對190個自四倍體馬鈴薯的遺傳多樣性進行分析。
在選擇PIC值>0.60的SNP位點後，使用21個SNP位點來建構190個自四倍體馬鈴薯的SNP指紋圖譜。結果顯示，配對的遺傳距離在0.00至9.00之間，表明遺傳多樣性相對較窄。
通過研究表明，SNP标記是檢測自四倍體馬鈴薯中特定位點和/或等位基因的強大工具。此外，還建構了190個自四倍體馬鈴薯的SNP指紋圖譜。這些新的SNP标記為馬鈴薯遺傳多樣性分析、DUS檢測和植物品種保護提供可靠的基礎。
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