人仍未看懂卻依然有人說這根本不是電影是預言！第2/3集。
這些詭異的畫面你看過幾個？嘴巴像是被溶解，一支筆變成了機械昆蟲，張牙舞爪的鑽進人的身體。黑童話中才存在的幽暗古堡分不清是噩夢還是現實。
尼奧把紅色藥丸一口吞下，精神開始保護。他看到破裂的鏡子正在複原，自己的身體像是液體般晃動，仿佛是泡在水裡。再次睜開眼他發現全身插滿鐵管恐懼讓尼奧睜開束縛。眼前的畫面卻好似地獄，天空被烏雲籠罩。數以萬計的人類整齊密布組成一座深不見底的高塔。
驚歎之餘，一隻機械蜘蛛飛到尼奧面前，拔出尼奧腦後的電線将他沖進下水道。等他再次醒來時看到墨菲爾斯和一群人正圍在身邊，自己的樣貌也發生了改變，一頭秀發沒了不說，腦後還有個小井蓋兒。
經過詢問原來現在是2199年的世界。在過去的21世紀人類發明了人工智能。随着機器人越來越聰明，人類不可避免的與機器人發生了戰争。節節敗退的人類為了赢得戰争決定将天空染黑。殺死以太陽為能源的機器人，機器人走投無路竟然将人類變成電池。數以萬計的人類被種植在樹上讓每個人類都活在夢中。
先知曾預言會出現一個救世主，他能帶領人類戰勝AI，而尼奧正是墨菲斯要找的救世主。接線員把所有國術功法輸入到尼奧的腦中，讓他成為了功夫大師。墨菲斯讓尼奧覺醒和他大戰了幾百回合，讓他明白了在程式中人的速度和力量是無限的甚至都不用呼吸。
但尼奧雖然領悟卻遲遲無法覺醒。墨菲斯隻好将他帶回母體世界尋找先知的指點。而所謂的先知也隻是一個住在貧民社群的黑人大媽，大媽叼着煙卷兒說：這輩子不可能覺醒了，下輩子吧。但墨菲爾斯會為你而死，你要先去救他。先知不愧是先知，說的話尼奧是一句都沒聽懂。看來這一家人都是謎語人。
另一邊這群人中的小胡子竟然叛變，讓黑衣人發現了尼奧等人。在衆人四散而逃時小胡子拿出藏好的電話，先一步回到了現實世界。他用電磁槍偷襲了接線員，接着向衆人自曝，說自己就是那個叛徒。他受夠了陰暗潮濕的飛船，看不到希望的戰争，還有黏嗓子的糊糊。小胡子已經和黑衣人商量好，隻要把尼奧和墨菲斯殺死，他就能再次回到母體，在夢中享受榮華富貴。說着就把隊友的管子拔了，母體世界的隊友也當即死亡，接着他走向了尼奧。
