閱讀導讀：
1.R語言如何檢查檔案或目錄是否存在？如何重命名一個檔案？
2.R語言如何檢視和修改目錄的權限？
3.R語言如何删除一個檔案？
4.用R語言管理一個檔案系統時，都有哪些特殊的目錄？
5.如何檢視R軟體指定包所在目錄？
1. 檔案系統介紹
計算機的檔案系統是一種存儲群組織計算機資料的方法，它使得對其通路和查找變得容易，檔案系統使用檔案和樹形目錄的抽象邏輯概念代替了硬碟和CD光牒等實體裝置使用資料塊的概念，使用者使用檔案系統來儲存資料不必關心資料實際儲存在硬碟（或者CD光牒）的位址為多少的資料塊上，隻需要記住這個檔案的所屬目錄和檔案名。在寫入新資料之前，使用者不必關心硬碟上的那個塊位址沒有被使用，硬碟上的存儲空間管理（配置設定和釋放）功能由檔案系統自動完成，使用者隻需要記住資料被寫入到了哪個檔案中。
R語言和其他程式設計語言一樣，都有對檔案系統的操作，包括檔案操作和目錄操作，函數API都定義在base包中。
2. 目錄操作
系統環境：
- Linux: Ubuntu Server 12.04.2 LTS 64bit
- R: 3.0.1 x86_64-pc-linux-gnu
2.1 檢視目錄
檢視目前目錄下的子目錄。
# 啟動R程式
~ R
# 目前的目錄
> getwd()
[1] "/home/conan/R/fs"
# 檢視目前目錄的子目錄
> list.dirs()
[1] "." "./tmp"
檢視目前目錄的子目錄和檔案。
> dir()
[1] "readme.txt" "tmp"
<span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"># 檢視指定目錄的子目錄和檔案。</span>
<span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"># 隻列出以字母R開頭的子目錄或檔案</span>
檢視目前目錄的子目錄和檔案，同dir()函數。
> list.files()
[1] "readme.txt" "tmp"
> list.files(".",all.files=TRUE)
[1] "." ".." "readme.txt" "tmp"
檢視完整的目錄資訊。
# 檢視目前目錄權限
> file.info(".")
size isdir mode mtime ctime atime uid gid uname grname
. 4096 TRUE 775 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:41:57 1000 1000 conan conan
# 檢視指定目錄權限
> file.info("./tmp")
size isdir mode mtime ctime atime uid gid uname grname
./tmp 4096 TRUE 775 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 1000 1000 conan conan
2.2 建立目錄
# 在目前目錄下，建立一個目錄
> dir.create("create")
> list.dirs()
[1] "." "./create" "./tmp"
建立一個3級子目錄./a1/b2/c3
# 直接建立，出錯
> dir.create(path="a1/b2/c3")
Warning message:
In dir.create(path = "a1/b2/c3") :
cannot create dir 'a1/b2/c3', reason 'No such file or directory'
# 遞歸建立，成功
> dir.create(path="a1/b2/c3",recursive = TRUE)
> list.dirs()
[1] "." "./a1" "./a1/b2" "./a1/b2/c3" "./create" "./tmp"
# 通過系統指令檢視目錄結構
> system("tree")
.
├── a1
│ └── b2
│ └── c3
├── create
├── readme.txt
└── tmp
2.3 檢查目錄是否存在
# 目錄存在
> file.exists(".")
[1] TRUE
> file.exists("./a1/b2")
[1] TRUE
# 目錄不存在
> file.exists("./aa")
[1] FALSE
2.4 檢查目錄的權限
檢查目錄的權限
> df<-dir(full.names = TRUE)
# 檢查檔案或目錄是否存在，mode=0
> file.access(df, 0) == 0
./a1 ./create ./readme.txt ./tmp
TRUE TRUE TRUE TRUE
# 檢查檔案或目錄是否可執行，mode=1，目錄為可以執行
> file.access(df, 1) == 0
./a1 ./create ./readme.txt ./tmp
TRUE TRUE FALSE TRUE
# 檢查檔案或目錄是否可寫，mode=2
> file.access(df, 2) == 0
./a1 ./create ./readme.txt ./tmp
TRUE TRUE TRUE TRUE
# 檢查檔案或目錄是否可讀，mode=4
> file.access(df, 4) == 0
./a1 ./create ./readme.txt ./tmp
TRUE TRUE TRUE TRUE
修改目錄權限。
# 修改目錄權限，所有使用者隻讀
> Sys.chmod("./create", mode = "0555", use_umask = TRUE)
# 檢視目錄完整資訊，mode=555
> file.info("./create")
size isdir mode mtime ctime atime uid gid uname grname
./create 4096 TRUE 555 2013-11-14 08:36:28 2013-11-14 09:07:05 2013-11-14 08:36:39 1000 1000 conan conan
# create目錄不可以寫
> file.access(df, 2) == 0
./a1 ./create ./readme.txt ./tmp
TRUE FALSE TRUE TRUE
2.5 對目錄重名
# 對tmp目錄重命名
> file.rename("tmp", "tmp2")
[1] TRUE
# 檢視目錄
> dir()
[1] "a1" "create" "readme.txt" "tmp2"
2.6 删除目錄
# 删除tmp2目錄
> unlink("tmp2", recursive = TRUE)
# 檢視目錄
> dir()
[1] "a1" "create" "readme.txt"
2.7 其他功能函數
拼接目錄字元串
# 拼接目錄字元串
> file.path("p1","p2","p3")
[1] "p1/p2/p3"
> dir(file.path("a1","b2"))
[1] "c3"
擷取最底層的子目錄名
# 目前目錄
> getwd()
[1] "/home/conan/R/fs"
# 最底層子目錄
> dirname("/home/conan/R/fs/readme.txt")
[1] "/home/conan/R/fs"
# 最底層子目錄或檔案名
> basename(getwd())
[1] "fs"
> basename("/home/conan/R/fs/readme.txt")
[1] "readme.txt"
轉換檔案擴充路徑
# 轉換~為使用者目錄
> path.expand("~/foo")
[1] "/home/conan/foo"
标準化路徑，用來轉換win或linux的路徑分隔符
# linux
> normalizePath(c(R.home(), tempdir()))
[1] "/usr/lib/R" "/tmp/RtmpqNyjPD"
# win
> normalizePath(c(R.home(), tempdir()))
[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1"
[2] "C:\\Users\\Administrator\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpMtSnci"
短路徑，縮減路徑的顯示長度，隻在win中運作。
# win
> shortPathName(c(R.home(), tempdir()))
[1] "C:\\PROGRA~1\\R\\R-30~1.1"
[2] "C:\\Users\\ADMINI~1\\AppData\\Local\\Temp\\RTMPMT~1"
3. 檔案操作
3.1 檢視檔案
> dir()
[1] "create" "readme.txt"
# 檢查檔案是否存在
> file.exists("readme.txt")
[1] TRUE
# 檔案不存在
> file.exists("readme.txt222")
[1] FALSE
# 檢視檔案完整資訊
> file.info("readme.txt")
size isdir mode mtime ctime atime uid gid uname grname
readme.txt 7 FALSE 664 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 1000 1000 conan conan
# 檢視檔案通路權限，存在
> file.access("readme.txt",0)
readme.txt
# 不可執行
> file.access("readme.txt",1)
readme.txt
-1
# 可寫
> file.access("readme.txt",2)
readme.txt
# 可讀
> file.access("readme.txt",4)
readme.txt
# 檢視一個不存在的檔案通路權限，不存在
> file.access("readme.txt222")
readme.txt222
-1
判斷是檔案還是目錄。
# 判斷是否是目錄
> file_test("-d", "readme.txt")
[1] FALSE
> file_test("-d", "create")
[1] TRUE
# 判斷是否是檔案
> file_test("-f", "readme.txt")
[1] TRUE
> file_test("-f", "create")
[1] FALSE
3.2 建立檔案
# 建立一個空檔案 A.txt
> file.create("A.txt")
[1] TRUE
# 建立一個有内容的檔案 B.txt
> cat("file B\n", file = "B.txt")
> dir()
[1] "A.txt" "B.txt" "create" "readme.txt"
# 列印A.txt
> readLines("A.txt")
character(0)
# 列印B.txt
> readLines("B.txt")
[1] "file B"
把檔案B.txt的内容，合并到 A.txt。
# 合并檔案
> file.append("A.txt", rep("B.txt", 10))
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
# 檢視檔案内容
> readLines("A.txt")
[1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"
把檔案A.txt複制到檔案C.txt
# 複制檔案
> file.copy("A.txt", "C.txt")
[1] TRUE
# 檢視檔案内容
> readLines("C.txt")
[1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"
3.3 修改檔案權限
# 修改檔案權限，建立者可讀可寫可執行，其他人無權限
> Sys.chmod("A.txt", mode = "0700", use_umask = TRUE)
# 檢視檔案資訊
> file.info("A.txt")
size isdir mode mtime ctime atime uid gid uname grname
A.txt 70 FALSE 700 2013-11-14 12:55:18 2013-11-14 12:57:39 2013-11-14 12:55:26 1000 1000 conan conan
3.4 檔案重命名
# 給檔案A.txt重命名為AA.txt
> file.rename("A.txt","AA.txt")
[1] TRUE
> dir()
[1] "AA.txt" "B.txt" "create" "C.txt" "readme.txt"
3.5 硬連接配接和軟連接配接
硬連接配接，指通過索引節點來進行連接配接。在Linux的檔案系統中，儲存在磁盤分區中的檔案不管是什麼類型都給它配置設定一個編号，稱為索引節點号(Inode Index)。在Linux中，多個檔案名指向同一索引節點是存在的。一般這種連接配接就是硬連接配接。硬連接配接的作用是允許一個檔案擁有多個有效路徑名，這樣使用者就可以建立硬連接配接到重要檔案，以防止“誤删”的功能。其原因如上所述，因為對應該目錄的索引節點有一個以上的連接配接。隻删除一個連接配接并不影響索引節點本身和其它的連接配接，隻有當最後一個連接配接被删除後，檔案的資料塊及目錄的連接配接才會被釋放。也就是說，檔案真正删除的條件是與之相關的所有硬連接配接檔案均被删除。
軟連接配接，也叫符号連接配接（Symbolic Link）。軟連結檔案有類似于Windows的快捷方式。它實際上是一個特殊的檔案。在符号連接配接中，檔案實際上是一個文本檔案，其中包含的有另一檔案的位置資訊。
硬連接配接和軟連接配接，隻在Linux系統中使用。
# 硬連接配接
> file.link("readme.txt", "hard_link.txt")
[1] TRUE
# 軟連接配接
> file.symlink("readme.txt", "soft_link.txt")
[1] TRUE
# 檢視檔案目錄
> system("ls -l")
-rwx------ 1 conan conan 70 Nov 14 12:55 AA.txt
-rw-rw-r-- 1 conan conan 7 Nov 14 12:51 B.txt
dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
-rw-rw-r-- 1 conan conan 70 Nov 14 12:56 C.txt
-rw-rw-r-- 2 conan conan 7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
-rw-rw-r-- 2 conan conan 7 Nov 14 08:24 readme.txt
lrwxrwxrwx 1 conan conan 10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt
檔案hard_link.txt是檔案readme.txt硬連接配接檔案，檔案soft_link.txt是檔案readme.txt軟連接配接檔案，
3.5 删除檔案
有兩個函數可以使用file.remove和unlink，其中unlink函數使用同删除目錄操作是一樣的。
# 删除檔案
> file.remove("A.txt", "B.txt", "C.txt")
[1] FALSE TRUE TRUE
# 删除檔案
> unlink("readme.txt")
# 檢視目錄檔案
> system("ls -l")
total 12
-rwx------ 1 conan conan 70 Nov 14 12:55 AA.txt
dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
-rw-rw-r-- 1 conan conan 7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
lrwxrwxrwx 1 conan conan 10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt
# 列印硬連接配接檔案
> readLines("hard_link.txt")
[1] "file A"
# 列印軟連接配接檔案，soft_link.txt，由于原檔案被删除，有錯誤
> readLines("soft_link.txt")
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
cannot open file 'soft_link.txt': No such file or directory
4. 幾個特殊的目錄
R.home() 檢視R軟體的相關目錄
.Library 檢視R核心包的目錄
.Library.site 檢視R核心包的目錄和root使用者安裝包目錄
.libPaths() 檢視R所有包的存放目錄
system.file() 檢視指定包所在的目錄
4.1 R.home() 檢視R軟體的相關目錄
# 列印R軟體安裝目錄
> R.home()
[1] "/usr/lib/R"
# 列印R軟體bin的目錄
> R.home(component="bin")
[1] "/usr/lib/R/bin"
# 列印R軟體檔案的目錄
> R.home(component="doc")
[1] "/usr/share/R/doc"
通過系統指令，找到R檔案的位置。
# 檢查系統中R檔案的位置
~ whereis R
R: /usr/bin/R /etc/R /usr/lib/R /usr/bin/X11/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz
# 列印環境變量R_HOME
~ echo $R_HOME
/usr/lib/R
通過R.home()函數，我們可以很容易的定位R軟體的目錄。
4.2 R軟體的包目錄
# 列印核心包的目錄
> .Library
[1] "/usr/lib/R/library"
# 列印核心包的目錄和root使用者安裝包目錄
> .Library.site
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"
# 列印所有包的存放目錄
> .libPaths()
[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"
4.3 檢視指定包所在的目錄
# base包的存放目錄
> system.file()
[1] "/usr/lib/R/library/base"
# pryr包的存放目錄
> system.file(package = "pryr")
[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/pryr"
其實，用R語言操作檔案系統還是很友善的。但對于函數命名确實不太規範，需要我們花時間記憶。
![weka中分類器算法[圖]](data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAP///wAAACwAAAAAAQABAAACAkQBADs=)