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簡介
IGV（Integrative Genomics Viewer基因組浏覽器）是一個将基因組學資料可視化的可互動工具，具有圖形界面，高性能且易于使用。可用于展示和檢視基因表達、突變、融合、甲基化、探針等多種資訊的軟體，是展示NGS資料和分析結果的一項重要工具。
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安裝
IGV下載下傳連結：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download
根據電腦環境選擇MacOS/Windows/Linux版本進行安裝，如果不确定電腦是否已經安裝Java 11，可以直接安裝Java included的版本。
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使用
以檢視BAM檔案為例，簡單地示範一下使用方式。（以windows 2.13.0版本為例）：
圖文教程：
01
選擇基因組版本
在工具欄的第一個下拉框中可以選擇基因組版本，因為分析比對使用的基因組版本為人的GRCh37版本，是以這裡選擇Human(GRCh37/hg19)。
02
導入BAM檔案
在菜單欄中選擇"File" "Load from File…"可以導入本地檔案，這裡選擇index後的*.bam檔案。
請注意：*.bam所在檔案夾下最好有對應的*.bai檔案。如果同路徑下沒有*.bai檔案，直接導入bam檔案，會彈出一個視窗要求設定bai檔案的所在路徑，如下圖：
如果選擇的路徑下仍沒有*.bai檔案，會彈出報錯資訊，Index file not found：
假如确實沒有對應的bai檔案，可以利用IGV中的igvtools生成bai檔案。但是請注意，使用igvtools生成bai檔案後，導入bam檔案時需要選擇生成的sorted bam而不是原始的bam檔案。方法如下：
a
在菜單欄選擇"Tools""Run igvtools…"
b
在igvtools的視窗選擇sort功能，導入原始的bam檔案，将原始的BAM進行排序。運作完成後會生成一個sorted bam檔案。
c
等sort完成後，選擇index功能，再導入上一步生成的sorted bam檔案，建立索引，生成bai檔案。
03
選擇染色體/跳轉到感興趣的位置
檔案導入後顯示的是全基因組的狀态。在染色體下拉框中選擇或者直接點選下方的特定染色體都可以跳轉到對應的染色體試圖中。在搜尋框中輸入具體位置區間（如chr1:32134658-32163866或chr1:32162541）或基因名（如AKT3）後點選"Go"或敲擊Enter鍵就可以跳轉到對應位置。
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主界面介紹
- 菜單欄，可以進行各種功能的選擇。
- 工具欄，列出了常用的幾個功能。
- 染色體位置，染色體上的紅框表示目前正在展示的位置。
- 展示區間在染色體上的具體位置，上方的跨度表示區間的大小。
- 導入的資料資訊，每一行都叫做一個track。因為這裡導入的是BAM檔案，是以每個樣本會有兩個track，上面的track展示coverage情況，下面的track展示具體的reads資訊。
- Feature注釋資訊，預設展示基因轉錄本資訊，可以額外添加探針資訊、SNP位置等資訊。
- 每個track的名稱。
下期預告：
下期我們将會進行實戰操作，示範如何在IGV中結合bed檔案檢視探針捕獲資料，敬請期待。
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