除了 Makefile 的編寫，另外一個重要的工作就是把新功能加入到 Linux 的配置選項中，提供此項功能的說明，讓使用者有機會選擇此項功能。所有的這些都需要在 config.in 檔案中用配置語言來編寫配置腳本，
在 Linux 核心中，配置指令有多種方式：
配置指令解釋腳本
Make config, make oldconfigscripts/Configure
Make menuconfigscripts/Menuconfig
Make xconfigscripts/tkparse
以
字元界面配置(make config)為例，頂層 Makefile 調用 scripts/Configure， 按照
arch/arm/config.in 來進行配置。指令執行完後産生檔案 .config，其中儲存着配置資訊。下一次再做 make config
将産生新的 .config 檔案，原 .config 被改名為 .config.old
核心配置子系統
核心源碼目錄的頂層Makefile負責用來建構[核心鏡像]和[動态加載子產品]二者。它通過遞歸源碼樹的子目錄來實作的，具體進入哪些子目錄取決于元件的選擇，也就是核心配置。
配置什麼？
每種體系統都會輸出元件清單給核心配置時選擇，元件類型包括：
第一，處理器特性；
第二，硬體載闆；
第三，載闆特殊的硬體配置；
第四，核心子系統元件(這些元件或多或少是獨立于體系的，比如網絡協定棧)
配置庫
每種體系都關聯着一個元件資料庫，此庫以檔案形式儲存在arch/$ARCH目錄下。2.4版是config.in，2.6版是Kconfig。在配置核心時，此檔案會被解釋(parsed)來提供元件選擇。如果你要新增硬體特征[配置項
]，你得修改此檔案。
配置語言
雖然核心配置使用make指令，[核心配置子系統
]的配置庫使用了一種不同的配置描述語言，并且2.4與2.6都有所不同。這種語言文法很簡單，很接近自然語言，這裡不詳述，隻談使用技術。
什麼是[核心配置子系統
]？為什麼可以使用不同的腳本語言？
因為配置過程是整個核心建構過程的串行子部分，産出特定的配置資訊，是以完全可以使用獨立的更簡單的領域特定語言(domain-specific language)。
第一，每一個核心子部分(subsection)都有單獨的配置檔案定義配置規則，比如，網絡部分，配置資訊儲存在子目錄下的
Kconfig。體系相關的配置檔案會導入這個檔案，例如，在2.4版，MIPS的體系配置檔案(arch/mips/config-
shared.in)有一行用來導入VFS的配置(fs/config.in)配置規則。
第二，配置檔案.config通過名值對(name=value )儲存[配置項
]。配置項的名有字首CONFIG_，後面跟着定義在配置檔案裡的元件名。配置項的值有如下幾種：
布爾值：y or n
三态值(tristate): y, n, or m(module)
字元串：
整型：
十六進制數值：
第三，配置變量可以被定義為是否需要使用者指定，如果不需要，配置變量使用預設值；
第四，可以為配置變量定義依賴；依賴性用來決定配置項的可見性；
第五，每個配置變量都關聯一個幫助文本。
那麼[核心配置子系統]是如何将被選擇的元件資訊輸出到kbuild的呢？[核心配置子系統]在使用者完全配置操作後會生成一個配置檔案.config，内有已標明元件的[名值對]清單。頂層的makefile通過包含.config來達到元件選擇。
對源碼進行配置
除了[makefile規則]需要[配置資訊]進行動态生成外，核心源碼内同樣有代碼依賴配置資訊。比如2.4版核心源碼init/main.c 有如下代碼：
#ifdef CONFIG_PCI
pci_init();
#endif
宏CONFIG_PCI定義與否的資訊來自使用者配置操作。為了把配置資訊傳遞入源碼，kbuild
得把[名值對]翻譯成宏定義，儲存在include/linux/autoconf.h。然後，這個頭檔案會被分拆為多個頭檔案，儲存在include
/config目錄。例如上面的例子，CONFIG_PCI生成一個include/config/pci.h與之對應，内有一行：