valgrind的安裝
- 執行
. pccompile
#!/bin/bash export CC=gcc export CXX=g++ ./autogen.sh ./configure --prefix=/home/jrf/tools/valgrind --with-mpicc=mpicc - make && make install
PETSc的安裝
PETSc和SLEPc安裝的每一步完成後，都會給出下一步要做的指令
1 安裝步驟
- 執行
. pccompile
#!/bin/bash ./configure --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --with-openblas=1 --with-openblas-dir=/home/jrf/tools/openblas --with-valgrind-dir=/home/jrf/tools/valgrind --prefix=/home/jrf/tools/petsc3.15.1 #use default valuse as below # -with-precision=double with single may acquire better performance and less memory use # --with-scalar-type=real # --with-64-bit-indices=0 -
編譯
make all check
執行完這一步，會在軟體包所在目錄生成頭檔案和庫檔案，目錄為：
若是in-place安裝（安裝到安裝包所在位置，這樣有助于使用git 追蹤最新版本，重新編譯比較友善），則到這裡就可以停止了，但若是想out-place安裝（安裝到其他位置），還需要執行第3步$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/lib $PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/include -
安裝到指定位置
make PETSC_DIR=/home/jrf/package/petsc-3.15.1 PETSC_ARCH=arch-linux-c-debug install
注意，這條指令中的PETSC_ARCH可能會不同，最友善的方法是檢視第2步完成後的提示，會直接給出第3步運作需要的指令。
2 一些說明
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PETSC_DIR 和 PETSC_ARCH
這兩個環境變量用于PETSc和SLEPc的多版本安裝，作用分别是(1)編譯時指定某個版本的安裝位置和(2)使用時指定用哪個版本。
a. PETSC_DIR 指定安裝根目錄
b. PETSC_ARCH 若在同一個根目錄中安裝多個版本，需要使用該參數指定某個版本安裝在根目錄的哪個檔案夾下。
若指定了PETSC_ARCH參數，在編譯完成後，會在安裝包根目錄生成一個名為
$PETSC_ARCH
PETSC_ARCH
PETSC_ARCH
的值。
編譯時若要裝在不同的檔案夾時，需要加上如下的編譯選項：
在安裝完成後，将以下指令寫在.bashrc檔案中，當有多個版本的時候，若是In-place安裝，同一個目錄下會有多個PETSc版本，這時候就可以通過指定環境變量./configure PETSC_ARCH=linux-gnu ...PETSC_ARCH
export PETSC_DIR=/home/jrf/tools/petsc3.15.1 export PETSC_ARCH=arch-linux-c-debug #僅在in-place安裝下需要在安裝SLEPc的時候同樣需要指定這兩個參數，以确定SLEPc基于哪個版本的PETSc安裝。如果in-place安裝隻有PETSc的一個版本或是out-place安裝的PETSc，則無需指定PETSC_ARCH。
官方介紹 Environmental variables PETSC_DIR and PETSC_ARCH
-
in-place和out-place的安裝說明
Installation Location: In-place or Out-of-place
- 使用PETSc 和SLEPc的庫編譯自己的程式時，在兩個庫的安裝包裡任意目錄執行如下指令，可以擷取編譯所需要的連結庫、頭檔案等資訊。但是注意，這裡面沒有SLEPc的任何資訊，需要手動添加。
手動添加SLEPc的資訊，示例如下make getlinklibs getincludedirs getcflags getcxxflags getfortranflags getccompiler getfortrancompiler getcxxcompiler-Wl,-rpath,/home/jslo/software/slepc-3.15.1/linux-gnu-intel/lib -L/home/jslo/software/slepc-3.15.1/linux-gnu-intel/lib -lslepc -I/home/jslo/software/slepc-3.15.1/linux-gnu-intel/include -I/home/jslo/software/slepc-3.15.1/include
SLEPc的安裝
1.安裝步驟
1.configuration 編寫如下pccompile檔案，并且執行
. pccompile
#!/bin/bash
export PETSC_DIR=/home/jrf/tools/petsc3.15.1
./configure --prefix=/home/jrf/tools/slepc3.15.1 #--with-64-bit-indices=0 --with-scalar-type=real --with-precision=double --with-cc=mpiicc --with-cxx=mpiicpc --with-fc=mpiifort --with-blaslapack-dir=/opt/intel/oneapi/mkl/latest/lib/intel64 --with-valgrind-dir=/home/jslo/software/valgrind
#--with-64-bit-indices=1 to use 8 byte integers (long long) for indexing in vectors and matrices. This is only needed when working with over roughly 2 billion unknowns.
- make SLEPC_DIR=/home/jrf/package/slepc-3.15.1 PETSC_DIR=/home/jrf/tools/petsc3.15.1
- make SLEPC_DIR=/home/jrf/package/slepc-3.15.1 PETSC_DIR=/home/jrf/tools/petsc3.15.1 install
問題
- SLEPc
make check
[[email protected] slepc-3.15.1]$ make SLEPC_DIR=/public/home/jrf/tools/slepc3.15.1/gcc7.3.1 PETSC_DIR=/public/home/jrf/tools/petsc3.15.1/gcc7.3.1 PETSC_ARCH="" check
Running test examples to verify correct installation
Using SLEPC_DIR=/public/home/jrf/tools/slepc3.15.1/gcc7.3.1, PETSC_DIR=/public/home/jrf/tools/petsc3.15.1/gcc7.3.1 and PETSC_ARCH=
Possible error running C/C++ src/eps/tests/test10 with 1 MPI process
[1628066969.257585] [login09:102328:0] ucp_context.c:735 UCX WARN network devices 'mlx5_1:1','mlx5_2:1','mlx5_3:1' are not available, please use one or more of: 'enp97s0f0'(tcp), 'enp97s0f1'(tcp), 'ib0'(tcp), 'mlx5_0:1'(ib)
Fiedler vector of a 2-D regular mesh, N=110 (10x11 grid)
Number of requested eigenvalues: 4
All requested eigenvalues computed up to the required tolerance:
7.82110, 7.58462, 7.53702, 7.30054
gmake[3]: *** [makefile:73：testtest10] 錯誤 1
gmake[2]: *** [makefile:110：check_build] 錯誤 2
gmake[1]: *** [makefile:106：check] 錯誤 2
make: *** [GNUmakefile:12：check] 錯誤 2
![linux-svn解除安裝與安裝[圖]](data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAP///wAAACwAAAAAAQABAAACAkQBADs=)