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有機晶體資料庫_“分子資料庫”之Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟體分享...

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文 / 利刃君 微信ID / ziyuanliren666 全文共2024字,推薦閱讀時間6分鐘。

有機晶體資料庫_“分子資料庫”之Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟體分享...

劍橋結構資料庫系統(The Cambridge Structural Database System,簡寫為CSDS)是基于X光和中子衍射實驗唯一的小分子及金屬有機分子晶體的結構資料庫,收錄了全世界範圍内所有已認可的有機及金屬有機化合物的晶體結構。

利刃君這裡為大家分享Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟體,資源可由文末擷取。

劍橋結構資料庫

劍橋結構資料庫(CSD)包含所有已出版的有機和金屬有機小分子晶體結構的完整記錄。該資料庫已經運作了50多年,并且仍然是跨學科共享結構化學資料和知識的主要手段。除了公開支援科學文章的結構外,它還包括許多直接作為CSD Communications釋出的結構。

CSD通過Cambridge Structural Database System 平台提供服務,包括功能完整的應用軟體,不僅具有數十種查詢化合物的方法,還提供了分子結構資訊統計方法和三維圖像示範方法,以幫助研究人員尋找、觀察、分析和總結有關的化合物資訊。

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資料庫中的每一條資訊都包括:

1、三維結構資料:原子坐标、晶胞參數、空間群、結構精密度名額、溫度與壓力條件、無序分布細節

2、二維結構圖:原子和鍵的性質與關聯

3、化學式和化合物名稱,多肽化合物的氨基酸序列

4、完整的文獻資料,其中部分直接與電子版文獻連接配接

5、交叉引用立體異構體及有關重新解釋和确認的詳情

6、其它已發表的與該分子有關的資訊:化合物來源、結晶條件、結對構型的确定實驗、多晶型現象(同質多像)及生物活性。

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在進入資料庫之前,所有結構都需要通過計算和專家結構化學編輯器進行處理。該過程的關鍵部分是所研究結構的化學特性與實驗資料的可靠關聯。這一重要步驟有助于確定資料可廣泛發現并易于重用。該資料庫不斷收錄最新發表的資料資訊,并以年9%的增長率不斷更新。

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通過選擇性地包含其他實驗資料,可以進一步豐富内容。任何人都可以通過免費的CSD社群Web服務獲得條目。由CCDC開發和維護的連結服務與标準辨別符的使用相結合,有助于從其他資源中進行發現。還可以通過CCDC和第三方軟體應用程式以及應用程式程式設計接口來通路資料。

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CSDS 軟體分為基本軟體系統和圖形軟體系統。它不僅具有數十種查詢化合物的方法,還提供了分子結構資訊統計方法和三維圖像示範方法,以幫助研究人員尋找、觀察、分析和總結有關的化合物資訊。

基本軟體系統和功能

QUSET 一維和二維資訊查詢;

GSTAT多功能三維搜尋和幾何計算;

PLUTO 把分子晶體結構及它的環境以三維方式顯示出來。

圖形軟體系統和功能

QUEST3D 互動式的一維、二維和三維資訊查詢程式;

PREQUEST 幫助檢查結構及建立使用者自己的用于QUEST查詢的資料庫;

VISTA 對得到的資料進行統計分析。

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以上是CambridgeStructural Database晶體結構資料庫及軟體的的一個簡單介紹,更多詳細内容可檢視以下文獻了解:

Groom C R, Bruno I J,Lightfoot M P, et al. The Cambridge structural database[J]. ActaCrystallographica Section B: Structural Science, Crystal Engineering andMaterials, 2016, 72(2): 171-179.

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CCDC是一個非盈利的科研組織,它的大部分經費來源于各種資助,由出租CSDS收回的資金僅占全部費用的一小部分。它出租的對象分為非盈利的科研組織和盈利的商業組織。對這兩種組織收取的租費是不一樣的。CCDC要求非盈利的科研組織在使用CSDS時不能有任何形式的商業行為。

CCDC要求所有使用CSD的研究人員在發表文章時必須引用文獻:

3D Search and Research Using the CambridgeStructural Database, Allen, F.H. and Kennard, O. Chemical Design AutomationNews, 8 (1), pp 1 & 31-37, 1993.

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本期資源:

Cambridge Structural Database 2017 晶體結構分析軟體

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