作者 | 周運來
男，
一個長大了才會遇到的帥哥，
穩健，潇灑，大方，靠譜。
一段生信緣，一棵技能樹，
一枚大型測序工廠的螺絲釘，
一個随機森林中提燈覓食的津門旅客。
scHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A、B和C的單細胞轉錄組序列資料中的分子數；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1, DRB1, DQA1, DQB1。可以使用由替代方法确定的提供的HLA類型，也可以使用此工具分析HLA類型，然後根據這些調用進行量化。
scHLAcount可用于觀察HLA基因等位基因的特異性表達。通過将細胞特異性HLA計數mapping在t-SNE圖譜上，尋找單倍型完全缺失的簇，它還可以用來評估雜合性的缺失。一般的HLA表達損失也可以用scHLAcount來評估，并且在這個任務上比預設的Cell Ranger表現得更好，特别是當樣本具有與參考不符的HLA單倍型時。
scHLAcount 是10X 官方出品，也是單細胞轉錄組資料挖掘的另一個例子，其實我們僅看HLA表達量的話，我們寫過如何快速地從單細胞資料中觀察HLA基因表達模式（https://www.jianshu.com/p/cc9eca31dffd）
但是用scHLAcount可以分析HLA等位基因的情況，當然是從bam檔案中calling出來的。
這個也給我們釋放了一個信号：單細胞轉錄組資料挖掘越來越多要從比對結果BAM檔案中來挖了。
github 位址：https://github.com/10XGenomics/scHLAcount