可視化motif logo三種方法(seqLogo/ggseqlogo/LogoJS)

1.seqLogo

seqLogo是1990年發表的一個可視化工具，還是基于grid作圖的工具。可以輸入從MEME，JASPAR等資料庫下載下傳的PPM矩陣（需把header處理掉），即可出圖。

# 安裝
source ( "http://bioconductor.org/biocLite.R" )
biocLite("seqLogo")

# 導入CTCF的PPM矩陣
library(seqLogo)
ctcf <- read.table('~/Documents/writethings/20200409/ppm.txt', header = F)

# 轉為PWM矩陣（轉置是因為必須要讓行分别是ATCG的PWM score）
trans_ctcf <- makePWM(t(ctcf))
seqLogo(trans_ctcf)

複制

可輸出：

seqLogo

如果想要在一張上輸出多張圖的話（參考https://support.bioconductor.org/p/35240/

）：

bad = (sapply( body(seqLogo), "==", "grid.newpage()") |
        sapply( body(seqLogo), "==", "par(ask = FALSE)"))
body(seqLogo)[bad] = NULL
tf_names <- c('CTCF', 'SP1')
grid.newpage()
for(i in 0:1){

   ppm <- read.table(paste('~/Documents/writethings/20200409/ppm',i+1 ,'.txt', sep = ''), header = F)
   pwm <- makePWM(t(ppm))

   pushViewport(viewport(x=0.25+0.55*(i%%2),
                         y=0.5+0.55*(i%/%2),
                         width=0.5, height=0.6))
   seqLogo(pwm)
   grid.text(tf_names[i+1], x=0.5, y=1,
             hjust=0.5, vjust=1)
   popViewport()

}

複制

multi_logo

2.ggseqlogo

這個工具是2017年發在bioinformatics上R包，基于ggplot作圖。可以輸入序列、PFMS和PPM等。

library(ggseqlogo)
ppm <- t(ppm) 
rownames(ppm) <- c("A", "G", "C", "T")
ggseqlogo(ppm)

複制

輸出：

ggseqlogo

功能較多，詳細可參考手冊：https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/

3.LogoJS

網址：https://logojs.wenglab.org/app/

home

可以選擇送出檔案還是粘貼矩陣，檔案中可以包括多個轉錄因子矩陣，輸出：

LogoJS