QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴來了！疫情仍在，學習的好時光呀，加油！這次更新有一些小的指令更改，已經把需要關注的重點更新突出顯示。官方提醒下一次的更新釋出是QIIME 2 2020.5，請持續關注更新。
有關安裝最新的QIIME2發行版的詳細資訊，以及教程和其他資源，請檢視QIIME2 2020.2文檔[1]。如果您遇到任何問題，請聯系QIIME 2論壇[2]！
虛拟機版本将在下周的某個時候提供-請關注此主題主題文章以擷取更新[3]！
一、突破性變化
總結一下就是線程（核心數）全部使用不能用0了，要改為auto；另外删除了三個可視化工具。
1. q2-alignment
mafft：0不再是n_threads值可接受的值。請改為指定auto。
2.q2-phylogeny
• fasttree：對于n_threads值，0不再是可接受的值。請改為指定auto。
• iqtree：0不再是n_cores的可接受值，請改為auto。
• iqtree_ultrafast_bootstrap：n_cores，0不再是可接受的值，請改為auto。
• align_to_tree_mafft_fasttree：0不再是n_thread可接受值，請改為auto。
3.q2-gneiss
• balance_taxonomy: 此可視化工具已删除。
• ols_regression: 此可視化工具已删除。
• lme_regression:此可視化工具已删除。
二、亮點
1.QIIME 2 Framework
• 添加了新的檢查，以更好地處理QIIME 2環境中錯誤配置的時區。如果QIIME 2和tzlocal無法确定機器的目前時區(或者，如果它确定有多個沖突的定義)，則QIIME 2在标記來源時将回退到使用UTC作為時區。
• 添加了新的類型檢查實用程式is_metadata_column_type。
• [開發]修改了插件在PluginManager執行個體上注冊的方式-現在可以按需注冊插件，這對測試和開發特别有幫助。
• [開發]添加了一個新的用法API，允許插件開發人員将與接口無關的用法示例注冊為插件的一部分。我們仍在緻力于這方面的界面支援，是以盡管API已經存在，但目前它的效用有限--密切關注今年晚些時候的全面釋出吧！
• 修複了parse_primitive的一個小問題，該問題導緻某些不正确的強制TypeMap。
2.docs
• 修正了概述教程中的一個拼寫錯誤！
• gneiss教程已更新，以反映上述重大更改。
• 添加了一個示範QIIME 2中通用實用程式功能的教程。
3.q2view
删除某些邏輯來限制某些請求的發生，這些檢查旨在作為尚未解決的更廣泛的工作計劃的一部分。
4.q2cwl
更正了阻止q2cwl處理primitive union類型的錯誤。q2cwl可以再一次将所有QIIME 2操作呈現為CWL工具(注意：此QIIME 2接口不是标準分發的一部分，此時必須單獨安裝)。
5.q2-emperor
• 向biplot可視化工具添加了--p-invert标志，它允許您切換箭頭和點(對于探索微生物代謝物資料很有用)。
• 将依賴項更新為最新版本的Emperor（1.0.0）
• 修複了無法為繪圖生成SVG圖例的錯誤。
• 修複了導緻類别表僅在調整視窗大小時更新的錯誤。
• 修複了更改可見尺寸時會建立重複軸的錯誤。
6.q2-sample-classifier
• 修複了在ArtifaceAPI中多次執行時會導緻重複繪制混淆矩陣圖例的圖形故障。
• 清理了熱圖可視化工具，以便更好地處理各種矩陣大小！
• 優化和子產品化的單元測試。
• 添加了類型檢查，以更改
confusion_matrix
預測值的資料類型，使其與真實值的資料類型相比對。
7.q2-demux
向emp-single/emp-paired無法映射任何讀取時發生的錯誤添加了附加建議(修改新的Golay校正參數)。
8.q2-feature-classifier
• 建立了一條更好的錯誤消息，用于在classfy-skLearning耗盡記憶體時(這是一種常見情況)。
• 添加了新的extract_reads參數：read_orientation！這允許使用者指定引物相對于序列的方向。
•
classify-consensus-vsearch
classify_hybrid_vsearch_sklearn
這兩個添加了
maxhits
,
maxrejects
,
output_no_hits
和
weak_id
參數。
9.q2-phylogeny
• 添加了流程Align-to-tree-mafft-iqtree 和Align-to-tree-mafft-raxml 。它們類似于align-to-tree-mafft-fasttree，但使用IQ-tree/RAxML進行系統發育推斷。--parttree選項僅添加了align-to-tree-mafft-fasttree和align-to-tree-mafft-raxml流程。該選項解決了要求比對超過一百萬次讀取的情況。
• [前面已提及]已将幾個方法方法的n_thread和n_cores參數的允許值從Int%Range(0，None)改為Int%Range(1，None)| Str%Choices([‘auto’])。這不允許使用值0來指定自動線程/核心數，相反，使用者應該使用值auto。
10.q2-dada2
修複了denoise_paired方法中的描述文本，以反映新的最小12 nt重疊，而不是舊的20 nt要求。 這項更改不是新變化，我們隻是忘記了更新幫助文本！
11.q2-deblur
修複了導緻q2-deblur在某些樣本ID架構上爆炸的回歸。
12.q2-types
• 修複阻止使用CasavaOneEightLanelessPerSampleDirFmt格式的錯誤。
• 改進在DNAFASTAFormat中發現無效字元時的錯誤消息
13.q2-longitudinal
修複成對差異操作中的錯誤，該錯誤阻止使用者在沒有組間差異時生成t值。
14.q2-composition
修複了一個小錯誤，該錯誤導緻ancom可視化滑鼠懸停中斷。
15.q2-quality-control
添加了與vsearch一起使用的新exclude_seqs參數：left_justify！如果成對alignment以gap開頭，則允許使用者拒絕比對。
16.qiime2.org
添加了指向我們社群行為準則的連結！
17.雜項
• 更新了QIIME 2項目存儲庫的許可證和版權頭，以反映新的一年！
• 将最新版本的matplotlib引入标準發行版！
QIIME-ing快樂！
之前的幾次更新在這裡：
1.QIIME 2 2019.10 更新
2. QIIME 2 2019.7 更新
3. QIIME 2 2019.4更新學習筆記
4. QIIME2 CLI更新學習筆記
5. QIIME 2 2019.1更新學習筆記
6. QIIME 2 2018.11釋出學習筆記
References
[1] https://docs.qiime2.org/2020.2/
[2] https://forum.qiime2.org/
[3] https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2020-2-is-now-available/13822