anaconda建立環境失敗 mac_如何在mac上安裝pytorch, pytorch geometric和RDkit

最近在做GNN和化學分子相關的東西，因為是從頭學習，是以很多代碼都想先在本地試一下。

做GNN，最主流也是最被學術界推薦的就是pytorch+pytorch geometric，而做分子指紋還需要RDkit。

目前最新版本的RDkit還不支援python3.8，是以在同時使用這三個包的時候，最好重新建立一個python環境。

在安裝anaconda的情況下，首先建立并命名新環境：

conda create -n pythonforgnn         #（這裡随便起個名就可以）
           

運作之後會出現：

Proceed ([y]/n)?
           

在終端輸入y，再按Enter鍵。

期間，可以通過

conda env list
           

檢視python的環境清單，看是否自己建立的環境出現在清單裡。

之後輸入：

conda activate pythonforgnn           #（之前自己起的那個名字）
           

激活python環境。

然後終端的開頭會顯示這個環境名，表示已經在這個環境裡，這時候需要安裝python3.7:

conda install python=3.7
           

然後又出現：

Proceed ([y]/n)?
           

輸入y。

之後使用：

conda install pytorch
           

安裝pytorch（版本會自動比對）

Proceed ([y]/n)? 
           

輸入y。

之後使用：

pip install torch-scatter==latest+cpu -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0.html
           

用pip安裝，因為mac無法使用cuda。

pip install torch-sparse==latest+cpu -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0.html
pip install torch-cluster==latest+cpu -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0.html
           

這些指令都可以在pyg官方文檔找到。全都run。

pip install torch-spline-conv==latest+cpu -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.6.0.html
           

安裝pyg

pip install torch-geometric
           

安裝RDkit

conda install rdkit -c rdkit
Proceed ([y]/n)?
           

輸入y。

這個時候全部的安裝就完成了。想要使用這個環境，隻要在pycharm或者anaconda裡選擇它就好。

*注：

本人IT專業，目前是master第二年，小白一枚，很多計算機終端指令都不懂，裝這三個耗費将近3天時間，也深深感到在做一些不是主流的領域時，可用的中英文資源真的不多，是以想分享到這裡，說不定可以幫助一些有同樣需求的人。

如果有做同樣領域（GNN + chem）的小夥伴，歡迎私信，一起交流。