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Juicer軟體運作之後會得到字尾為
hic
的結果檔案，該檔案可以導入到juicebox這個工具中進行可視化。該工具是一款圖形界面工具，可以友善的檢視和展示Hi-C圖譜，從以下連結可以下載下傳該軟體
https://github.com/aidenlab/juicebox/wiki/Download
采用javar語言開發的GUI工具，支援多個平台。啟動之後的界面如下所示
通過
File
->
open
可以導入字尾為
hic
的檔案進行檢視，可以導入本地的檔案，也可以輸入url。軟體也内置了ENCODE的資料集，示意如下
輕按兩下即可導入，導入之後的界面如下
首先展示的是所有染色體的HI-C圖譜，通過工具欄可以選擇染色質，調整分辨率，對互動矩陣進行歸一化，調整顯示的染色質區域。以17号染色質體為例，在
Chromosomes
一欄中，兩列都選擇17号染色體，代表互動矩陣的行和列都是17号染色體，然後點選右邊的重新整理按鈕，結果如下
通過
Normalization
工具調整歸一化方法；通過
Resolution
工具調整分辨率；通過
Goto
工具調整顯示的染色體區域。
通過簡單的操作就可以檢視和展示Hi-C圖譜了，除了這些基本功能外，還支援導入注釋檔案，通過
View
->
Show Annotation Panel
可以打開注釋檔案面闆，注釋資訊分為1D和2D的兩種，1D的主要指的是chip_seq,RNA_seq等資訊，2D指的是TAD,染色質環等資訊，通過
Load ENCODE
可以導入ENCODE資料庫中的一維注釋，示意如下
勾選需要導入的注釋資訊，通過
Load
進行導入，打入之後界面如下
每個導入的track的顔色等配置可以在面闆中進行調整，如下所示
通過
Load Loops/Domain
可以導入2D的注釋資訊，示意如下
導入之後在Hi-C圖譜中看到對應的标記，如下所示
黃色區域标記的是TAD, 淺藍色區域标記的是染色質環，調整好之後的圖檔也可以導出成PDF或者SVG格式。
通過juicebox, 可以動态探索Hi-C圖譜，輕松實作高品質的Hi-C圖檔可視化效果。
·end·
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