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DNA甲基化作為研究的最為廣泛的一種表觀遺傳标記，其對基因表達的影響是研究的基本内容。随着lncRNA研究的發展，科學家将眼光放到了位于lncRNA基因上的DNA甲基化位點，通過lncRNA基因上的甲基化位點來找到疾病相關的lncRNA, 并探究lncRNA在疾病中的作用。
有學者收集類似的文獻，并整理成了資料庫
Ln2Meth
, 網址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/index.jsp
該資料庫提供了以下兩種檢索方式
- Disease-Centric
- Transcript-Centric
可以根據疾病或者lncRNA的名字進行檢索，結果示意如下
對于甲基化位點，給出了在患者中的表達模式，包括以下幾種
- differential methylation
- hypermethylation
- hypomethylation
- methylation
- demethylation
對于DNA甲基化位點與lncRNA之間的關系，提出了以下3種模型
1. Cis-Methylated LncRNA(CML)
2. Trans-Methylation Due to LncRNAs(TMDL)
3. Trans-Methylation Regulated LncRNA(TMRL)
通過
DMBrowser
功能， 可以在基因組浏覽器中檢視lncRNA上的甲基化位點，示意如下
這個網站還提供了兩個工具
1. Probe Re-annotation
對illumina 450K晶片的探針進行了重新注釋，結果示意如下
給出了探針對應的lncRNA基因，并将探針對應的區域劃分成成以下5種類型
- TSS1500
- TSS200
- 1_exon
- 5’UTR
- 3’UTR
示意圖如下
2. Differentail Methylation Patterns Identification
輸入450k晶片的表達譜資料， 樣本分組，感興趣的lncRNA基因，該工具會進行差異分析，最終給出lncRNA對應的探針水準的差異分析結果，示意如下
與該線上工具對應的，還提供了一個R包
LncDM
, 實作了相同的功能, 具體的用法可以檢視該包的幫助文檔。
·end·
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