寫在前面：從.CEL格式原始資料下載下傳，到最終關鍵基因篩選（非hub基因）和初步驗證，整個流程，目錄還會增加。會涉及R及衆多R包（最關鍵的是maSigpro和WGCNA），統計，ggplot2，cytoscape等。目标還是和前面的RNA-seq流程一樣，你可以從頭到尾一直重複下去。
内容會很長，最近事情多，更新會比較慢。感興趣的可以按照這個思路去自己摸索。
目錄
1：NCBI原始資料下載下傳（直接下載下傳或wget）
2： 原始資料下載下傳後的整理
3：晶片品質控制
4：晶片資料預處理得到表達水準資料
5：基于maSigPro包時間序列差異表達基因(DEGs)篩選
6：DEGs的生物功能富集分析(GO+KEGG):clusterprofiler包
7: 權重基因共表達網絡的建構及分析（WGCNA）
8: 關鍵子產品和關鍵候選因子篩選
- 8.1 hub基因的篩選（基于WGCNA）
- 8.2 差異基因PPI網絡的建立和分析
- 8.3 可能的關鍵子產品中候選關鍵基因分析
- 8.4 轉錄因子和microRNA分析
- 8.5 潛在關鍵基因的識别（功能未知或未注釋基因）
9: 關鍵因子的初步驗證
- 9.1
- 9.2
- 9.3