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el-select 多選取值_ImageJ實用技巧——快速區域選取(基礎功能篇)

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在使用ImageJ的過程中,通常會遇到這樣一個問題:怎樣才能快速地框選出目标區域,并進行分析?

例如下圖,如果想單獨框選并分析紅框中的細胞:

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按照之前的做法:

Treasure琛:ImageJ實用技巧——單個細胞平均熒光強度自動檢測(定量分析篇)​zhuanlan.zhihu.com

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需要對整張圖檔設定門檻值,然後Analyze Particles,然後将每個細胞添加到ROI Manager中,然後找到該細胞的ROI。這樣就顯得特别繁瑣。更不用說是自己手動框選該細胞了。

這篇文章是為了介紹一種可以快速選取特定區域的工具——

魔法棒工具(Wand tool)

。進而實作快速地識别和框選。

具體位置如下:

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Wand Tool​imagej.nih.gov

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Photoshop中也有類似的魔法棒工具

Wand tool自身包含了

圖像分割算法,可以自動地識别區域的邊界

,進而很好地将某一特征區域框選出來,進行後續的分析。下面是該工具的應用示範和需要注意的問題:

這裡的應用ImageJ自帶的Blobs樣例,示範怎麼利用Wand tool識别出黑色的“細胞”。

1、打開blobs圖像(File -> Open Samples -> Blobs)
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2、單擊工具欄的Wand tool,然後在細胞上單擊
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會發現Wand tool并沒有框選出完整的細胞,這是因為Wand tool中的具體參數為預設值,需要調整。

3、調整Wand tool參數

工具欄輕按兩下Wand tool,彈出設定界面:

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通過

調節Tolerance

,可以擴大Wand tool的識别範圍(容錯),将更大的區域識别為一個完整的連續區域。調節Tolerance的時候,可以實時看出框選範圍的變化:

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适當調整Tolerance,框選可以更加精确

可以根據框選的效果調整Tolerance的大小。框選後直接Measure即可得到各種參數。

如果設定了門檻值(Threshold),則無需調整Tolerance的值,Wand Tool可以直接框選出連續的區域。

例如下圖:設定門檻值後,即使Tolerance的值為1,Wand Tool還是可以框選出完整的細胞。

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應用示例:

下面這幅圖(File -> Open Samples -> Leaf),利用Wand tool在葉子的綠色部分點選一下,即可将該區域全部識别并框選出來,然後進行Measure,即可得到葉子綠色部分的總面積:

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還有另一種方法,是利用

SIOX: Simple Interactive Object Extraction

,這個插件來進行快速的區域選取:

SIOX:_Simple_Interactive_Object_Extraction​imagej.net

這個插件可以通過很少的框選,來進行快速物體選擇,然後快速生成二值化圖像。使用方法簡單,而且可以做到細節優化。

插件位置在:Plugins -› Segmentation -› SIOX: Simple Interactive Object Extraction

如圖,利用Muti-Point工具,點選每個胚胎,作為Foreground:

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然後框選一處背景:

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點選Segment後即可把胚胎細胞與背景分隔開,并選中:

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點選Create mask即可生成二值化圖檔,進行後續分析:

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如果對于ImageJ使用有什麼問題可以私信我,或者給我發郵件:[email protected]

更多教程可以關注我的專欄:

ImageJ實用教程​zhuanlan.zhihu.com

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希望對大家有幫助~