這是生信學習的第3天
先上今天的思維導圖：
linux如何安裝軟體
1. 了解conda
簡單的說——linux的應用商店，除此之外還有幾個概念。
- bioconda
- miniconda
- conda
-
anaconda
以上四者差別，參考 [關于bioconda, miniconda, conda, anaconda的差別](https://www.jianshu.com/p/0534043b4471
)
來源：生信星球
2. 安裝miniconda
(1)進入網站
搜尋“miniconda 清華”，進入。搜素得到連結為：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
進入頁面如上 (2)檢視伺服器 登入輸入指令
uname -a
(3)安裝最新版
進入(1)中頁面，https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
找到下載下傳最新版，複制連結在linux中，Windows複制——滑鼠左鍵點一下，粘貼——右鍵；Mac直接cmd + c 複制，cmd + v 粘貼
進入到biosoft目錄，安裝
cd biosoft
複制連結
wget 剛剛複制的連結
根據提示完成安裝
(4)激活conda
輸入指令
source ~/.bashrc
(5)添加鏡像
直接複制粘貼到指令行，回車
(來源：生信星球)
(base) [email protected]:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes(base)
Ready!
3. conda基本操作
- 檢視目前所有清單
conda list
後面還很多
- 搜尋軟體
conda search fastqc
以fastqc為例
- 安裝軟體
conda install fastqc -y
自動安裝最新
- 解除安裝軟體
conda remove fasty -y
(base) [email protected]:~/biosoft$ conda remove fastqc -y
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/bio18/miniconda3
removed specs:
- fastqc
The following packages will be downloaded:package | build
---------------------------|-----------------
_libgcc_mutex-0.1 | conda_forge 3 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
4. conda選修操作
來源：生信星球 (懶懶怕迷路)
- 檢視conda目前環境
conda info --envs
前面帶*為預設
- 建立一個處理轉錄組的環境rna-seq,指定python版本是3，安裝軟體fastqc、trimmmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 檢查環境
- 激活新環境
conda activate rna-seq
(rna-seq)在使用者名前，輸入fastqc,有提示——成功
最後放一個寫的很好的筆記： conda的安裝與使用 https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d