雖然循環可以工作,但跟蹤嵌套循環也很困難。您可以考慮調用卷積定理來更容易地執行卷積。見here。在
使用numpy的fft子產品,您可以計算原始圖像堆棧的n維離散Fourier變換,并将其乘以大小相同的核的n維Fourier變換(文檔可找到here)。因為你的2D核心是一個3x3數組,它是一個3x3xz正方形的“支柱”,你可以用0填充這個數組來相應地增加維數。在
試試這個:import numpy as np
import math
radius = 2
r2 = np.arange(-radius, radius+1)**2
sphere = r2[:, None, None] + r2[:, None] + r2
sphere -= np.max(sphere)
sphere = -sphere*2
array_len = 10*radius
array = np.zeros((array_len, array_len, array_len))
center = slice(array_len//2-radius,
array_len//2+radius+1), slice(array_len//2-radius,
array_len//2+radius+1),slice(array_len//2-radius,
array_len//2+radius+1)
array[center] = sphere
k_len = 3
kernel_2D = np.ones((k_len,k_len))
kernel = np.zeros_like(array)
center_k = slice(array_len//2-math.ceil(k_len/2),
array_len//2+k_len//2), slice(array_len//2-math.ceil(k_len/2),
array_len//2+k_len//2)
for i in range(kernel.shape[2]):
kernel[center_k+(i,)] = kernel_2D
def fft(array):
fft = np.fft.ifftshift(np.fft.fftn(np.fft.fftshift(array)))
return fft
def ifft(array):
ifft = np.fft.fftshift(np.fft.ifftn(np.fft.ifftshift(array)))
return ifft
def conv_3D(array, kernel):
conv = np.abs(ifft(fft(array)*fft(kernel)))
return conv
conv = conv_3D(array, kernel)
這将半徑為2的球體與邊長為3的支柱卷積在一起。在