附:
如何看懂英文文獻?(好) 看需求,分層次
如何總結和整理學術文獻? Mendeley & Everything
如何在pdf文獻上做筆記?福晰閱讀器
自己感悟:
一篇專業文獻通常會有幾頁到幾十頁不等,讀文獻是一個過于籠統的概念。
讀文獻必須要分為幾個不同的程度(需求):
1.讀着玩,了解領域動态。 那你看看摘要就好了,讀懂标題,知道本文的核心結論就好。具體要求見知乎文章。
2.準備入一行,擴充知識面。重點讀引言,看圖表結果,大緻了解本文的邏輯推理路線。
3.準備借鑒此文造自己的文章。這就是最深層次的閱讀了,必須要了解本文的設計理念,此時讨論就尤為重要。
幾不要:
1.不要高亮不認識的詞,沒意義,隻能高亮文章的邏輯核心詞彙和語句。
2.不要一開始就通讀,這樣你很快就讀不下去;正确的做法是由總到細,由淺及深,分步閱讀。
3.不要讀完就不管了,在沒有自我總結之前,知識是不屬于你的!!!
4.不要以為文獻讀一遍就夠了,了解認知是一個螺旋循環上升的過程。
建議初學者的讀文獻步驟:
1.先粗略讀懂文章題目、摘要和結論
雖然是粗略,但是必須要完全讀透,字義,文法結構。之是以說是粗略,是因為這一遍你肯定不會了解很深,因為你不知道本文的由來,以及本文解決的問題,以及本文的設計思路。
Abstract往往包含這麼幾個最基本也是最重要的元素
1.這篇文章研究了什麼(為什麼研究這個)
2.采用了什麼方法(為什麼采用這個方法)
3.得到了什麼結果(結果好在哪裡)
通過摘要,你可以得到的資訊有:
1.這篇文章與我的研究内容是否相關?
2.采用的方法是否新穎,我是否感興趣?
3.他的結果,是我想要的麼?
以上三個問題,可以變化你閱讀論文心中所帶的問題,即:
1.他是如何把這種方法運用到這類問題中的?(學習)
2.它的結果完美麼?是否是充分必要的?保守性強不強?有沒有可以改進的地方?(總結+反思)
是以,閱讀論文的Abstract,實際是你為閱讀論文所做的最重要的準備工作,帶着問題去讀論文才最有效率,萬萬不可跳過Abstract。
每次讀完文獻(不管是細讀還是粗讀),合上文獻後,想想看,文章最重要的take home message是什麼,如果不知道,就從abstract, conclusion裡找,并且從discuss裡最好确認一下。這樣一來,一篇文章就過關了。take home message其實都不會很多,基本上是一些concepts,如果你發現你需要記得很多,那往往是沒有讀到重點。
2.開始抓本文的架構,讀引言,看結果,明确作者是如何一步一步論證的。
此時不必過于深究細節,把握整體即可。
明确最重要的一點,如果你連本文的架構都抓不住,那你肯定不會了解細節。
Introduction部分包含的資訊有:
1.此問題的由來(曆史)
2.此問題在全世界内的研究進展(現狀)
3.引申出作者的研究動機
此時你必須要能回答出幾個問題才算真正抓住了本文的核心:文章的引言、結果和結論是如何将摘要詳細展開的。
3.仔細讀文章的每一個圖表,反複的深入了解文章使用的技術手段,了解作者通過什麼手段解決了什麼問題。(實作層面)
Main results讀起來會有這樣的感覺:讀到一半,居然忘了自己在看什麼,忘了自己為什麼要讀這篇文章,忘了他到底在證明些個什麼東西,還有就是每個環節都懂了,最後連在一起還是不懂...那麼說明你的大腦已經跟不上偉人的腳步了,你需要一杆筆和一張紙。
讀一點,就在紙上做一點筆記,有問題标記出來,讀完一遍之後回頭看這些問題,或去查資料,或去請教老師,然後再讀一遍論文,一篇好的論文,值得你去來回讀個至少五遍的。
4.從文章作者的角度來審視這篇論文,如果是我,我會怎麼來設計這個論文,與真正作者之間有哪些不一樣的想法。
什麼時候你看着nature級别的文章時都能提出自己的想法,那你離發nature也就不遠了。
以上僅為我的一家之言,僅供參考。(By xin49)
從小到大,我感性思維多一些,不善于讀書。85至89年在清華生物系讀大學期間,從未讀過任何一種英文專業期刊。我受到的與英文閱讀相關的訓練一共隻有兩個。一是我在1986年暑假期間選修的時任系主任的蒲慕明老師開設的《生物英語》系列講座,隐隐約約記得蒲先生讓我們閱讀一些諸如DNA雙螺旋發現之類的科普性英文文章,很有意思。但時間較短,暑假過後也沒有養成讀英文文章的習慣。二是《生物化學》這門課。與現在的清華生命學院形成鮮明對比,我上大學期間的所有基礎課和專業課都是采用中文教材、中文講課,隻有鄭昌學老師講授的《生物化學》采用了Lehninger的《Principles of Biochemistry》,而且鄭老師要求我們每個學生每次課後閱讀10-20頁教材。我們同學大多感覺到專業英文閱讀有所提高。
1990年4月至7月初,我在依阿華州Ames小鎮的Iowa State University度過了初到美國的前三個月,其中大部分時間在Herbert Fromm教授的實驗室做輪轉(rotation),跟随劉峰和董群夫妻兩人做研究(劉峰現在University of Texas Health Science Center做教授)。當時感覺最困難的就是讀專業論文。有一次,Fromm教授要求我在組會上講解一篇《Journal of Biological Chemistry》的文章,我提前兩天開始閱讀,第一遍花了足足六個小時,許多生詞隻能依靠英漢詞典,文章中的有些關鍵内容還沒有完全讀懂,當時的感覺是JBC的文章怎麼這麼長、這麼難懂?!真有點苦不堪言。為了能給Fromm教授和師兄師姐留下好印象,第二天又花了好幾個小時讀第二遍,還做了總結。第三天我在組會上的表現總算沒有給清華丢臉。但是,前前後後,真搞不清楚自己為了這一篇文章到底花了多少時間!
90年7月我轉學到約翰霍普金斯大學以後,與大學來自北大的虞一華同在IPMB program。虞一華大我一歲,來巴爾地摩之前已經在夏威夷大學讀了一年的研究所學生,對于科研論文的閱讀比我強多了。他常常在IPMB的辦公室裡拿着《科學》和《自然》周刊津津有味地閱讀,看得我很眼饞,也不了解其中那些枯燥的文章有什麼意思。他告訴我:他在讀很有意思的科學新聞。科學新聞能有什麼意思?虞一華給我講了好幾個故事:洛克菲勒大學校長諾貝爾獎得主David Baltimore如何深陷泥潭、人類基因組測序如何争辯激烈、HIV病毒究竟是誰發現的,等等。我還真沒有想到學術期刊上會有這麼多我也應該看得懂的内容!從那時起,每一期新的《科學》和《自然》一到,我也開始嘗試着閱讀裡面的新聞和研究進展介紹,這些内容往往出現在“News & Comment”“Research News”“News & Views”“Perspectives”等欄目,文筆平實,相對于專業的科研論文很容易讀懂。有時,我還把讀到的科研新聞講給我的同僚朋友們聽,而同僚的提問和互動對我又是更好的鼓勵。除了《科學》和《自然》,我也常常翻看《科學美國人》(“Scientific American”)。
與《細胞》(Cell)、《生物化學期刊》(JBC)等非常專業的期刊不同,《科學》和《自然》裡面有相當一部分内容是用來做科普教育的。《科學》周刊的“Perspectives”和《自然》周刊的“News & Views”欄目都是對重要科學論文的深入淺出的介紹,一般1-3頁,讀起來比較通俗易懂,較易入門。讀完這些文章後,再讀原始的科學論文,感覺好多了!而且可以把自己的體會與專家的分析比較一下,找找差距,有時甚至也能找回來一點自信!
從1998年在普林斯頓大學任職到現在清華大學做教授,我總是告訴自己實驗室的所有年輕人(包括大學生、碩士生、博士生、博士後)下面這幾點讀科研論文的體會,也希望我的學生跟我學:
1.請每位學生每周關注《科學》和《自然》。(生命科學界的學生還應該留心《細胞》)。如果時間有限,每周花一個小時讀讀這兩種周刊裡的
文章标題以及與自己研究領域相關的科研論文的
abstract,即可!這樣做可以保證一個學生基本上能夠跟蹤本領域最重要的發現和進展,同時開闊視野,大概知道其它領域的動态。
2.在時間充足的情況下,可以細讀《科學》和《自然》裡的新聞及科研論文。如果該科研論文有“News & Views”或“Perspectives”來介紹,請先讀這些文章,這類導讀的文章會提煉問題,就好比是老師事先給學生講解一番論文的來龍去脈,對學生閱讀原始論文有很大幫助。
3.在讀具體的科研論文時,最重要的是了解文章的
主線邏輯。文章中的所有Figures都是按照這個主線邏輯展開描述的。是以,我一般先讀“introduction”部分,然後很快地看一遍Figures。大概知道這條主線之後,才一字一句地去讀“results”和“discussion”。
4.當遇到一些實驗或結果分析很晦澀難懂時,不必花太多時間深究,而力求一氣把文章讀完。也許你的問題在後面的内容中自然就有解答。這與聽學術講座非常相似!你如果想每個細節都聽懂,留心每一個技術細節,那你聽學術講座不僅會很累,而且也許會為了深究一個小技術環節而影響了對整個講座邏輯推理及核心結論的了解。
5.對個别重要的文章和自己領域内的科研論文,應該精讀。對與自己課題相關的每一篇論文則必須字斟句酌地讀。這些論文,不僅要完全讀懂,了解每一個實驗的細節、分析、結論,還必須聯想到這些實驗和結論對自己的課題的影響和啟發,提出自己的觀點。
6.科學論文的閱讀水準是循序漸進的。每個人開始都會很吃力,是以你有這種感覺不要氣餒。堅持很重要,你一定會漸入佳境。當你有問題時或有絕妙分析時,應該與師兄師姐或找導師讨論。
7.科研訓練的一個重要組成部分就是科研論文的閱讀。每一個博士生必須經過嚴格的科研論文閱讀的訓練。除了你自己的習慣性閱讀外,你應該在研究所學生階段選修以閱讀分析專業文獻為主的一至兩門課,在實驗室内也要有定期的科研論文讨論(Journal Club)。如果你的實驗室還沒有這種讨論,你們學生可以自發地組織起來。
8.前面幾條都是讨論如何提高科研論文的閱讀能力,但是一旦入了門,就要學會critical reading。不要迷信已發表的論文,哪怕是發表在非常好的期刊上。要時刻提醒自己:該論文邏輯是否嚴謹,資料是否可靠,實驗證據是否支援結論,你是否能想出更好的實驗,你是否可以在此論文的基礎上提出新的重要問題?等等。
天外有天,讀科研論文是一件很簡單、但也很深奧的事情。一般的學生常常滿足于讀懂、讀透一篇好的論文,優秀的學生則會舉一反三、通過查找references縱深了解整個領域的曆史、現狀,并展望該領域未來的可能進展。
我從1990年對學術論文一竅不通到96年博士後期間的得心應手,還常常幫助同僚分析,自以為水準了得。但是有一件事讓我看到了自己的嚴重不足,頗為羞愧。1996年,是SMAD蛋白發現及TGF-b信号轉導研究的最激動人心的一年,哈佛醫學院的Whitman實驗室在十月份的《自然》雜志上以“Article”的形式發表了一篇名為“A transcriptional partner for MAD proteins in TGF-b signaling”的文章。讀完之後,正好遇到TGF-b領域的著名學者Joan Massague,我對Joan評論說:I’m not so sure why this paper deserves a full article in Nature. They just identified another Smad-interacting protein, and the data quality is mediocre. 完全出乎我的意料,Joan馬上回應我:I disagree! This paper links the cytoplasmic Smad protein into the nucleus and identifies a transcription factor as its interacting protein. Now the TGF-b signaling pathway is complete. It is a beautiful Nature article! 這件事對我觸動極大:原來大師的視野和品位遠遠在我之上。從那以後,我也開始從整個領域的發展方面來權衡一篇文章的重要性,這件事對我今後為國際重要學術期刊審稿、自己實驗室選擇研究課題都起到了相當重要的作用。
如今,我閱讀一篇本領域内的科研論文,非常順利,而且常常可以看出一些作者沒有想到或分析到的關鍵點。回想從前,感慨萬千,感謝蒲慕明、鄭昌學、虞一華、John Desjarlais、Jeremy Berg、Joan Massague等一批老師和同僚對我的幫助。我很留心,也很用心。
希望所有的學生也能通過努力和堅持對英文科研論文的閱讀得心應手!
