#1
專家意見: All data and related metadata underlying the findings reported in a submitted manuscript should be deposited in an appropriate public repository, unless already provided as part of the submitted article.
譯文:所送出的稿件中報告的所有資料和相關中繼資料應存放在适當的公共資料存儲庫中,除非已經作為文章的一部分進行了送出。
編輯解讀:
NRR要求作者在發表文章時,不受限制地公開提供複制其研究結果所需的所有資料。當特定的法律或道德限制禁止公開分享資料集時,作者必須說明其他人如何獲得資料。
在送出稿件時,作者必須提供一份資料可用性聲明(Data availability statement),說明是否符合NRR的資料政策。如果文章被接受發表,資料可用性聲明将作為文章的一部分發表。
作者必須分享他們送出的 "最小資料集"。NRR對最小資料集的定義是:包括複制文章中所有研究結果所需的資料,以及相關的中繼資料和方法。此外,NRR要求作者在準備、記錄和儲存資料時遵守特定領域的标準。
例如,作者應送出以下資料:
-所報告的平均值、标準差和其他檢測背後的數值。
-用于建立圖表的數值。
-從圖像中提取的用于分析的點。
如果報告的研究中隻使用了部分資料,作者不需要送出整個資料集。另外,如果該領域的标準是分享經過處理的資料,那麼作者不需要送出研究期間收集的原始資料。
NRR不允許提及 "未顯示資料(data not shown)"。作者應将相關資料存入公共資料庫或在稿件中提供這些資料。
NRR要求作者提供支援所有報告結果的樣本圖像資料(如免疫組化圖像、fMRI圖像等),可以随投稿檔案一起提供,也可以在公共資料庫中提供。
作者必須提供原始的、未剪裁的、經過最小調整的圖像,以支援文章的數字和支援資訊檔案中報告的所有印迹和凝膠結果。雖然在最初送出時沒有必要提供原始圖像,但在同行評審過程中或在送出的文章被接受發表之前,将需要這些檔案。
在審查發表後出現的與圖像有關的問題時,NRR可能會根據需要要求提供文章中描述的任何圖像檔案的基礎資料,以解決這些問題。
推薦的存儲庫
除非已經作為文章的一部分提供,否則所有的資料、軟體和代碼都應該存放在适當的公共存儲庫中。存儲庫可以是接受特定類型結構化資料和/或軟體的特定學科存儲庫,也可以是接受多種資料和/或軟體類型的跨學科通用存儲庫。
如果存在特定領域的資料或軟體存放标準,NRR要求作者遵守這些标準。作者應選擇适合其研究領域的存儲庫(例如,ArrayExpress或GEO用于微陣列資料;GenBank、EMBL或DDBJ用于基因序列)。NRR已經确定了一套成熟的存儲庫,列在下面,這些存儲庫在各自的社群内被認可和信任。NRR不會為資料可用性政策規定存儲庫的選擇。
對于環境和生物醫學科學存儲庫和領域标準的進一步資訊,建議利用FAIRsharing。此外,研究資料存儲庫注冊中心(Re3Data)是一個跨學科領域的注冊資料存儲庫的全面資源。FAIRsharing和Re3Data都提供了關于一系列标準的資訊,以幫助研究人員确定最适合他們需求的存儲庫(例如,許可、證書和标準、政策等)。
如果作者使用有明确許可政策的資源庫,這些政策不應該比知識共享署名(CC BY)許可更具限制性。
資料可用性聲明(Data availability statement)範例 :
Data availability statement: All relevant data are within the paper.
Data availability statement: All relevant data are within the manuscript and its Additional files.
Data availability statement: No additional data are available.
Data availability statement: The data are available from the corresponding author on reasonable request.
Data availability statement: The data that support the findings of this study are available from the Spanish national statistics institute at http://www.ine.es. Death statistics were obtained from http://www.ine.es/dyngs/INEbase/es/operacion.htm?c=Estadistica_C&cid=1254736176780&menu=resultados&idp=1254735573175. Wage structure data were obtained from http://www.ine.es/dyngs/INEbase/es/categoria.htm?c=Estadistica_P&cid=1254735976594. The economically active population survey was found at http://www.ine.es/dyngs/INEbase/es/operacion.htm?c=Estadistica_C&cid=1254736176918&menu=resultados&idp=1254735976595.
Data availability statement: Data cannot be shared publicly, because data from this study may contain potentially or sensitive patient information. Data are anonymized, however nevertheless, due to relatively few severe cases, patients could be identified (Medical Ethics Committee Brabant). Therefore, data from this study will be made available for researchers who meet criteria for access to confidential data. Requests may be sent to: [email protected].
Data availability statement: There are ethical restrictions on sharing of de-identified data for this study. The ethics committee has not agreed to the public sharing of data as we do not have the participants’ permission to share their anonymous data. Further, the dataset includes sensitive injury cases and descriptions of the mechanism of injury. It is likely given the nature of the dataset that patients may still be identifiable despite efforts to anonymise the data. Qualified and interested researchers may request access to the data by contacting Professor Kate Diesfield of the Auckland University of Technology Ethics Committee (Phone +64 9 921 9999 extn: 7837, Email [email protected]) ethics reference number 20/121.
幾種類型資料可用性聲明模闆:
資料可用性 | 模闆 |
在使用DOIs釋出資料集的公共存儲庫中公開資料 | The data that support the findings of this study are openly available in [repository name, e.g., “Figshare”] at http://doi.org/[doi],reference number [reference number]. |
在使用不釋出DOIs的公共存儲庫中公開資料 | The data that support the findings of this study are openly available in [repository name] at [URL], reference number [reference number]. |
公共領域資源産生的資料 | The data that support the findings of this study are openly available in [repository name] at [URL], reference number [reference number]. These data were derived from the following resources available in the public domain: [list resources and URLs] |
由于商業限制對資料的禁用 | The data that support the findings of this study are available in [repository name] at [URL/DOI link] following an embargo from the date of publication to allow for commercialization of research findings. |
由于穩私/道德方面的限制,可根據要求提供資料 | The data that support the findings of this study are available on request from the corresponding author. The data are not publicly available due to privacy or ethical restrictions. |
受第三方限制的資料 | The data that support the findings of this study are openly available from [third party]. Restrictions apply to the availability of these data, which were used under license for this study. data are available [from the authors/at URL] with the permission of [third party]. |
根據合理要求提供資料 | The data that support the findings of this study are available from the corresponding author upon reasonable request. |
沒有生成新的資料 | Data sharing is not applicable to this article as no new data were created or analyzed in this study. |
補充材料中提供的資料 | The data that support the findings of this study are available in the Additional files of this article. |
#2
專家意見:Although in the animal experiments the number of animals were indicated as 6 in each group, but the reproducibility of experiments were not mentioned.
譯文:雖然在動物實驗中,每組動物的數量被标明為6隻,但沒有提到實驗的重複次數。
編輯解讀:關于實驗重複次數的說明是展現實驗嚴謹性的一個方面,其應在相應圖題中有所展現。
#3
專家意見: Please clarify these issues. Please remember that the materials and methods section should include sufficient detail for a future researcher to replicate your experiments if they so desire.
譯文:請澄清這些問題。請記住,材料和方法部分應包括足夠的細節,以便未來的研究人員根據自己的意願重複你的實驗。
編輯解讀:方法中,關于實驗/操作步驟的細節描述對于他人重複實驗來說,非常重要。因為方法中一個不起眼的操作手法都可能導緻無法重複實驗。例如:2014年,美國丹娜-法伯癌症研究所的乳腺癌學者Kornelia Polyak展示了分享實驗方法的棘手之處(W. C. Hines et al. Cell Rep. 6, 779-781; 2014)。即便共享樣品和試劑、巨細靡遺地讨論了實驗方法,她在加州的合作者在流式細胞術實驗中得到的結果還是截然不同。造訪對方實驗室後才真相大白:分離惡性良性腫瘤組織時,一組采用劇烈搖動六至八小時,另一組則輕輕晃動十八至二十四小時。當兩組都采用相同的、緩慢搖動的方法時,結果終于一緻了。如今,Polyak的實驗室制作了非正式的視訊,新成員在開始一些實驗之前就能觀看。
#4
專家意見: It could be important to note what method of sacrifice was used e.g. euthanasia or another method.
譯文:重要的是要描述動物的處死方法是什麼,例如安樂死或其他方法。
編輯解讀:動物的安樂死方法的較長的描述,是涉及到動物倫理的重要問題。例如:目前對于齧齒類的動物,《安樂死指南2020版》提到的可接受的安樂死方法為戊巴比妥鈉注射法。給藥途徑可以選擇靜脈注射(IV)或腹腔注射(IP)。但有報道稱采用這2種方式注射戊巴比妥鈉,會導緻動物出現疼痛,是以在《安樂死指南2020版》中指出,使用戊巴比妥鈉進行安樂死,需聯合使用局部麻醉藥和抗驚厥藥,以幫助動物緩解疼痛。