http://www.tinygene.com/statistic-analysis/nmds
PCA分析是基于原始的物種組成矩陣所做的排序分析，而PCoA分析則是基于由物種組成計算得到的距離矩陣得出的。在PCoA分析中，計算距離矩陣的方法有很多種，例如圖1所示的Euclidean, Bray-Curtis, and Jaccard，以及圖2顯示的(un)weighted Unifrac (利用各樣品序列間的進化資訊來計算樣品間距離，其中weighted考慮物種的豐度，unweighted沒有對物種豐度進行權重處理)。