來源：小桔燈網
作者：動力彩虹
新輔助治療廣泛應用于三陰性乳腺癌（TNBC）患者。這種治療方法允許在體内評估臨床有意義的反應，進而能夠快速識别用于定制輔助全身治療的有效藥物。接受新輔助全身治療的TNBC患者中，約30%至65%的患者實作了病理完全緩解（pCR）。未達到pCR的患者往往複發率高，總體生存率低。非pCR患者的3年遠處複發風險為27%，而達到pCR的患者為9%。新輔助化療後的3年無事件生存率在無pCR患者中約為57%-68%，而在pCR患者中為92%-94%，一旦TNBC複發，中位生存期僅有18–28個月。化療無法根除微小殘留疾病被認為是由于對化療具有内在抗性的細胞逃逸，而正常臨床實踐中使用現有工具無法檢測到這些細胞。
在這種情況下，液體活檢測量循環惡性良性腫瘤DNA（ctDNA）為評估化療的實時反應提供了一種有希望的工具。在晚期TNBC中，下一代ctDNA測序顯示出與組織活檢中發現的突變高度一緻。ctDNA也被評估為預測乳腺癌患者預後的一種有前景的工具。
大多數早期TNBC患者ctDNA的傳統測序方法都使用了針對TNBC中常見的複發突變基因的通用模闆。在這些研究中，模闆不包括每個個體惡性良性腫瘤特有的體細胞變體。由于TNBC具有高度的患者間異質性，這樣的通用分析可能會忽略患者特有的分子變化。
近日，一組來自美國的研究團隊在雜志Scientific reports上發表了一篇題為“Personalized ctDNA micro-panels can monitor and predict clinical outcomes for patients with triple-negative breast cancer”的文章，在文章中，研究團隊報告了一項對50名患者的研究結果，試圖确定化療前、化療中和化療後的縱向追蹤ctDNA水準是否可以預測正在進行的前瞻性試驗中治療的TNBC患者的臨床結果。
圖檔來源：Scientific reports
主要内容
臨床資料
縱向調查ctDNA的隊列共包含50名患者，平均年齡為52歲（25-74歲），32%為非裔美國人，84%臨床分期為II期。7名患者（14%）出現疾病複發，5名患者（10%）在報告生成時死亡。
樣本采集和測序方法概述。圖檔來源：Scientific reports
用于定制ctDNA微面闆開發的
全外顯子組測序
在基線正常和配對惡性良性腫瘤樣品進行全外顯子組測序。在所有靶向外顯子位置，正常和惡性良性腫瘤樣本的中位數覆寫率為79個堿基和73個堿基。所有惡性良性腫瘤的體細胞變異中位數為77.5（下圖）。總共鑒定出7513個變體。在86%的惡性良性腫瘤中發現了TP53突變（n = 43例患者）。兩個樣品（NTN069和NTN056）具有較高的突變負荷（＞ 750個變體）；兩個患者都沒有觀察到BRCA1/BRCA2變體。在所有50名患者中選擇了208個WES變體，用于開發定制ctDNA微面闆。
在基線（T0）時，有8個樣本具有惡性良性腫瘤組織的WES和定制的外周血ctDNA微面闆測序。在8個樣本中的33個可檢測變異中，82%（n=27個變異）在組織和外周血中都可檢測到，這證明了惡性良性腫瘤測序與外周血測序的準确性和一緻性。基線惡性良性腫瘤組織中變異的平均VAF為32.9%，而外周血中變異的VAF為0.33%。
惡性良性腫瘤/比對正常基因組DNA基線（T0）WES瀑布圖。圖檔來源：Scientific reports
ctDNA監測與臨床結果
總共，針對所有50個患者樣本的208個獨特變體。在本研究分析的50名患者中，有7名患者在疾病監測期間報告了臨床複發。其中4例在報告複發的6個月内進行了ctDNA測序（下圖）。四名患者中有三名在報告臨床複發之前表現出患者特異性擴增子特征的分子複發，另外一名患者在手術時表現出持續性/殘留性疾病，然後在手術後2個月複發。另外有3名患者出現臨床複發，但他們最近的ctDNA時間點在複發前6個月以上，排除了ctDNA微面闆預測臨床複發的能力。這些資料表明，如果在臨床複發的6個月内進行ctDNA微組，則使用ctDNA微闆在臨床複發之前檢測到4名患者中的4名患者的分子複發。
21名患者在監測期間未出現臨床複發。其中17例使用定制ctDNA微面闆顯示分子緩解。有4名患者表現出潛在的分子複發，但沒有臨床複發。一名患者（NTN0022）在預計的臨床複發時間内失去随訪。其他3例患者在潛在的分子複發後至少随訪22個月。鑒于每個樣本的3-4個變體中隻有一個在分子水準上被檢測為陽性，這些樣本可能是假陽性。
臨床複發前表現出分子複發的患者。圖檔來源：Scientific reports
ctDNA陽性與pCR的關系
在本研究中分析的50名患者中，25名患者可用于評估ctDNA作為複發的生物标志物。如果定制ctDNA微面闆中的任何變體具有VAF > 0.005%，則确定樣品具有陽性ctDNA結果. 在每個時間點對每個患者進行評估，以确定陽性率。在8名pCR患者中，隻有1名患者（12.5%）在緩解期間時間點顯示ctDNA陽性。相反，在17名無pCR的患者中，8名患者（47%）在緩解期至少一個時間點顯示ctDNA陽性。pCR患者與非pCR患者的陽性率差異無顯著性，但呈趨勢性相關（p值 = 0.10; 卡方檢驗）（下圖）。
分子複發（惡性良性腫瘤特異性VAF檢測）與病理完全反應（pCR）之間的關系。圖檔來源：Scientific reports
總結與讨論
這項觀察性研究表明，應用于ctDNA的4-6個患者特異性變體的定制微面闆可用于預測和監測早期TNBC患者的疾病複發。這個定制面闆中的每一個變體都是個體獨有的，進而可以在臨床複發之前精确地識别分子複發。ctDNA中患者特異性變異的檢測也顯示出與pCR失敗的趨勢相關性，提示TNBC患者的潛在預後效用。
定制ctDNA微面闆的使用提供了相對于傳統通用面闆的可能改進，傳統通用面闆具有針對所有正在評估的惡性良性腫瘤的設定數量的基因/位點。通用面闆的使用可能不包括在監測期間提供足夠靈敏度檢測分子複發的有用變體，這些變體可能提供臨床相關資訊，如分子複發和與pCR的關聯。
為每個個體的惡性良性腫瘤識别的自定義變體不需要是已知的緻癌基因或抑癌基因，但是，通過WES和ctDNA識别的許多變體具有臨床意義。TP53包含所有惡性良性腫瘤中數量最多的變異，這與TNBC的預後相關。此外，NF1和RB1中的假定驅動因子變異已在先前報道的乳腺癌臨床試驗中證明了臨床相關性。有趣的是，在本研究中，在一些患者中觀察到了在所有TNBC中很少突變的基因，包括RECQL4和TNC，這些基因與預後和治療反應相關，具有潛在的臨床意義。在疾病監測期間使用定制面闆來評估TNBC，允許提供者評估并潛在地選擇個體惡性良性腫瘤特有的臨床相關變體，進而進一步提供相對于通用方法的優勢。
未來的研究是必要的，以進一步證明個性化惡性良性腫瘤微面闆用于預測和監測TNBC緩解。ctDNA檢測間隔更頻繁的額外時間點可用于進一步完善檢測分子複發的方法的靈敏度。開發準确識别複發風險高的TNBC患者的方法是一個未滿足的醫療需求。如果開發出臨床準确的生物标志物，也可以開發出可能改變複發TNBC病史的幹預措施。