集裝箱運輸(container transport) ，是以集裝箱作為運輸機關，進行貨物運輸的一種現代化運輸方式。适用于海洋運輸、鐵路運輸、公路運輸、内河運輸與國際多式聯運。
集裝箱是一種容器，而且是能反複使用的運輸輔助裝置，又稱“貨櫃”或“貨箱”。按國際标準化組織(International Organization for Standardization，ISO)規定，集裝箱應具備以下條件：（1）能長期反複使用；（2）途中轉運，不動容器内的貨物，可直接換裝；（3）能快速裝卸，并能從一種運輸工具上直接和友善地換裝到另一種運輸工具上；（4）便于貨物的裝滿和卸空；（5）每個容器具有一立方米（即35.32立方英尺）或以上的容積。
國際标準化組織為統一集裝箱的規格，推薦了三個系列13種規格的集裝箱。而國際航運使用最多的是，主要是20英尺和40英尺兩種。為适應運輸各類貨物的需要，除了通用的幹貨集裝箱外，還有罐式集裝箱、冷凍集裝箱、架構集裝箱、開蓋集裝箱、挂式集裝箱等種類。
集裝箱運輸有整箱貨(full container load，即FCL)和拼箱貨(less than container load，即LCL)之分。整箱貨由發貨人在工廠或倉庫進行裝箱。貨物裝箱後，直接運交集裝箱堆場(container yard，即CY)等待裝運，貨到目的港或目的地後，收貨人可直接從目的港或目的地的集裝箱堆場提走。拼箱貨是指貨量不足一整箱，需由承運人在集裝箱貨運站(container freight station，即CFS)負責把不同發貨人的貨物拼裝在一個集裝箱内，貨到目的港或目的地後，由承運人拆箱後，分撥給各收貨人。
通用的集裝箱貨物交接方式為“堆場到堆場”(CY/CY) ，即發貨人整箱交貨，收貨人整箱接貨；由“貨運站到貨運站”(CFS/CFS) ，即發貨人拼箱交貨，收貨人拼箱接貨。此外，還可以“門到門”(door to door) ，即由承運人在發貨人工廠或倉庫接貨，在收貨人工廠或倉庫交貨。
集裝箱運輸單證，主要有場站收據(dock receipt，即D/R) 、集裝箱裝箱單(container load plan，即CLP)、提單(bill of lading)或集裝箱聯運提單(combined transport B/L，即CTB/L)或多式運輸單據(multi-modal transport document，即MTD)。此外，還有裝置交接單(equipment receipt，即E/R) 、收（交）貨記錄(delivery record)等。
海運集裝箱運輸的費用構成和計算方法，包括内陸或裝運港市内運輸費、拼箱服務費、堆場服務費、海運運費、集裝箱及其裝置單使用費等。
内陸運輸費(inland transport charge)主要包括區域運費、無效拖運費、變更裝箱地點費等。内陸或港口市内運輸可以由承運人負責，也可以由貨主自理。如由貨主自理，有關費用負擔和支付按買賣合同規定，由發貨人或收貨人負責。
拼箱服務費(LCL service charge)，包括拼箱貨在貨運站至堆場之間，空箱或重箱的運輸、理貨，貨運站内的搬運、分票、堆存、裝拆箱，以及簽發場站收據、裝箱單制作等各項服務費用。
堆場服務費(terminal handling charge，即THC)，也稱碼頭服務費。包括在裝船港接受來自貨主或集裝箱貨運站的整箱貨和堆存、搬運至裝卸橋下的費用，以及在卸貨港的從裝卸橋下接收進口箱，把箱子搬運到堆場和在堆場的堆存費用。還包括在裝卸港的有關單據費用。
集裝箱及其他裝置使用費(fee for use container and other equipments)，當貨主使用由承運人提供的集裝箱和底盤車等裝置時發生的費用。還包括集裝箱從底盤車吊上吊下的費用。
目前集裝箱海運費，基本上分為兩個大類：一類是沿用傳統的件雜貨（散貨）的運費計算方法，即以每運費噸作為計費機關；另一類是以每個集裝箱作為計費機關，即包箱費率(box-rate)。但總的趨勢是，包箱費率的計算方法逐漸取代傳統件雜貨運費的計算方法。集裝箱的包箱費率由三種規定方法：1.FAK包箱費率(freight for all kinds)，不分貨物種類，也不計貨量，隻規定統一的每個集裝箱收取的費率。2.FCS包箱費率(freight for class)，按不同貨物等級指定的包箱費率。3.FCB包箱費率(freight for class&basis)，按不同貨物等級或貨物類别以及計算标準指定的費率。
許多班輪船公司根據自己的需要，訂出了不同的包箱費率，即使是同一家船公司的費率，不同航線也采用不同的包箱費率。
例如：（一）某公司出口一批十字扳手到日本神戶，共600件，總重量16.2公噸，總尺碼為23.316立方米，由船公司裝了一個20英尺集裝箱。經查船公司運價表，該貨運費計算标準為W/M，等級為10級，20英尺箱運費率是US$870/M和US$850/W，裝箱費是US$120/20’。試計算該批十字扳手的總運費。
解：因為M=23.316>W=16.2，
是以按尺碼作為計算運費的标準。
總運費=基本運費+附加運費=23.316×870+120=20404.92(美元)。
即該批十字扳手的總運費為20404.92美元。
（二）某公司出口一批貨，共2640件，總重量為37.8公噸，總體積為124.486立方米，由船公司裝了一個20英尺和兩個40英尺集裝箱，從上海裝船，在香港轉船運至荷蘭鹿特丹港運費計算标準：M，等級為1-8級，從上海至鹿特丹港口的直達費率和經香港轉船費率分别為US$1850/20’，US$3515/40’和US$2050/20’，US$3915/40’，裝箱費率是US$120.00/20’，US$240.00/40’。（1）試計算該批貨的總運費。（2）該批貨原報價為每件24.00美元FOB上海，試求CFR鹿特丹價。
解：（1）裝箱費：120×1+240×2=600(美元)
運費：2050×1+3915×2=9880(美元)
則運費費用總計：600+9880=10480(美元)
即該批貨的總運費為10480美元。
（2）CFR價=FOB價+運費=24+10480÷2640≈27.97(美元/件)
即CFR鹿特丹價為每件27.97美元。