1916年袁世凱死，北洋軍分裂為多股勢力。1917年北洋政府掀起“府院之争”，以大總統黎元洪為首的總統府與以國務總理段祺瑞為首的國務院之間爆發争端。
黎元洪
早于1917年2月間，府院之間關于對德國絕交、宣戰等事項已有分歧，段祺瑞掌握兵權逼迫黎元洪向德國宣戰，遭到黎元洪的反駁拒絕，自此兩人關系公開惡化。4月6日，美國正式對德宣戰，不支援也不反對中國對德宣戰，如果中國對德宣戰，而日本則公開表示希望中國參戰。綜合美、日兩國的态度，黎元洪認為對德宣戰無利可圖，而段祺瑞為獲得日本支援，希望能夠宣戰，兩人的關系為此進一步惡化。
段祺瑞
當時康有為、梁啟超在思想上已經分裂，梁啟超支援對德宣戰的主張，而康有為認為對德宣戰則中國必亡，一時間危言聳聽不絕如縷。各地的團體、名流以及督軍，紛紛通電、寫信、發表文章反對宣戰 。
段祺瑞邀請北洋督軍們開會宣稱，參戰隻是“對外宣而不戰”，宣戰無需出兵，隻需派遣勞工去歐洲，勉強取得将軍們的同意。到月底，國内支援宣戰的聲音越來越大，段祺瑞操縱督軍、國會、内閣逼迫黎元洪對德宣戰，但黎元洪死活不肯就範。
北洋軍代表赴歐洲
5月段祺瑞私自向日本借款一事被揭露，親英美的黎元洪下令撤段祺瑞的職務，段祺瑞揚言将另組臨時政府，府院之争白熱化。
在總統黎元洪的邀請下，張勳率領5000辮子軍“調停“，随後扶持溥儀複辟，在北京做起封侯拜相的春秋大夢，史稱“張勳複辟”。複辟成功後，張勳整日誇耀自己“再造清朝”的不世之功，被其正妻罵作“一字平肩王”（一字平肩即被砍頭）後，才稍微收斂。
“辮帥”張勳
黎元洪通電由住在南京的副總統馮國璋接任總統職務，自己則狼狽出逃到日本使館區避難，段祺瑞組織讨逆軍攻擊辮子軍，段祺瑞大獲全勝。1918年10月，在皖系“四大金剛”之一徐樹铮操縱下，國會近九成人數由贊成皖系的議員組成，直系馮國璋毫無疑問的下台走人，段祺瑞一時取得上風。
徐樹铮
1919年，皖系徐樹铮就出兵北上，收複1912年後脫離中央的外蒙古。民國初期四分五裂，皖系隻能在自己掌控的地盤收稅，為了維持政府運轉，段祺瑞向日本借款史稱“西原借款”，以山東和東北地區的鐵路、礦産、森林等權益作為交換。
1920年，直皖戰争爆發，僅僅五天時間皖軍土崩瓦解，随後段祺瑞被逐出北京，避居于天津，繼任北洋政府總統不承認段祺瑞的借款，使日本人大為光火但又無可奈何。
馮國璋（本人及劇照）
1922年，吳佩孚在第一次直奉大戰中擊敗了張作霖的奉軍，1924年第二次直奉大戰爆發，就在吳佩孚在前線督戰時，馮玉祥倒戈殺回北京，軟禁賄選上位的總統曹锟，吳佩孚勢力退回兩湖地區，張作霖控制北洋政府。
張作霖、張學良
此時南方革命軍不斷崛起，1925年國民革命軍成立，先後進行東征、南讨諸役，到1926年7月國民革命軍開始北伐，相繼擊敗吳佩孚、孫傳芳等軍閥勢力，至1928年張作霖退出北京，于皇姑屯被謀殺，北伐軍占領北京。日本人試圖鼓動“東北自治”，張學良與日本決裂于1928年12月29日通電全國，宣布東北從即日起遵守三民主義，服從國民政府改變旗幟，随後，東北軍将北洋政府的五色旗，換成了國民政府的青天白日滿地紅旗。至此，中國從形式上完成全統一。