中國科學院動物研究所鄒征廷研究員課題組博士後招聘啟示

中國科學院動物研究所計算分子進化研究組，以計算生物學為主要手段，基于比較基因組學、數學模組化和模拟、統計推斷、深度學習等方法，對蛋白序列分子演化、發育演化和其它演化生物學問題進行探究。具體介紹請見：http://sourcedb.ioz.cas.cn/zw/zjrc/202009/t20200929_5709540.html

現拟招聘博士後1-2人，從事基于深度學習及分子序列、組學資料分析的演化生物學課題研究，合作導師為鄒征廷研究員。

應聘條件

具備進行計算演化生物學研究、發現和解決具體科研問題的能力和技術，有深度學習或單細胞測序資料分析能力者優先；

對研究課題有責任心，主動思考和解決問題，能獨立開展科研工作，身心健康，具有良好的溝通能力和團隊協作能力；

能深入閱讀本領域英文文獻，有良好的英文寫作和口頭交流能力；

已經或者即将獲得生物學或計算科學等相關專業的博士學位。

崗位職責

在研究組長指導下，獨立承擔科研任務，開展科學研究；

協助研究組長進行實驗室管理和研究所學生培養；

協助研究組長或獨立申請研究課題。

工資待遇

享受動物研究所根據有關規定給予的待遇，及中國科學院博士後及特别研究助理待遇，提供在北京具有競争力的薪酬及福利，優秀應聘者待遇從優。

研究組鼓勵申請相關人才計劃和外部資助，提供良好的研究條件和國際合作交流機會，支援科研人員下一階段職業發展。

應聘材料

個人履歷（含研究工作簡介）；

至少兩名推薦人的推薦信，推薦人姓名、機關和聯系方式；

其它能證明個人能力的材料。

合作導師簡介

鄒征廷，男，博士，博士生導師，中國科學院動物研究所計算分子進化研究組組長。

2009 – 2013學士，生物科學，北京大學

2013 – 2017博士，生物資訊學，密歇根大學

2017 – 2020博士後，生态與演化系，密歇根大學

2020.9 至今研究組長，中國科學院動物研究所

研究領域：計算生物學，分子演化與系統發育，演化發育生物學，深度學習應用

研究組方向簡介

生物演化是生命系統最根本的形成規律和原理。是以，演化生物學研究的目标是基于演化原理，利用定性或定量的理論對分子、細胞、形态、種群和物種等各個尺度的生命現象和資料進行解釋，并發現更多的演化規律。本研究組以計算生物學為主要手段，基于比較分析、數學模組化和模拟、深度學習等方法，從分子序列等層面對生物演化相關的核心和前沿問題進行探究。

分子序列的演化規律

作為對DNA和蛋白質序列演化過程的數學模組化，分子演化模型是生物資訊學分析的核心工具之一。

近年來随着大量組學資料的積累分析，我們對分子序列演化的模式和規律有了更多的認識。例如，不同物種之間、不同基因組序列位點之間存在演化速率等特征的差異（異質性heterogeneity），以及分子序列的不同位點間并非獨立演化，而是存在互相作用（上位效應epistasis）等等。

研究組希望基于可用的多物種序列資料，探究這些序列演化模式的生物學機制和影響因素，以及如何結合這些因素進行分子演化和系統發育分析，對序列演化的模式和規律、适應性演化等現象進行更細緻準确的刻畫和模組化。

深度學習的演化分析應用

深度學習是近年來快速發展的計算方法，能夠基于大量複雜多樣化的資料進行模式提取和預測。針對生物學資料影響因素複雜、異質性高的特點，研究組希望借助深度學習方法，嘗試對分子序列等資料進行系統發育和分類等模式的識别和預測。

發育演化模式和機理

細胞類型的分化決定了多細胞生物體的不同生理功能，是生物多樣性和适應性演化的基礎。近年來，單細胞測序技術産生了不同物種的大量發育資料。我們希望從分子演化和系統發育的角度比較分析組學資料，結合基因調控網絡等資訊，在序列以上的生物學尺度探究發育過程的演化規律。

除此之外，本研究組對适應性演化規律、趨同演化、比較基因組學、表型演化、系統發育樹等話題保持廣泛興趣。

代表論著

#共同第一作者，*通訊作者

>>可上下滑動檢視

14. Si S, Xu X*, Zhuang Y, Gao X, Zhang H, Zou Z*, and Luo SJ*. The genetics and evolution of eye color in domestic pigeons (Columba livia). PLOS Genet., 2021, 17:e1009770. doi: 10.1371/journal.pgen.1009770

13. Zou Z, and Zhang J. Are nonsynonymous transversions generally more deleterious than nonsynonymous transitions? Mol. Biol. Evol., 2021, 38:181-191. doi: 10.1093/molbev/msaa200

12. Lyons DM#, Zou Z#, Xu H, Zhang J. Idiosyncratic epistasis creates universals in mutational effects and evolutionary trajectories. Nat. Ecol. Evol., 2020, 4:1685-1693. doi: 10.1038/s41559-020-01286-y

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10. Zou Z#, Zhang H#, Guan Y, Zhang J. Deep residual neural networks resolve quartet molecular phylogenies. Mol. Biol. Evol., 2020, 37:1495-1507. doi: 10.1093/molbev/msz307

9. Zou Z, and Zhang J. Amino acid exchangeabilities vary across the tree of life. Sci. Adv., 2019, 5: eaax3124. doi: 10.1126/sciadv.aax3124

8. Ding X, Zou Z, Brooks III CL. 2019. Deciphering protein evolution and fitness landscapes with latent space models. Nat. Commun., 10: 5644. doi: 10.1038/s41467-019-13633-0

7. Zou Z, and Zhang J. Gene tree discordance does not explain away the temporal decline of convergence in mammalian protein sequence evolution. Mol. Biol. Evol., 2017, 34: 1682-1688. doi: 10.1093/molbev/msx109

6. Zou Z, and Zhang J. Morphological and molecular convergences in mammalian phylogenetics. Nat. Commun., 2016, 7: 12758. doi: 10.1038/ncomms12758

5. Oetjens MT, Shen F, Emery SB, Zou Z and Kidd JM. 2016. Y-Chromosome structural diversity in the bonobo and chimpanzee lineages. Genome Biol. Evol., 8: 2231-2240. doi: 10.1093/gbe/evw150

4. Zou Z, and Zhang J. Are convergent and parallel amino acid substitutions in protein evolution more prevalent than neutral expectations? Mol. Biol. Evol., 2015, 32: 2085-2096. doi: 10.1093/molbev/msv091

3. Zou Z, and Zhang J. No genome-wide convergence for echolocation. Mol. Biol. Evol., 2015, 32: 1237-1241. doi: 10.1093/molbev/msv014

2. Zou Z-T, Uphyrkina O, Fomenko P, Luo S-J. The development and application of a multiplex short tandem repeat (STR) system for identifying subspecies, individuals and sex in tigers. Integr. Zool., 2015, 10: 376-388. doi: 10.1111/1749-4877.12136

1. Xu X, Dong G-X, Hu X-S, Miao L, Zhang X-L, Zhang D-L, Yang H-D, Zhang T-Y, Zou Z-T, Zhang T-T, Zhuang Y, Bhak J, Cho YS, Dai W-T, Jiang T-J, Xie C, Li R-Q, Luo S-J. 2013. The genetic basis of white tigers. Curr. Biol., 23: 1031-1035. doi: 10.1016/j.cub.2013.04.054