明安宗弘光帝朱由崧，是明神宗萬曆帝朱翊鈞之孫、福忠王（恭宗孝皇帝）朱常洵長子，萬曆三十五年（1607年）七月生于京師福藩王邸。
朱由崧之父福王朱常洵，是明神宗萬曆帝的第三子、也是最喜歡的愛子，萬曆帝當初就有舍棄皇長子朱常洛，改立朱常洵的想法（萬曆帝次子朱常溆早夭）。但明代中晚期以來，文官集團勢力龐大、對抗皇權毫不退縮，為了維護儒家宗法制度的尊嚴、以及在事實上掌握“治統”的權力，文官集團以“祖宗家法、人倫道統”為借口，對萬曆帝的“廢長立幼”舉動進行了堅決的抵制和反對。
從萬曆十四年（1586年）朱常洵出生時開始，文臣們和皇帝就“立儲”之事進行了長達十五年的拉鋸式鬥争，雙方因為此事鬧得不可開交，朝廷首輔是以換了數任、被降職、革職、甚至挨了廷杖的文官不在少數，這就是晚明時期，著名的“國本之争”。
直到萬曆二十九年（1601年），在生母慈聖皇太後的出面幹預下後，再加上萬曆帝對于多年以來與群臣鬥争始終不能獲勝的厭煩和灰心心情影響下，文臣們的堅持終于得到回報：萬曆帝向臣子們妥協，不再堅持立皇三子朱常洵，而是正式下達冊立皇太子的诏書，以皇長子朱常洛為皇太子。
萬曆二十九年（1601年）冬天，虛歲二十的朱常洛，終于在文官集團的擁護和力推下（其實也是維護文官集團自己的利益），被正式冊立為皇太子。而和皇位擦肩而過的皇三子朱常洵，也在同時被冊封為福王，以中原大城洛陽為藩國。曆時十五年之久的國本之争，終于以文臣的勝利而落下帷幕。但與此同時，福王一系也和文官集團産生了尖銳的、不可調和的沖突，這個沖突，将在四十多年後，給大明帶來意想不到的災難結果。
朱常洵封藩後，萬曆帝以其年歲尚幼為借口，沒有立即将他遣往封地洛陽，而是繼續讓他留居京師，待年歲稍長後，再行“之國”。萬曆三十二年（1604年），萬曆帝給剛剛滿十八歲的朱常洵在京師舉行大婚典禮，除了命戶部支出白銀三十萬兩用于福王大婚禮用度之外，萬曆帝還發私帑(就是皇帝自己的小金庫）白銀二十餘萬兩給朱常洵，作為婚禮費用。在有明一代皇子（親王）的婚禮中，福王所耗費的用度，是最高的一位（并且遠遠高過其他皇子親王）。
而就在福王大婚的第二年，萬曆三十三年（1605年）十一月，福王的兄長、皇太子朱常洛誕育了自己的長子，取名為朱由校，這就是日後的明熹宗天啟帝。
萬曆三十五年（1607年），福王長子出生，取名為朱由崧（有史料記載朱由崧是福王嫡長子，但根據後來朱由崧始封爵位是德昌王、而不是福世子來看，他應該不是福王的嫡長子）。按照明代祖制，皇子封王、大婚後，都要立即前赴藩國就封，而不應呆在京師，以免威脅皇權。可福王自從萬曆二十九年（1601年）受封、萬曆三十二年（1604年）大婚以來，遲遲沒有前往藩國洛陽，還是繼續住在京師的王邸内，這讓本來就和他關系惡劣的文官們十分不滿，是以多方催促萬曆帝，讓福王早日就藩、“屏護皇室”。
萬曆帝對文官們天然就有一種厭惡、抵觸、逆反感，文官們越是催促，萬曆帝越是不願意照辦，是以，福王封藩後，足足在京師居住了十三年，一直到萬曆四十二年（1614年），已經二十九歲的福王再也沒有任何借口繼續留在京師了，萬曆帝這才依依不舍地将他安排前赴洛陽就藩，時年十歲的福王長子朱由崧，也随着父親辭别皇祖、一同出京，前往洛陽封國。
在此之前的萬曆三十八年十二月二十四（陽曆是1611年2月6日），朱由崧的伯父、皇太子朱常洛誕育了第五子，朱由崧又多了一個堂弟。不知道此時尚在京師的朱常洵、朱由崧父子，是否曾到皇太子宮中去探視、祝賀兄長（伯父）再獲子嗣（按照朱常洛、朱常洵兄弟之間因為争奪儲位的尴尬關系來推測，朱常洵應該不大可能會親自去祝賀兄長得子，最多派內侍送些禮物，也就罷了）。這個剛出生的嬰兒，被萬曆帝親自賜名為朱由檢，也就是日後大明王朝的最後一代（正統）皇帝——明思宗崇祯帝。
自萬曆四十二年（1614年）至崇祯十三年（1640年），就藩的福王父子在封國洛陽度過了富貴悠閑、無所事事、尊貴而乏味的二十多年。這期間，大明皇統數次更替，皇位從朱由崧的皇祖萬曆帝朱翊鈞手中先後傳給了伯父泰昌帝朱常洛、堂兄天啟帝朱由校、堂弟崇祯帝朱由檢。
萬曆四十八年（1620年）七月，萬曆帝駕崩後，新君泰昌帝朱常洛晉封皇侄朱由崧為德昌王（這證明了朱由崧不是朱常洵嫡長子，不然就直接封福世子了）。大約在崇祯八年（1635年）左右，朱由崧被堂弟崇祯帝晉封為福世子（明制：藩王無嫡子、且年過五十者，可冊立在世庶子中最長者為世子；而崇祯八年，福王朱常洵已年滿五十），這一年，朱由崧二十八歲。
崇祯二年（1629年），陝西農民起義爆發，在随後的十餘年中，農民起義軍轉戰明朝北方、中部各處，同時關外的後金政權也數次入寇、威脅明朝中樞的統治。内外夾擊之下，明朝對全國的統治越來越虛弱無力，控制力衰退，江山社稷搖搖欲墜。
但這些内外亂局，以及如何應對的籌劃，統統和洛陽的福王父子沒有關系。按明朝皇室制度，藩王不得幹預地方政務、不得随意出城，不得私蓄兵士，隻能守在封國城中，無聊地消耗着财富而已。是以，朱由崧和父親福王，即使已經身處嚴峻局勢中，也隻能被動接受，而不能自己選擇應對道路（沒得選）。
崇祯十二年（1639年）底，被明軍擊敗、遠遁陝西商洛山中的農民軍趁明軍主力前往四川、追剿另一股農民軍時，趁機在商洛山中再次起義，并于崇祯十三年（1640年）初從商洛山殺出，同時彙集數千人，先入湖廣鄖陽（湖北十堰），然後迂回進入河南。
農民軍入河南後，連克永甯、 宜陽、新安等十餘座城池，還釋出了“均田免賦”的口号，一路收留饑民，開倉赈濟，是以“遠近饑民荷鋤而往，應之如流水，日夜不絕，而其勢燎原不可撲”，農民軍是以迅速發展到十數萬人。在攻克洛陽四周城池後，農民軍對洛陽城形成了包圍之勢。在洛陽優哉遊哉居住了近三十年的福王父子，這一下不得不要面對真真切切的人生危局、和近在咫尺的生命危險了。
崇祯十四年（1641年）正月，崇祯帝聞報洛陽被圍後，急忙命河南布政使司參政王胤昌率總兵王紹禹、副将劉見義、羅泰等援救洛陽。王胤昌率軍入城後，福王朱常洵賜宴給援軍将領，并發王府内帛犒賞援軍。
數日後，農民軍數十萬大軍（這個時候又增加人數了，投靠農民軍的饑民實在太多太多）開到洛陽城外，開始四面包圍、環攻洛陽城。剛開始守城的時候，福王還和城内官員一起，以重金招募城内義兵，出城偷襲農民軍營地（其中福王出了‘千金’，也就是一千兩黃金），取得了一些戰果。但農民軍遇挫後，集中兵力猛攻洛陽城西北角，取得了很大戰果，守城軍士傷亡慘重，也得不到撫恤、甚至物資補充，是以士氣迅速低落。
圍城數日後，因為城内糧草不濟、再加上守軍士氣低落、并和城外農民軍中許多人都是熟人、鄉黨（農民軍中的成員絕大部分都是河南人），彼此相識，不願意死守。是以，崇祯十四年（1641年）正月二十夜，王紹禹屬下士兵在城内發動了起義，并且擒獲了統兵文官王胤昌，開洛陽北門迎農民軍入城，洛陽是以失陷。
洛陽失陷後，猝不及防的福王父子在驚慌失措中棄城逃走，福王來到城外的迎恩寺中躲藏，第二天，循迹而來農民軍在迎恩寺中抓住了體胖不能及時逃走的福王朱常洵。福世子朱由崧則在亂軍中拼着命用繩子順着城牆而下，逃離了洛陽城（福世子當時應該不是很胖，否則做不出這麼有難度的逃命舉動），輾轉跑到懷慶府躲藏，暫時由皇室宗親、封國懷慶的鄭藩代為照料。
福王朱常洵被農民軍抓住後，當即被處死，不過野史中所記載的“福祿宴”恐怕是杜撰的。因為根據福王的“圹志”（墓志銘）以及官修的《明史》記載，福王被殺後，王府内的兩名承奉（宦官）還向農民軍乞求将福王的屍體交還給他們，并用車子載着運到洛陽西關安葬（後來改葬邙山之原）。是以，福王不大可能被農民軍殺死後，和梅花鹿一起煮成“福祿湯”吃掉。
福世子朱由崧避難于懷慶時，懷慶鄭藩鄭敬王朱載壐已薨，鄭世子朱翊鐘因罪被賜死，鄭敬王次子朱翊铎尚未襲爵，鄭藩也是混亂得很，估計不大顧得上朱由崧這個逃難後輩。朱由崧在懷慶的避難日子，可想而知，很是艱難。
崇祯十六年（1643年）五月，在為父親服喪三年（實際二十七個月）後，福世子朱由崧得到了堂弟崇祯帝頒下的繼位诏令，正式承襲福王。崇祯帝在命堂兄襲爵的同時，還将自己所佩戴的玉帶交給頒诏內侍，讓他轉交福王，以示挂念。
原本福藩封國在洛陽，但此時洛陽尚在農民軍手中，是以福王不能傳回封地就國。雖然崇祯十六年（1643年）八月，孫傳庭收複了洛陽，但旋即再次失守，孫傳庭敗退回潼關。是以，福王不得不繼續寄居在懷慶，與鄭王朱翊铎同城而居。
崇祯十七年（1644年）正月，農民軍在西安建國，成立了大順政權，随即分兵各地，向京師以及其他明朝尚占據的地方進軍。懷慶也被農民軍攻克，鄭王朱翊铎不知所終，鄭世子朱常澄棄城逃跑，慌亂中顧不上帶着福王一起逃難。
危急中，福王再一次發揮了優異的逃跑本領，從懷慶府成功逃離，一路颠簸，逃至衛輝府，投奔衛輝當地的皇族長輩、潞王朱常淓（明穆宗隆慶帝之孫、萬曆帝之侄、福忠王堂弟、福王堂叔）。
三個月後，崇祯十七年（1644年）三月初四，衛輝府也有警訊傳來，農民軍開始向衛輝府進發。潞王、福王叔侄緊急商量後，決心避免懷慶鄭王的前轍，趁農民軍尚未到來之際，提前放棄衛輝，向南方“轉進”、以避兵燹之災。于是，福王随叔父潞王在當天就收拾細軟，逃離衛輝，向南方避禍，暫居于淮安府。
在抵達淮安府時，福王、潞王遇見了同樣為了躲避農民軍兵鋒而逃難的宗室成員周王、崇王，大家同在淮安避難。事出倉促，諸王沒能在城内找到居住地，隻得暫時住在湖嘴的舟船上。周王年老體弱、又經曆了農民軍三次圍攻藩國開封的激烈作戰，是以身體損害嚴重，不久後便在舟船中去世了。
就在福王暫避淮安府舟船之上時，崇祯十七年（1644年）三月十九，農民軍主力攻破京師，大明中樞覆滅，明朝在黃河以北的統治宣告結束。
京師破城後，崇祯帝在絕望中于煤山自缢殉國，其僅存的三個皇子：皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤都被農民軍所獲，大明皇統的傳承被人為打斷。
崇祯帝殉國前一天，崇祯十七年（1644年）三月十八，寓居淮安舟中的福王等諸王終于得以上岸居住，其中福王被接到淮安當地士紳杜光紹的别墅中。三月二十九，京師被攻破、崇祯帝自缢殉國的消息傳到了包括淮安府在内的江南各地，江南文武官員、宗室諸藩、軍民百姓，都得知了這個有如晴天霹靂般的噩耗。
雖然皇帝已經殉國，包括皇太子在内的皇子們也已落入農民軍之手，皇室大宗傳承斷絕，但大明宗藩諸多，其中不乏宗室近支成員，是以，南方文武官員還是可以依照當年太祖皇帝所制定的《皇明祖訓》中的内容，按制度挑選合适者承襲皇位。
是以，控制着兩淮、湖廣、兩廣、浙閩、雲貴等廣大區域的明朝南方勢力代表——留都南京應天府内的勳臣、南京守備及南京六部官員，決定按照祖制，在宗室近支藩王中，選取合适者承襲皇位，以延續國祚，對抗占據北方的農民軍。
當時，崇祯帝一系皇族中，崇祯帝本人自缢殉國，皇太子兄弟三人則被農民軍所控制，自然不可能南下繼位。崇祯帝皇兄天啟帝也無子留存（三子皆早夭，是以才由崇祯帝這個皇弟繼位）。是以，崇祯帝、天啟帝之父，明光宗泰昌帝朱常洛位下再沒有了可以繼位的人選。南京的勳臣、輔臣們，隻能從泰昌帝的兄弟、萬曆帝的皇子們、以及他們的後裔中，去挑選符合祖訓中所規定條件的繼位之人，承襲大統。
而此時泰昌帝的兄弟、萬曆帝的皇子中，長大成人、得以封藩的隻有萬曆帝第三子福王朱常洵(已經去世、即福忠王）、第五子瑞王朱常浩（在世）、第六子惠王朱常潤（在世）、第七子桂王朱常瀛（在世）。
按照“父死子繼、兄終弟及、倫序當立”原則，在泰昌帝一系後裔或早夭、或陷于“流寇”，都不具備繼位的條件時，南京諸臣們就該按照倫序原則，以泰昌帝之下、萬曆帝最長的皇子、福忠王一系後裔來承襲大統（泰昌帝是萬曆帝長子、福忠王是第三子，而萬曆帝次子朱常溆早夭無後），也就是以福王朱由崧繼位。這個原則，當年在萬曆帝的皇祖、明世宗嘉靖帝以“興世子”身份入繼大統、承襲駕崩且無後的堂兄正德帝所留下的皇位時，就已經實施過了。
并且，當時在世的萬曆帝諸皇子（福忠王諸弟、福王朱由崧諸叔），都因為這樣或者那樣的原因，距離南京應天府很遠（瑞王在重慶、惠王在衡州、桂王在梧州），即使被選為新帝，也很難立即前來繼位，進而影響之後的政局穩定。
而瑞王、惠王、桂王都是崇祯帝的叔父，按照“兄終弟及、倫序當立”原則，他們不能以叔父的身份來承襲侄子的皇位（除非崇祯帝再也沒有其他同輩近支兄弟了，不過這是不可能的）。是以，即使身為萬曆帝的皇子，瑞王、惠王、桂王三人也不具備此時繼承皇位的優先權。
是以，在崇祯帝殉國、皇太子兄弟陷敵、南京諸臣急需擁立新君以承襲皇統、保持江南半壁穩定之時，身處南京附近（淮安府距離南京很近）、又是崇祯帝倫序最近的堂兄、福王朱由崧确實是《皇明祖訓》中所規定的條件下，最适合繼位的宗室近支成員（福王是萬曆帝皇孫、其父福忠王是泰昌帝最長的成年弟弟，按照皇統承襲順位，福王倫序第一）。
但是，目前掌握南京實權的是南京兵部尚書史可法、南京吏部尚書張慎言、江西湖廣總督、兵部右侍郎呂大器、南京翰林院學士姜曰廣等文官，以及雖然被免官、但憑借着“黨魁”名号暗中操控朝政的東林黨首領、前任禮部侍郎錢謙益。諸如史可法、張慎言、呂大器、姜曰廣等，也都是東林黨人。
雖然福王朱由崧“倫序當立”，但掌握南京實權的東林黨人，他們的前輩在四十年前，就以“祖宗家法”阻礙過萬曆帝冊立福王之父、福忠王朱常洵為皇太子，并堅決支援萬曆帝的皇長子朱常洛為皇太子。這件事情前後延續了十多年，終于迫使萬曆帝在萬曆二十九年（1601年）選擇認輸，冊立皇長子為皇太子，而福王之父朱常洵則隻能以藩王身份出外，在洛陽就國，即“國本之争”。當年阻擋萬曆帝冊立福忠王為皇太子的那些人也是東林黨，就是如今史可法、錢謙益等人的前輩、老師，同僚。
幾十年前就和福藩因為“立儲之事”結下了梁子，且雙方都是怨恨難平，是以，掌握南京實權的東林黨高官們，自然不願意輕易地就将當年被自己得罪得死死的福忠王朱常洵之子朱由崧擁立為新帝。那樣的話，将來坐穩了皇位的新帝絕對不會給這些東林老對頭們好果子吃！
是以，即使福王是目前和崇祯帝血緣最近、倫序也最靠前的皇室子弟，但東林黨人就是不想立他為皇帝。
在南京諸臣商議迎立哪位宗藩為新帝的廷議中，張慎言、呂大器、姜曰廣等人都反對立福王，并且言辭激烈地說：“福王，雖然是神宗皇帝之孫，按倫序也當立，但福王有七不可立的理由：貪财、好淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、幹預政務。而潞王是神宗皇帝的侄子，賢明謙恭、仁德寬和，當立為天子！”
雖然福王本人确實有很多缺點，東林黨人給他安上的七個過失不完全是空穴來風，但再怎麼說福王也是目前萬曆帝在世最長的孫子（也是泰昌帝倫序最近的侄子、崇祯帝最長的堂兄）。萬曆帝有兒孫在（不止福王一個人），按《皇明祖訓》中的繼位原則，怎麼也輪不到身為侄子的潞王來繼位。東林黨人這樣做（指越過萬曆帝直系後裔、擁立其侄），這政治節操也忒下作了（諷刺的是，當年的東林黨前輩們，就是死死咬住“立嫡立長、倫序當立”這一點，和萬曆帝死磕，并最終取得勝利。如今的東林後輩們，卻為了自身利益、黨争成敗、權力鬥争，居然想堂而皇之地推翻前輩們的原則、改變立場，确實讓人鄙視）。
當時，同為東林黨人的史可法節操稍好，在諸同僚都要舍棄福王、改立遠支的潞王時，還是于廷議中提出“立賢立長、立親”之議，提出神宗皇帝（萬曆帝）有子孫在，不可改立别支（潞王）。
不過，史可法終究也是東林黨，依然走不出疏遠、提防福藩的思想，他也不想擁立和東林黨有着過節的福王。為了折中，史可法提出立神宗皇帝第七子、桂王朱常瀛為新帝，承襲大統，這樣也算是延續了萬曆帝的皇統了。
但《皇明祖訓》中隻說了“父死子繼、兄終弟及”，沒聽說有“侄死叔繼”的，史可法的意見也不能被所有人接受。況且桂王因為躲避農民軍的兵鋒，已經從封地湖廣衡州府遠遁廣西梧州府避禍，即使能承襲皇位，但路途遙遠，趕來南京所耗時間太長。而北方的局面瞬息萬變，農民軍已經向南方派出大批軍隊準備征讨，同時又出兵北征，預備和保有山海關一線的明軍餘部吳三桂、高第部開戰。萬一有所耽擱，而大統遲遲未能确定，那麼南方明朝政權的合法性和正統性就要大打折扣，将來在面對農民軍時會處于劣勢。
關鍵時刻，寓居于淮安的福王朱由崧做出了他這一生第一次、也是唯一一次的超水準發揮：他在南京諸臣大都不看好他、或者說不願意擁立他的情況下，通過秘密聯絡曾任福藩承奉太監、前任總督京營太監、現任鳳陽守備太監的盧九德，請盧九德利用所擁有的關系，協助自己繼位，并許諾如果自己能夠繼位，将提拔盧九德進入司禮監，任掌印太監。然後，福王通過盧九德，又向駐守在江北的三鎮武臣——徐州高傑、滁州黃得功、壽州劉良佐發出聯絡信，請他們協助自己繼位，将來事成後，定以爵祿、封地相酬。
高傑、黃得功、劉良佐原本隸屬于鳳陽總督馬士英，但如今福王已經親自求上門來，且成事機率極大，幾乎是是無本萬利的絕佳機會，而且成功後還有“定策擁立、從龍元勳”的大好處，這麼好的機會怎麼能夠放過。是以，高傑、黃得功、劉良佐均不假思索的同意了福王所發來的求援信，然後一緻同意甩開名義上的統帥——鳳陽總督馬士英，直接發兵送福王去南京繼位，以此建立奇功，成為“從龍元勳”。
福王當時寓居在淮安，而淮安府鎮将是劉澤清。當初南京諸臣在商議擁立新君時，劉澤清是站在東林黨一邊、贊同擁立潞王的(當時潞王也在淮安府）。是以，福王對劉澤清的底細不是很清楚，對他的舉動也不是很放心，是以在向江北諸鎮武臣發出求援信時，沒有就近聯絡劉澤清。
但高傑、黃得功、劉良佐三鎮被福王拉攏過去、議定要出兵護送福王前往南京，争奪皇位之後，後知後覺的劉澤清眼見自己一鎮之兵估計打不過高傑、黃得功、劉良佐他們三鎮，于是立即改變了立場，也随即向福王發出了效忠信，請求一同護送福王南下，前往南京。福王自然求之不得，于是也接納了劉澤清的效忠。江北四鎮，由此全部被福王所拉攏和收于門下。
四鎮武臣歸附福王後，他們的上司、鳳陽總督馬士英得知了江北四鎮已經完全被福王所招撫、正準備發兵南下，先憑“倫序”入繼大統，假如受挫的話，再以武力強行奪取皇位的計劃。
短暫思考後，馬士英立即做出了選擇——以四鎮統帥的名義，行文給駐守淮安府的劉澤清，讓他聯合其餘三鎮，護送福王立即南下，人南京承襲大統。馬士英這樣做，是以此向福王表示心意，自己完全支援福王繼位，南京文臣之中，自己乃是“從龍”第一人。
然後，馬士英連夜聯絡了勳臣、操江提督誠意伯劉孔昭（劉基後裔），南京守備、司禮監太監韓贊周，南京禮左部侍郎李沾，取得了他們的贊同意見，一緻決定抛開東林黨人，擁立福王為新帝，入繼大統。與此同時，福王已經在高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清的護衛下，準備離開淮安府南下，向南京前行。
而就在馬士英向福王輸誠、表明擁立态度，成為文臣中“從龍第一人”的時候，史可法卻還被蒙在鼓裡，依舊決定迎立遠在梧州的桂王前來南京繼位，還向馬士英發出書信，讓他贊同自己的意見，并在信中對福王指手畫腳、痛斥福王昏聩糊塗，萬不能立為新帝。結果，這封信也被馬士英直接交給了福王，日後成為史可法诋毀新帝的證據。
崇祯十七年（1644年）四月二十三，馬士英渡過長江，北上迎接福王一行人。當天，北方農民軍在山海關一片石大戰中慘敗給明軍吳三桂部及清軍聯軍，敗退回京師。北方的局勢，從此改變。
直至馬士英動身前往江北以後，南京城内的東林黨人才得知福王居然已經搶先下手，招攬了江北四鎮，以此為基礎，準備南下争奪皇位。史可法等人悔恨萬分，深恨自己沒有提前下手，早早确立新帝人選，以至于福王得以乘虛而入、招攬武臣，強行奪位。
東林黨人原本還想抵制福王的舉動，但南方明軍大部分都被福王所招攬，南京諸臣想反抗，也沒有多少軍隊可以用，大勢已去之下，史可法等人也隻好預設了這個現實，準備迎接福王來京了。
崇祯十七年（1644年）四月二十六，南京朝廷再一次進行廷議，馬士英的同黨李沾、劉孔昭、韓贊周等提議立福王為新帝，而東林黨人垂頭喪氣、無可反對。是以，廷議得以通過，以福王朱由崧繼承大統，繼位為帝。然後，群臣将此議奉告于太廟，然後緊急修整皇宮武英殿，以備福王舉行登基大典時使用。同日，福王在馬士英及江北四鎮的護送下，抵達儀征，南京禮部官員在此舉行儀式，參拜福王。
崇祯十七年（1644年）四月二十八，福王由儀征至浦口，勳臣、南京守備、魏國公徐弘基渡江參拜福王，并接引福王過江。第二天，福王的座舟抵達南京觀音門外的燕子矶，暫居于此。四月三十，南京文武百官到燕子矶迎見福王，恭請其就任監國。福王接受監國之請。
崇祯十七年（1644年）五月初一，福王拜谒了太祖孝陵，并參拜了懿文太子陵，随後進入皇宮，拜谒奉先殿後出宮，暫時以南京内守備府為監國行宮。五月初二，群臣到行宮勸進，三辭三讓後，福王以景泰帝故事，就任監國，從大明門進入皇宮，在整修一新的武英殿舉行了監國禮。也就在同一天，北方，在降清的前明軍将領吳三桂的引領下，清朝攝政王多爾衮從朝陽門進入農民軍撤離後的京師，标志着清朝正式入主中原。.
崇祯十七年（1644年）五月十五，監國福王朱由崧在武英殿正式即位，改明年為“弘光元年”，“南明”的曆史由此開端。朱由崧即南明第一代皇帝——弘光帝。
弘光帝的繼位，完全是依靠江北四鎮武臣的支援，才得以成功，是以，弘光帝繼位後，對江北四鎮兌現承諾，大肆封爵、賜地、極度信任籠絡。而四鎮則以“天子恩公”、“定策元勳”自居，飛揚跋扈、割據地方，地方官員對四鎮的軍隊失去了控制權，南明武臣勢力的壯大由此開始，并很快尾大不掉，實際上形成了唐末藩鎮割據的局面，這也是南明國祚不得長久的重要原因之一。
因為“從龍”之功而得以掌握大權的馬士英、盧九德、劉孔昭等人，利用弘光帝的信任和倚重，不斷借助權力為自己謀取私利、同時打擊東林黨等政敵，排擠史可法等人出外，占據了弘光朝廷的大部分權力。但東林黨人也不甘就此失敗，在失勢後，也在時刻策劃，對馬士英等人展開攻擊，新一代黨争也拉開了帷幕。
弘光帝本來隻是一個普通的宗室藩王，一輩子都沒有受過正統的帝業教導（也不敢學），在風雲激蕩之下，才幸運地繼承了皇位，其實個人的帝王素質幾乎可以忽略不計。是以，在他的統治下，南明朝廷上下管理混亂、地方控制力軟弱，文武群臣文恬武嬉、不思進取，内政不修、外禦不備，政治極度腐敗，更甚崇祯晚年。弘光帝本人又沉湎于酒色、窮奢極侈，更加助長了糜爛腐敗的社會風氣。當初史可法等東林黨人說他“有七不可、恐難主天下”，并沒有完全說錯。
而弘光帝為了穩固自己的皇位，在登基以後，除了無原則的縱容四鎮武臣及馬士英等人之外，還為了打擊政敵、消除威脅，先後發動了“大悲案”、“南太子案”、“童妃案”等“南渡三案”，其實都是南明内部的内鬥。這些内鬥使得本來就處在風雨飄搖中的弘光朝廷更加衰落，君臣之間離心離德、普通群眾對弘光朝廷的正統地位不再信任。将來弘光政權的最終覆亡，從這裡就埋下了伏筆。
弘光元年（順治二年、1645年）三月，因“南太子案”發生前後、以及結案中的諸多疑雲，讓弘光朝堂的内鬥達到了高潮。有人（主要是東林黨人）向武昌鎮将、甯南侯左良玉傳信，說動左良玉以“太子密诏”為依據，号稱“救太子、誅奸臣”，發兵從武昌順流而下、威逼南京。
面對左良玉的叛亂行動，弘光帝調動親信的江北四鎮出兵征讨，而四鎮被調兵後，他們所駐軍的兩淮一線出現了兵力不足、防守不力的局面。已經大舉入關的清朝，則迅速抓住南明軍隊内讧、兩淮一線防守空虛的機會，大舉發兵南下，進攻南明弘光政權。
在不到一個月的時間裡，清軍連續攻破了防守空虛的徐州、歸德、颍州、太和、泗州，渡過了淮河，直抵揚州。弘光元年（順治二年、1645年）四月二十五，被排擠出朝、以督師名義駐守揚州的史可法，在清軍攻破揚州的戰役中被俘、不屈而死，南京的重要屏障揚州陷落。随後，清軍在五月初八從瓜洲渡過長江，攻克了京口、鎮江，包圍南京城。五月十一，弘光帝在心驚膽戰、一籌莫展中，抛棄了文武百官、後宮嫔妃、滿城百姓，僅僅帶領内官四五十人，騎馬從通濟門逃出城，向太平府、蕪湖府方向逃奔，投奔蕪湖守将、靖國公黃得功。而得知消息的馬士英則護送鄒太後逃往杭州。
五月十五，在滂沱的大雨中，以錢謙益為首的南京文武百官，開城門向圍城的清軍統帥、豫親王多铎投降，清軍正式進入南明統治中心南京城。
弘光元年（順治二年、1645年）五月二十二，清軍追擊弘光帝而至，黃得功為了保衛逃到自己軍營中的弘光帝，不顧手臂有重傷，依舊率全軍出擊，和清軍拼死作戰。清軍勢大，明軍不能抵擋、紛紛潰逃。身受重傷的黃得功抵擋不住，又不願意投降清軍，于是在亂軍中自刎而死。
黃得功自盡後，他的手下總兵田雄、馬得功等人早就對弘光小朝廷失去了信心，于是想要抓住弘光帝，獻給追的清軍，換取富貴。随即，以田雄、馬得功為首，另有丘钺、張傑、黃名、陳獻策等人參與，他們沖上了弘光帝的禦舟，将驚魂未定的弘光帝劫持，并打出白旗，将弘光帝送到尾追的清軍大營中。
當時，為了防止弘光帝自殺或者逃跑，田雄、馬得功用鐵鍊将弘光帝緊緊鎖住，然後由田雄親自背着弘光帝，馬得功在背後牢牢抱住弘光帝雙腳，向清軍大營趕去。弘光帝一路上苦苦哀求田雄、馬得功放了自己，甚至痛哭流涕、再三乞求，田雄、馬得功都不予理會。弘光帝痛悔憤恨之下，用牙齒撕咬田雄的脖子，血流滿衣，田雄絲毫不顧痛處，依舊火速趕往清軍大營，一邊跑還一邊哈哈大笑，将弘光帝當做價值連城的寶貝一樣。
到了清軍大營後，豫親王多铎命給弘光帝去除鎖鍊，以紅繩虛捆。而立下“擒獲福王大功”的田雄、馬得功兩人則就此歸降清軍。田雄後來被授杭州總兵、浙江提督，左都督、少傅兼太子太傅，晉爵二等侯，死後追贈太傅；馬得功則任泉州總兵、都督同知、福建提督，晉爵三等候，死後追贈一等侯。
弘光元年（順治二年、1645年）五月二十五，被俘的弘光帝在清軍押送下，身穿藍布袍，頭戴缁素帕，坐着無幔小轎，用油扇掩着面，從聚寶門進入南京。當百姓們得知是逃跑的皇帝被押回來後，都夾路唾罵，甚至有投擲瓦礫者，可見弘光帝在民間的名聲有多臭。
當天，豫親王多铎在前靈璧侯府設宴，招待被俘的弘光帝，但故意讓他坐在“南太子案”中的主角——同樣被俘的“北來太子王之明”之下。 宴會結束後，弘光帝被送到江甯縣衙暫時關押。
弘光元年（順治二年、645年）閏六月，弘光帝被俘後，明朝宗室、唐王朱聿鍵在福州自立為帝，當年改元為“隆武”，朱聿鍵即南明第二任皇帝——隆武帝。隆武帝即位後，給被俘的弘光帝遙上尊号為“聖安皇帝”。
隆武元年（順治二年、1645年）九月，在南京軟禁的弘光帝和在杭州被俘的鄒太後、以及堂叔潞王朱常淓一起，被清軍押送北上，前往到京師，安置别院居住。而在一衆人等渡過淮河時，鄒太後投水自盡。但弘光帝沒有自盡的勇氣，而是渾渾噩噩地随清軍抵達京師，成為進階囚徒。起初，清朝對待被俘的弘光帝以及其他藩王待遇尚可，經常賜物、賜宴給他們，每次賜宴時，弘光帝都酣飲不止，極為享受（和蜀後主有一拼）。
隆武帝即位後，堅持在南方和清軍持續作戰，以恢複大明社稷為己任，而中原百姓懷念大明者不在少數。長此以往，清朝統治者們覺得留着前明的皇帝、親王們在京師居住，實在是莫大的隐患，假如有人借着他們的名号和身份，在北方各地也發動反清起義、抗擊清朝的統治，那就不妙了。
隆武二年（順治三年、1646年）四月，清朝攝政王多爾衮借口有人向朝廷告發，說在京的前明衡王朱由棷、荊王朱慈煃兩人“私藏印信、意欲作亂”，于是将包括弘光帝朱由崧在内的前明降清（或者被俘）的皇帝、藩王們全部下獄嚴審。審訊的結果，是在他們所居住的地方都發現藏有“前明金銀冊印”。
這一下，多爾衮坐實了前明藩王們“私藏印信、預謀作亂”的證據，也是以給他們定下了“謀逆”的死罪。（其實這都是借口，明朝藩王們降清後，當初的印信自然會帶在身邊，清朝也沒說要革去他們的王爵，結果被多爾衮抓住機會、當做謀反罪證了）。
隆武二年（順治三年、1646年）五月，多爾衮下令，将弘光帝朱由崧、潞王朱常淓、惠王朱常潤、秦王朱存極、晉王朱審烜、荊王朱慈煃、衡王朱由棷、周王朱紹烿、崇王朱慈爚、德王朱由栎，以及包括“南太子王之明”在内的十七位前明藩王、或進階宗室，押赴京師菜市口，以“謀反”的罪名斬首（另說弘光帝是以弓弦勒死，保留全屍）。
弘光帝被殺時，年四十歲；不知道他臨死前，有沒有懷念起少年時在洛陽的富貴悠閑生活、以及逃離洛陽後的颠沛流離；有沒有懷念招攬四鎮、入南京繼位時的風光；有沒有後悔輕易放棄南京、抱頭逃竄時的狼狽。
弘光帝死後，其妃子黃氏之弟黃鹽梅出面收斂了他的遺體，然後運回河南，安葬在孟津縣東山頭村，和黃妃合葬一處。永曆十一年（順治十四年、1657年）四月，南明第四代、也是最後一代皇帝——弘光帝堂弟（桂王朱常瀛之子）、永曆帝朱由榔追尊堂兄弘光帝，給他追上廟号“安宗”，追上谥号“奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝簡皇帝”，入宗廟和曆代大明先帝一起接受供奉（此時的南明宗廟，其實也就是個簡陋之所，永曆帝自己都朝不保夕，能夠給弘光帝這個待遇，已經很不錯了）。弘光帝的身後，總算得以享受到身為曾經的大明皇帝所該享有的名份、待遇、尊崇。不過這個時候的大明王朝，也即将走到盡頭。