1661年的六月，正當鄭成功在台灣和荷蘭人對峙之時，明鄭政權控制的銅山島上發生了一件大事兒，那就是宣毅左鎮萬義，右沖鎮萬祿的叛亂。
這二人于六月初發動叛亂，勾結黃梧、許龍部清軍，與之同守銅山島的忠匡伯張進見島上敵我力量懸殊，于是暗中向廈門求援，同時哄騙萬祿萬義二人說，自己早有歸順清朝的企圖，讓這兩個人到自己的卧室來談降清事宜，同時又在自己的卧室中放置數十桶火藥，準備和這兩個叛徒同歸于盡，結果這兩個叛徒疑心過重，拒絕進入張進的卧室，張進長歎一聲，點燃火藥，壯烈殉國，萬祿萬義二人領兵總共四千四百人以及家屬上萬人投降清朝，等到忠勇伯陳豹的讨伐軍登島時，這兩個叛徒已經揚長而去。
鄭成功畫像。
張進也算是明鄭軍隊中的一員老将，在1646年下半年鄭成功正式起兵時，大約有90餘壯士跟随，張進就是其中的一員，到1661年，張進已經追随國姓爺一同為大明奮戰了15年，到此時卻因為兩個叛徒丢了性命，這無疑是一件令人悲傷的事情。
除了銅山島之亂，在收複台灣之後，明鄭内部還發生了陳豹事件“（1662年）三月，令周全斌調銅山、思明州兵攻南粵，欲擒陳豹。豹短小精悍，号「三尺陳」，守粵近二十年，許龍、蘇利皆畏之。豹驕傲專恣，數違藩令。兵 至，倉卒率衆搬眷下船，不敢十分迎敵。揚帆入廣東投誠，封為慕化伯。未幾，病疫而死。”
收複台灣戰役實際上是鄭成功在大多數将領都不同意，隻有少數人支援的情況之下發動的，因為17世紀的台灣的開發程度實際上很低，無法為上萬鄭軍提供應有的補給，是以在整個圍攻戰期間，鄭軍的非戰鬥減員十分嚴重“初至，水土不服，瘴疠大作，病者十之七八，死者甚衆”，甚至有饑餓的士兵開始投靠荷蘭人，同時，鄭成功也愈發暴躁。
下棋的鄭成功。
咱們之前說過鄭成功的性格本來就不是很好，因為家仇：母親遇害，父親被清廷哄騙北上，國恨：隆武政權滅亡，賞識自己的隆武帝死于清軍之手，再加上戰争情況下的一些因素，鄭成功的性格愈發偏激，暴躁，在行事風格上也是愈發獨斷專行，總是以極其殘酷的手段懲處犯罪的手下。《梅氏日記》終有對國姓爺的描寫“我猜他年約四十歲，皮膚略白，面貌端正，眼睛又大又黑，那對眼睛很少靜止的時候，不斷到處閃現。嘴巴常常張開，嘴裡有四五顆很長，磨得圓圓的，間隔大大的牙齒。胡子不多，長及胸部。他說話聲音非常嚴厲，咆哮又激昂，說話時動作古怪，好像要用雙手和雙腳飛起來。”
熱蘭遮海域的海戰。
關于他的一些行為，可以舉一些例子，比如施琅事件中的吳芳。施琅在叛逃前夕實際上是被捉起來了，被交給忠定伯林習山關押，林習山指令自己的副将吳芳看守施琅，有一天有人來假傳鄭成功的指令，說要把犯人施琅提走審問，吳芳也不懷疑，帶了幾個人押着施琅就上了岸，結果施琅和假使者找了一個僻靜的地方把吳芳和幾個押送軍卒全部打暈，然後逃之夭夭，之後藏到蘇茂的家中，鄭成功聞聽此事之後，大怒，先想殺林習山，沒有殺成，大概是有人求了情，那就拿他的副将撒氣，把吳芳妻子兒女五人全部殺掉，然後逼迫吳芳再去追施琅，結果當然是沒追到，吳芳作為犯罪将領就被關起來了。不得不說，這一手段确實太過極端，吳芳不過一個副将，也并不是存心要放叛将施琅逃走，結果居然全家被殺。
鄭成功坐像。
還有蘇茂，這個人咱們之前說過，就是在揭陽戰役之中戰敗的那位鄭軍将領，可能是跟施琅的關系比較好，于是就把他藏在自己的家中，倒沒有因為這件事被處罰，後來因為揭陽戰敗被鄭成功殺掉，按理說這事兒其實是沒啥太大毛病，畢竟蘇茂在戰前自己說“不勝，願依軍令”，但是江日升在《台灣外紀》中記載說“茂因縱施郎，成功偵知，久蓄于懷，欲殺之而無由。今偶有揭陽之失，借此斬之。諸将士不知其故，鹹有微言曰：論茂揭陽之敗，無非天意；豈戰之罪？雖不從郭遂第之言，其氣可以吞敵，何至于死？況茂戰功難以枚舉，非他人所可比。藩主如此旅行，豈不令人寒心？成功知衆心不服，即令厚殓設靈，養其妻孥”可見，在當時的鄭軍中，對蘇茂被殺不滿的人還是有很多的，黃梧叛逃前夕也說鄭成功是“刻薄寡恩”。
在台灣的鄭氏軍隊。
攻台灣之時，明鄭軍隊之中被鄭成功誅殺的人越來越多，比如咱們之前提到過的吳豪，這人并非死于攻台之前，而是在1661年的五月，罪名是“投掠台灣百姓銀兩、盜匿粟石罪犯”，到十二月份，當初贊同鄭成功攻台的楊朝棟也因為“小鬥散糧”而被殺，全家都被株連，同時被殺的還有萬年縣知縣祝敬，于是“人心惶懼，諸将解體”，連荷蘭人都記載鄭成功“經常處死很多人”。由此可見鄭成功禦下的手段，雖然說早期有一些可圈可點之處，比如收降姚國泰，但總體上來說還是比較拙劣的。
1662年，李定國病死，西南明軍徹底覆滅，明清對峙的局面發生了重大變化，原先勉強算平分天下的南明政權手中一下子隻剩下了幾個小島以及川秦楚三省交界處的幾個縣。在這種敵過強，我過弱的情況之下，作為東南沿海抗清義師的主帥，這時候應該更能容人，對手下的一些行為應該多幾分包容。換句話說，在這種戰局及其險惡的情況之下，根本不适合過分懲處部下，至少不能動辄誅殺部将，而鄭成功卻反其道而行之，這樣的結果隻能是讓諸将與他這個“藩主”愈發離心離德。
軍力強大的明鄭政權最後居然是這個下場
包括前文說到的那個駐守南澳島的忠勇伯陳豹，他叛變的原因和鄭成功的行為也是關系的“至是有谮豹于成功者，成功遣僞将周全斌圖之。豹奔廣東，諧平南王尚可喜投誠”也就是說，陳豹的謀反根本就是子虛烏有，是有人在鄭成功面前說他的壞話，說他想投降清朝，當然，被人說壞話跟陳豹平時的作風還是有關系“驕傲專恣，數違藩令”，但是在這種極端劣勢的情況之下，鄭成功不管三七二十一，也根本不管陳豹謀反的傳言是真的還是假的，直接指令周全斌發兵征讨南澳，結果直接把陳豹逼到了清朝那一方。
鄭軍中的騎兵幾乎全部來自于反正清軍。
鄭成功軍隊的結構咱們之前也說過很多次了，主要是三部分，第一部分就是和他起兵的那些人，第二部分是一些地方勢力歸附，第三部分是反正的清軍（這些人可以說是鄭軍的中堅力量），這支南明軍隊最鼎盛時，兵數曾經達到七八萬人之多，是福建清軍的兩倍有餘，但地盤上卻十分可憐，沒有相應的土地和人民，就沒有充足的糧草，那為什麼這支大軍還能奮戰十餘年之久，除了鄭成功自身的軍事群組織才能，還有就是能團結在鄭成功周邊的将領，大多數仍有故國之思，不願意接受清朝的統治，這些也就是鄭軍存在的基礎，而現在，複興明朝的希望已經幾乎破滅，正是人心不穩之時，鄭成功反倒大行誅殺，最後的結果就是“正月，賜姓嚴谕搬眷。鄭泰、洪旭、黃廷等皆不欲行，于是不發一船至台灣。而差船來吊監紀洪初辟等十人，分管番社；皆留住不往，島上資訊隔絕”，鄭成功與諸将離心離德，明鄭政權在他死亡之後不到一年就開始走向崩潰，大量将領降清，除台灣之外，所有的據點全部丢失。
清王朝實力的強大也是重要原因之一。
是以為何打得清朝心驚膽戰的明鄭大軍在收台之後開始逐漸走向崩潰，第一，就是永曆朝廷覆滅之後，明清兩方過于懸殊的實力對比，第二就是鄭成功本人的倒行逆施，當然，這一點有可能是鄭成功自身的身體與精神由于一次又一次的刺激和軍旅的勞累愈發不正常，以至于經常無法冷靜思考，這點咱們之後會說到。