從基因組可視化工具——circos說起，circos安裝

  這是部落格改版的第一篇博文，選擇最近使用的生物資訊學軟體——circos開始寫起。circos是用perl寫的生物軟體，從發表的文章來看

  學習circos主要是熟悉配置檔案的編輯方法，搞清楚其中的标簽、參數的含義。隻有完全清楚了這些東西才能夠輕松自如的讓circos繪制出主要用于基因組序列的可視化（繪制基因組圈圖），至少目前我是用來幹這個事情的。現在circos也被其他領域模仿用來做很多圖形。

    你想要的圖檔。如果你的英語基礎還不錯，推薦直接到官方網站看教程，一遍看教程一遍練習上手會很快（官方教程位址：http://circos.ca /documentation/tutorials/）。如果讀起來有困難，也可以參考一些中文的經驗文章，目前好像也沒有找到完整的中文教程。在豆瓣小 組似乎有一個翻譯計劃，但是這麼久也沒有看到成果出來，是以我隻能硬着頭皮自己學習并做了一些筆記，随後在我的部落格（www.dengfeilong.com)上分享出來。

    先說circos的安裝， circos是免安裝的perl軟體，但是必須安裝perl，我在用的ubuntu上自帶了perl。如果沒有安裝，可以下載下傳Strawberry Perl：http://strawberryperl.com/。除了perl，則是安裝一些perl需要的cpan。方法（以linux系統為例）：

  1、首先安裝perl并檢查哪些子產品沒有安裝。cd到解壓後的circos目錄下，再操作一下指令。

> cd bin
> ./list.modules      

    此時可以看到已安裝的modules和未安裝的modules，使用shell指令安裝需要的perl子產品。

> perl -MCPAN -e shell
...
cpan[1]>install Math::Bezier
...