1957年，總後勤部人事調整，洪學智接替黃克誠出任後勤部部長。
此時，身為副部長兼副政委的邱會作，也有一些想法。他原本不想幹後勤工作，被調任過來，也沒有長期留下的打算。如今已經過去3年，何去何從？
1954年，洪學智與邱會作先後被調任總後勤部，擔任副部長。他倆都是非常有能力，幹勁十足的人。有一個共同點，就是不想留在後勤工作。
洪學智在北韓臨危受命，挑起志願軍後勤保障的重任。同時，也對彭老總說回國後，自己不再幹後勤工作。沒想到1953年回國，到南京軍事學院深造一個學期，被調任到總後勤部任副部長兼參謀長，負責日常工作。
邱會作在土地革命和抗戰時期，長期負責後勤供給工作。楊立三重組建總後勤部，需要一批年輕人，幹勁十足，有經驗的人加強後勤上司工作。他從中南軍區政治部調後勤部。
黃克誠擔任部長後，對邱會作格外重用，讓他主抓不少工作，希望大家都支援他的工作。此時，邱會作的心安定不下來，他不願搞後勤工作，也沒有長期留下的打算。
在1955年，他又兼任後勤學院院長，各方面工作很多，工作相當累。不過，也非常出成績，與洪學智成為後勤部的骨幹力量。
1957年，總後勤部人事調整，彭總找他談話，問起你倆誰搞後勤更合适？言外之意，誰擔任一把手好呢。從彭老總這番話中不難分析，他倆是後勤部部長的候選人。
邱會作推薦洪學智，認為他經曆過現代化戰争，這方面的經驗豐富。彭老總也認同他的意見，最終洪學智擔任總後勤一把手，而邱會作去了高等軍事學院學習。
1959年，廬山會議後，洪學智受到牽連離開部隊。誰來接替他的工作，中央也有考慮。周總理提議讓邱會作擔任部長，原因很簡單：邱會作年輕、能辦事！本人有一定組織能力，有經驗，幹勁十足，是一個比較理想的人選。
此時的邱會作在高等軍事學院學習，沒有一點心理準備。周總理把他叫過去，談了對他的任命。從此，他掌管總後部長達12年之久。