太平軍攻占南京後，清軍則從四面八方對南京進行了包圍。在西邊，清朝讓曾國藩等在湖南組織起了一支新的部隊，形成了強大的湘軍集團。和傳統的團練不同，這支部隊是仿照明朝戚繼光的營制組成的，組織嚴密，武器較為先進，作戰勇猛。這支部隊沿着長江向南京步步緊逼，對天國産生了巨大的威脅。
一，與其做困獸之鬥，不如殊死一搏
而清朝則在長江對面的揚州一帶建立江北大營，在蘇南一帶則建立了江南大營。江北、江南兩大營的軍隊一共将在20萬以上，是由綠營組成。不過，這些軍隊的戰鬥力很差，軍紀敗壞，傳教士描述他們“形同市集，吃喝玩樂，大煙娼賭俱全”。無論如何，20萬依然不是一個小的數字，況且南京被清朝四面包圍，成為了一座孤城，如果不主動出擊，那就隻能束手待斃。
3月31日，太平軍攻克了鎮江，随後在4月21日攻克了揚州，使得南京、鎮江和揚州成犄角之勢。太平天國的軍隊被一分為三，分别駐紮于三城。此後，楊秀清決定放手一搏，他将指令林鳳祥、李開芳帶領3萬太平軍北伐，曾立昌帶領數千軍隊死守揚州。這是一次冒險的軍事活動。
太平軍定都南京後，号稱百萬之衆，實際上青壯男子不過10萬人，而經過嚴格訓練的部隊隻有五六萬人。楊秀清派出的3萬部隊，都是從廣西、廣東一路跟随的精英，其戰鬥力相當驚人。3萬軍隊，又兵分三路，其中主力由林鳳祥、李開芳帶領，大約2萬；二路偏師由朱錫琨和吉文元統領，從天京或鎮江守軍抽調而出，原計劃與林李二人會師于浦口。
然而，太平軍的偏師出師不利。朱錫琨部渡江後在浦口誤走六合城，遭到了清軍襲擊，幾乎全軍覆沒。于是，最終三軍在鳳陽實作了會師，但是部隊損失了幾千人，隻剩了2萬多。
太平天國北伐實際上是效仿朱元璋派遣徐達北伐元大都，目的是一舉推翻清朝。朱元璋是打着“驅除胡虜，恢複中華”旗号進行北伐的，洪秀全也是如此。早在起義初期，洪秀全就發表過《奉天誅妖檄文》《谕救世人檄文》《奉天讨胡檄文》三道檄文，目的就是宣傳滿漢沖突，激發漢人鬥志，讓中原漢人揭竿起義，群雄響應。
按照預期設想，太平軍進入中原後，“義旗所指，必然望風響應，箪食壺漿相迎。”然而時過境遷，這個旗号已經不可能在發揮多大的作用。清朝200年的勵精圖治已經深入人心，百姓不想再起波瀾。再者，太平軍信仰拜上帝教，和傳統的儒家思想格格不入，中原人士也視太平軍為盜賊，這就導緻太平軍難以取得預期的效果了。
二，深入京畿，震動朝野
既然太平軍無法用傳統的“驅除胡虜”來争取民心，那就隻能速戰速決，快速攻入北京，一舉端了清朝老巢，讓中原徹底失控，給太平天國的發展提供空間。然而，清朝軍隊和地方團練豈能讓太平軍順利北上？
太平軍會師鳳陽後，繼續北上，一路順風，攻克了安徽多座城市，直達商丘一帶，準備在此進入運河，接着沿着運河長驅直入。但是清朝早已将渡口封鎖，太平軍無法在此渡過黃河。于是太平軍沿着黃河西進，在鞏縣接受了一部分煤礦工起義者，于是渡過黃河，圍攻懷慶府（沁陽）。
太平軍指揮部舊址（圍攻懷慶）
然而，清軍也大批趕到沁陽，太平軍三破其城而不能入。太平軍和清軍在沁陽僵持了2個月。這對太平軍來說是一個非常大的消耗。更重要的是，太平軍在沁陽城就浪費了2個月的時間，使得清軍有了充足的時間來做準備。當時正值六七月，還是夏天，但是夏天過了北方就會降溫，這對于太平軍也是極為不利的。
在僵持不下的情況下，太平軍最終放棄了沁陽，轉戰到了山西。進入山西後，太平軍吸取了圍攻沁陽的教訓，不再圍攻城池，而是東奔西走，讓追擊的清軍疲于奔命。在山西繞了一個圈子後，太平軍突然從武安縣殺入河北（直隸省），在臨洺關全殲直隸總督的萬餘清軍。随後，清軍在河北迅速推進，于九月十一日進軍張登鎮，距離保定僅60裡。
臨洺關
面對太平軍的長驅直入，京師震動，北京官名逃亡者多達3萬戶。鹹豐皇帝立即任命惠親王綿愉為大将軍，科爾沁郡王僧格林沁為參贊大臣，配合欽差大臣勝保共同圍攻太平軍。同時，北京宣布戒嚴，進入戰備狀态。為了對付太平軍，清朝也開始從東北調集八旗軍進入關内，使得東北的防務逐漸空虛，使得俄羅斯可以趁火打劫。
三，孤軍深入，最終成強弩之末
然而，太平軍深入清朝核心地區，早已成為了強弩之末。況且已經進入了秋季，氣候也對太平軍越來越不利，太平軍必須想辦法在寒冬到來之前攻入北京。由于清朝調集重兵攔截太平軍進入北京的路線，太平軍隻能選擇從藁城東進，經過深州、滄州等，再攻入天津。
不過，太平軍在進攻滄州時出現了慘重的損失，傷亡多達4000人。滄州城破後，太平軍在滄州屠殺了萬餘人。這是北伐軍第二次犯錯，當初楊秀清給出的進攻方案是“師行間道，急赴燕都，勿貪攻城，靡時日”。然而北伐軍不僅再次強攻城池，還制造了屠殺，使得民心盡失。
天津的富商聽說太平軍攻破滄州後，立即捐款，組織團練，又開挖運河放水，使得天津一帶變成了澤國，使得太平軍無法繼續深入。随後，僧格林沁大軍趕到，将北伐軍圍困在了靜海、獨流一帶，長達3個月。這時候，已經進入了冬季，太平軍都是穿着夏衣出發的，又是南方人，無法忍耐北方冬天的嚴寒。這時候，北伐軍陷入了生死存亡之際。
1854年2月5日，北伐軍選擇南退。清軍則不斷追擊，将太平軍包圍。楊秀清得知北伐軍出現了困難，又組織了7500人北上救援，救援部隊在3月渡過了黃河，攻入了山東境内，吸收了大批的流民和撚軍。清軍則采取堅壁清野的政策，使得救援隊無法獲得補給，也陷入了危機，最終全軍覆沒。
4月，林鳳祥、李開芳撤退到了東光、連鎮等待援軍，但是援軍已經潰敗。于是李開芳分兵南下。李開芳南下後就被清軍圍困在了山東高唐州。太平軍在陣地挖戰壕，使得清軍難以攻入。林鳳祥在連鎮堅守了11個月，李開芳在高唐州堅守了1年多。最終，清軍又挖黃河之水來灌入太平軍陣地，使得太平軍無法堅守。1855年正月，連鎮陷落，林鳳祥被俘虜；不久，李開芳詐降，被清軍識破，被俘虜到京師，英勇就義。
北伐戰争動用了天國一半的精銳，轉戰六個省，最終孤軍深入，全軍覆沒。這是對太平天國的一次重大打擊，随後楊秀清又派遣燕王秦日綱進行第二次北伐，但是清軍已經加強了對淮河流域的防禦，使得秦日綱隻能陷入安徽戰場。太平軍無法完成北伐，使得天京以北暴露于清軍之下，腹背受敵，無法從根本上改變戰略環境。
不過，北伐雖然失敗，也給天國太平的發展帶來了機遇。北伐深入清朝核心地區，牽制了清朝主力20萬軍隊。這時候，太平軍又趁機發動了西征，奪取了江西、安徽、湖北大片土地，擊敗了江北、江南大營，使得天國的後方基地得以擴大。同時，北伐部隊刺激了北方的農民運動，随後撚軍興起，他們名義上聽從天國号令，實際上單獨作戰，繼續牽制清朝北方軍隊，緩解了太平天國的軍事壓力。
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