目錄
1. 環境
2. 驅動安裝
2.1 驅動下載下傳：
https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/2.2.删除原有NVIDIA驅動
2.3禁用nouveau
2.4.查詢自己的顯示卡型号
2.5.安裝
2.6.檢驗是否安裝成功，指令
3. CUDA9.1安裝
3.1 CUDA9.1下載下傳：
3.2 在cuda下載下傳目錄下運作終端輸入指令安裝
3.3 安裝更新檔：
3.4 設定cuda環境變量
3.5 驗證cuda是否安裝成功
4. Amber18 & AmberTools18安裝
4.1 安裝環境依賴
4.2 解壓安裝包
4.3 配置環境變量
4.4 編譯Amber18
(Amber18 的GPU支援的CUDA版本最高為9.2)
硬體：GPU :Quadro P600
系統：Ubuntu 18.04
sudo apt-get remove --purge nvidia* sudo vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf 在最後一行添加
blacklist nouneau 執行
sudo update-initramfs -u 重新開機
lsmod | grep nouveau # 沒輸出代表禁用生效,要在重新開機之後執行
lshw -numeric -C display 顯示卡：Quadro P600
sudo chmod a+x NVIDIA-Linux-x86_64-390.46.run
sh NVIDIA-Linux-x86_64-390.46.run - 隻安裝驅動檔案，不安裝OpenGL檔案。這個參數最重要
- 安裝驅動時不檢查X服務
- 安裝驅動時不檢查nouveau
nvidia-smi 
Ubuntu18.04預設GCC-7.3.0，由于CUDA 9.1未支援GCC-7，是以需要安裝低版本的5或者<= 6.3.0，并設定為預設版本
https://developer.nvidia.com/cuda-91-download-archive?target_os=Linux sudo sh cuda_9.1.85_387.26_linux.run 閱讀完協定後，選accept，除了安裝nvidia驅動和安裝NVIDIA_CUDA-9.1_Samples選否，之後全選yes，成功開始安裝；
sudo sh cuda_9.1.85.1_linux.run 利用： vim ~/.bashrc 指令打開~/.bashrc檔案，寫入下面的内容
#CUDA9.1
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-9.1
export PATH=/usr/local/cuda-9.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.1/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda-9.1/lib:${LD_LIBRARY_PATH}" 儲存退出之後，運作: source ~/.bashrc
cd /usr/local/cuda-9.1/samples/1_Utilities/deviceQuery
sudo make
./deviceQuery 最後出現：Result = PASS 即可。 deviceQuery, CUDA Driver = CUDART, CUDA Driver Version = 10.0, CUDA Runtime Version = 9.1, NumDevs = 1 Result = PASS
gcc 、g++、gfortran 版本需低于6.0
apt-get install bison bc csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python tar jxvf AmberTools18.tar.bz2
tar jxvf Amber18.tar.bz2 ~/.bashrc中加入
vi ~/.bashrc #打開 bashrc檔案
#Amber18
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
export AMBERHOME=/opt/amber18
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
source ~/.bashrc #source 後立即生效 編譯串行版本
cd amber18
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make clean
make install -j 25
make test 編譯并行版本
cd amber18
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -mpi gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make clean
make install -j 25
make test 編譯GPU版本
cd amber18
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -cuda gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make install -j 25
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -cuda -mpi gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make install -j 25
make test