RMSD:通過旋轉計算兩個分子間的最小rmsd

使用旋轉計算兩個分子的均方根偏差（RMSD）

使用Kabsch算法（1976）或Quaternion算法（1991）進行旋轉，在兩個笛卡爾坐标之間.xyz或者.pdb格式中計算均方根偏差（RMSD），進而得到最小的RMSD。

一、安裝Anaconda

Win或者Linux系統下Anaconda安裝，不贅述，網上很多教程。

二、通過conda安裝rmsd

pip install rmsd
或
python -m pip install rmsd      

三、計算RMSD

利用calculate_rmsd --help檢視使用方法

執行個體：

calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyz

calculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb