使用 docker-compose 一鍵啟停 Cromwell

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一、背景

Cromwell server 的啟動需要以下元件配合：

• 啟動 Mysql 的 docker 容器作為 Crowmell 的持久化資料庫，包括配置使用者名，密碼等
• 填寫 Cromwell 配置檔案，包括 BCS 後端配置及資料庫等配置
• 使用 Cromwell 的 jar 包，啟動 server

實際上 Cromwell 除了釋出 jar 包，也會釋出對應的 docker 鏡像，我們可以考慮使用 docker-compose來簡化以上步驟。docker-compose 是 Docker 官方的開源項目，其定位是定義和運作多個 Docker 容器的應用（Defining and running multi-container Docker applications）。

使用docker-compose 可以将容器化的 Cromwell 和 Mysql 兩個 service 拉起，作為一個應用來運作。再配合腳本來簡化配置，可以将 Cromwell 的服務做成一鍵啟停。

二、開通 ECS 作為 Crowmell server

首先使用

Cromwell server 鏡像

 開通一台 ECS，ssh 登入機器後，可以運作目錄下的cromwell-server.sh，進行Cromwell Server的管理：

1. # ./cromwell-server.sh
2. cromwell-server.sh - init cromwell config and start/stop service
3. Usage: cromwell-server.sh [options...] [init/start/stop/status]
4. Options:
5.   --id=STRING           Access id
6.   --key=STRING          Access key
7.   --root=STRING         Oss root ****for**** cromwell, e.g: oss://my-bucket/cromwell/
8.   --instance=STRING     default runtime: instance **type** [ecs.sn1.medium]
9.   --image=STRING        default runtime: image id [img-ubuntu-vpc]           

三、第一次配置與啟動服務

初次使用，需要做一些初始配置，可以使用下面的指令完成一鍵初始化與啟動：

1. ./cromwell-server.sh init --id=LTAI8xxxxx --key=vVGZVE8qUNjxxxxxxxx --root=oss://gtx-wgs-demo/cromwell/           

上面的指令完成了以下配置：

• --id

  : 批量計算的 Access Id

• --key

  : 批量計算的 Access Key

• --root

  : Crowmell 運作時在 OSS 上的工作根目錄

• --instance

  : Cromwell 預設運作時參數，執行個體類型

• --image

  : Cromwell 預設運作時參數，鏡像ID執行完以上指令後，會根據 Crowmell 配置檔案模闆生成配置檔案，并通過 docker-compose 啟動 Cromwell server，并在背景運作。

服務啟動後，就可以通過鏡像中的指令行工具 widdler 執行工作流的送出：

1. **cd** /home/cromwell/cromwell/ 
2. widdler run echo.wdl inputs.json -o bcs_workflow_tag:test_echo           

四、停止服務

使用下面的指令可以一鍵停止服務：

1. ./cromwell-server stop           

五、再次啟動服務

在已經完成配置的情況下，使用下面的指令，可以完成服務啟動：

1. ./cromwell-server start           

六、重新配置并啟動服務

如果需要修改配置，在服務停止的情況下，再次使用 init 指令可以完成新配置重新啟動：

1. ./cromwell-server.sh init --id=LTAI8xxxxx --key=vVGZVE8qUNjxxxxxxxx --root=oss://gtx-wgs-demo/cromwell/           

七、使用option檔案設定預設運作時參數

在 Crowmell 的配置檔案中，可以設定每個 backend 的預設運作時參數 default-runtime-attibutes，也可以在送出工作流時通過 option 覆寫原有設定。

是以如果您在送出工作流時用到了資料盤、NAS等，都可以在 option 檔案中設定：

1. {
2.     "default_runtime_attributes": {
3.         "vpc": "192.168.0.0/24",
4.         "autoReleaseJob": **true**,
5.         "mounts": "nas://1f****04-xkv88.cn-beijing.nas.aliyuncs.com:/ /mnt/ true",
6.         "dataDisk": "cloud_ssd 250 /home/mount/"
7.     },
8.     "bcs_workflow_tag": "Tagxxx",
9.     "read_from_cache": **true**
10. }           

使用 widdler 指令行的

-O

（大寫的O）參數送出 option 檔案:

1. widdler run echo.wdl inputs.json -O options.json           

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