很多人誤以為， 是清政府燒了少林寺，這是不正确的。事實上，清代諸帝很關心少林寺，或親書匾額，或巡遊寺宇。乾隆十五年（1750年），乾隆皇帝親臨少林寺，夜宿方丈室，并親筆題詩立碑。從清朝白衣殿壁畫和文獻記載，少林功夫在清朝以來，仍維持着很高的水準。
真正毀了少林寺的，是馮玉祥。1928年軍閥混戰，軍閥馮玉祥的部下石友三火燒少林寺，天王殿、大雄殿、法堂和鐘樓等建築被毀于一炬，許多珍貴的藏經、寺志、拳譜等燒成灰燼。那麼，馮玉祥為什麼要屠滅少林寺呢？
原因很簡單，因為少林寺的主持妙興為了保護少林寺，并且保護一方平安，投靠了吳佩孚，做了團長。民國十五年（1926年）七月，廣州革命軍開始北伐。九月，馮玉祥（1882～1948年）宣布脫離北洋軍閥，參加國民革命。吳佩孚聯合張作霖（1875～1928年）攻打馮玉祥，被北伐軍擊敗。
次年（1927年）春，馮玉祥占領西安，配合北伐軍合攻河南。二月，妙興所率第一團奉命開往鄭州，又調往舞陽。三月六日，在與任應岐部交戰中，妙興陣亡，年僅37歲。六月，遺體由弟子體信運回少林寺，葬于寺東北山坡上。
民國十七(1928年)年三月，妙興的上級樊鐘秀乘馮玉祥的國民軍後方空虛，奪占了鞏縣及偃師縣，但不久被馮部将領石友三奪回。樊鐘秀南撤，轉攻登封縣城，其司令部即設在少林寺内。石友三部向南追擊，至輾轅關（十八盤），少林寺僧助樊狙擊，終不敵而潰。200多僧衆也幾乎被殺盡。三月十五日，石友三追至少林寺，遂縱火焚法堂。次日，駐防登封的國民軍（馮玉祥部）旅長蘇明啟，命軍士擡煤油到寺中，将天王殿、大雄殿、緊那羅殿、六祖殿、閻王殿、龍王殿、鐘鼓樓、香積廚、庫房、東西禅堂、禦座房等處，盡付一炬，以洩其憤。至此，千載少林寺的曆史建築盡毀。妙興投靠北洋軍閥，出任團長，參與征戰，不但違背了佛寺清規，且引來了少林寺的劫難。此後的少林寺當家和尚淳樸（鞏縣回郭鎮人）、貞緒（1893～1955，鞏縣魯莊鄉南村人，俗姓李）等人，隻在維系山門而已。
1982年以後，國家為友善中外文化交流對少林寺進行了大規模修複重建，現已形成以山門、天王殿、大雄殿、藏經閣、方丈室、立雪亭、西方聖人殿為主題的嵩山少林建築群，使千年古刹煥發出新的光彩。
馮玉祥破壞的不僅僅是少林寺。另外的資料還記載，1927年，笃信基督教的馮玉祥在河南廢寺逐僧，将大相國寺改成市場。并發動全省毀佛運動，所有比丘、比丘尼一律驅逐。所有财産沒收，寺院改為學校，或作救濟院、圖書館，或成為娛樂場所。繼河南之後，直、魯、秦等地，也都紛紛盲從，華北佛教是以幾乎衰絕。