據統計，明朝萬曆時期的文官集團已經達到了兩萬人之巨，其中京官占了其中的10%左右。
這些文官大多數還都是十年寒窗苦讀，并通過科舉考試而一朝成名當官的。是以他們的思想往往是一緻的，也容易形成一個共同的利益集體。
面對這麼一個利益集體，萬曆皇帝同其爆發了好幾場沖突，最終誰都沒有占到便宜，并悲劇性進行收尾。
比如在萬曆皇帝12歲那年，便爆發了同文官集團的一次小規模沖突，當時朝廷中有很多人去彈劾，他的老師張居正，指責張居正任人唯親，沒有以國家利益為重。
當時的萬曆皇帝年齡還很小，還需要依靠張居正來輔佐自己，是以對于這些彈劾的官員，非但沒有采納他們的意見，還将其革職的革職，廷杖的廷杖。
這件事情暫時就這麼過去了，但萬曆皇帝同文官集團從此也就結下了梁子。
3年後，文官集團又跑出來搞事情了，當時張居正的父親去世，按照慣例，他需要給皇帝打個報告，然後就可以回鄉丁憂三年。
對于這樣的事情，還未成年的萬曆皇帝拿不定主意，便跑去同皇太後商量。皇太後是上了歲數的人了，見過了不少世面，她心裡清楚張居正根本就不想要離開返鄉，便讓萬曆皇帝奪了張居正的情，拒絕了其丁憂請求。
這又惹得大量的文官不滿，紛紛進行彈劾，但張居正有萬曆皇帝和皇太後保着，再多的彈劾也是沒有用的，結果就是又有大量的文官遭到了嚴懲！
萬曆皇帝就此同文官們結下了第二個梁子。
以上隻是萬曆同文官集團之間所爆發的小摩擦，真正的大摩擦還在後頭呢？
公元1582年，這對于萬曆皇帝來說是非常重要的一年，在這一年中張居正去世了，他總算可以獨掌大權了，同時也在這一年，他愛上了一個身份低微的女子，宮女鄭氏，兩人自相愛之後便形影不離，無話不說，并很快誕下了一個兒子。
愛屋及烏，萬曆皇帝也十分疼愛這個新生的兒子，便想着要廢長立幼，對此文官集團進行了堅決的抵制，由此引發了一場聲勢浩大的國本之争。
這場争鬥前後争吵了長達十五年之久，無數大臣被廷杖，被貶官，但還是有無數的大臣站出來反對。
最終無可奈何之下，萬曆皇帝隻能放棄了廢長立幼的想法，但換來的代價就是徹底與文官集團決裂，便就此對朝政不感興趣。
國本之争是大明王朝内部的一場悲劇性沖突，在這場沖突之中，萬曆皇帝和文官集團沒有一個是真正意義上的獲勝方。
文官集團表面上成功迫使萬曆皇帝放棄廢長立幼，但同時也導緻了萬曆皇帝自此徹底将自己封閉起來的決心，這樣的結果也不是文官集團所想要看到的。