轉載請聲明；部落格園 @秋意正寒
更新你的QGIS到3.8或以上
這在3.4.x和3.6.x都存在同樣的問題。在老版本QGIS重，如果建立一個GeoPackage，先存入栅格資料就沒有這個問題，但是如果這個GeoPackage先存入的是矢量資料，不管準備存入的栅格資料是否存在于這個gpkg中，都會提示已經存在此栅格資料是否覆寫，如果選yes，整個gpkg原來的所有資料都會清空。
這是一個嚴重的問題，已經在3.8.x版本中得到了解決。
錯誤報告頁面：
https://issues.qgis.org/issues/20848
問題已經在3.8的新特性中得到解決：
是以我決定解除安裝我電腦上的3.4.7版本的QGIS