太平天國的覆滅，與它的爆發一樣，快得令人難以置信，連坐鎮北京的慈禧太後也沒想到，這夥兒曾令清王朝寝食難安的“長毛”，竟頃刻間便土崩瓦解了。畢竟，總攻開始前，李秀成手裡還有二十多萬人馬。
可是，如果我們仔細分析便會發現，即便是處于鼎盛期的太平天國，也早已預示了它最終的命運。要知道，太平軍之是以曾打的清軍暈頭轉向，主要是因為他們一直處于運動狀态，讓前來圍追堵截的官軍摸不着頭緒。
然而，在占領南京後，洪秀全等開始坐享安逸，雖然有北伐、西征等主動出擊的軍事行動，卻皆因不夠堅決和内部紛争而失敗。看似有了大學營的太平天國，逐漸過渡到了停滞不前，甚至是坐以待斃的窘境。
太平天國的堕落，也是随着定都南京而開始的，而且這種堕落幾乎是整個高層同時發生的。比如說，原本仇視清朝和帝制的太平天國，竟然也嘗試推廣太監制度，在失敗後又大規模地使用“女侍”，完全就是一個披着宗教外衣的等級森嚴的王朝。
随着太平天國高層上司的内鬥，天京事變使得數萬精銳無辜喪命，而且東王楊秀清、北王韋昌輝、燕王秦日綱也都死于非命，在洪秀全的猜忌下，翼王石達開率領數萬精銳出走。如此一來，太平天國元氣大傷，很難再組織兵力對清軍造成太大威脅。
如果說1856年的天京事變是太平天國由盛轉衰的标志，那麼到1863年時，太平天國便已經是無力回天了。
這一年中，發生了三件大事：
石達開所率精銳在大渡河慘敗，這是太平軍所難承受的巨大損失；
安徽撚軍中的張樂行所部慘敗，這使得太平軍失去了一支強有力的盟友；
戈登率領的“常勝軍”全力幫清軍進攻蘇州，并威脅杭州。
這三件事加在一起，使得太平天國更加窘迫。如果說石達開的出走和慘敗，是天京事變帶來的影響，那麼張樂行所部撚軍的潰敗和洋人态度的轉變，則是讓太平軍所料不及的，可謂是雪上加霜。
在太平天國衰敗的同時，清軍一方則抓緊了攻勢：
早在1862年時，曾國藩就着手籌劃着給太平軍布置了一張大網，他令李鴻章率領淮軍到上海，讓左宗棠上司部分湘軍經江西進入浙江，李、左兩路大軍，日益壓迫太平天國的勢力範圍。在此期間，曾國藩親自坐鎮安慶，率領着嫡系沿長江向天京逼近。
另外，曾國藩等人在鎮壓太平天國運動的同時，一直發展洋務運動，生産近代化武器。這樣一來，湘軍、淮軍的武器裝備，比起最初與太平軍交戰時，有了重要提升。
與裝備日益精良的清軍相比，太平天國因不願接受《南京條約》等屈辱條款，開始失去了洋人的支援，其在武器裝備上也變得十分被動。原來一度傾向太平天國的列強，轉而幫助清軍進攻太平軍。
更為重要的一點是，洪秀全晚年已經沉浸在了自己編織的天國中。盡管李秀成不斷勸谏，洪秀全還是堅持固守南京，強調會有什麼所謂的天兵天将前來相助。昏庸的洪秀全固步自封，在清軍的圍困下耗盡了生命，而幼天王洪天貴福和忠王李秀成接手的，可謂是個千瘡百孔的爛攤子，随着也就頃刻瓦解了。當然，這是後話，我們要探讨的是太平天國最後的決戰，也就是雨花台會戰。
苦戰四十餘天的雨花台會戰，以太平軍的大潰敗而告終。
在南京形勢日益危急的情況下，洪秀全逼李秀成聚攏部隊，回援天京。結果，李秀成與曾國荃之間的對戰，就此拉開帷幕。
會戰開始前，除了奉命回援的李秀成（率蘇南地區的太平軍精銳），還有從浙西趕來的侍王李世賢部，加上各地匆忙調集的太平軍，李秀成一方大約有三十萬人（一說二十餘萬），而曾國荃部僅有三萬餘衆，雙方在軍力上相差懸殊。
但令人意外的是，李秀成的二三十萬人，竟未能擊潰曾國荃部，反而退回了天京（南京）。這使得湘軍得以完成了對南京城的最後合圍。至此，太平天國已經徹底無望了。
那麼，這次決戰中，太平軍為何會慘敗呢？
李秀成給出的解釋是，湘軍兵力衆多且工事堅固，太平軍一方糧食不足又沒有冬衣。其實，這是一種推脫之詞。前文提及，李秀成的兵力大概是曾國荃的十倍，稱對方“人多勢衆”，絕對是自我開脫了。
另外，在雨花台會戰時，太平軍的糧道尚存，天氣也沒有特别寒冷。可以說，在整個會戰中，太平軍的處境還沒有慘到像後來南京被圍那麼慘。
李秀成的慘敗，其實就在于太平軍氣勢低落、戰鬥力下滑。
接連的征戰和高層的内鬥，使得太平天國軍民中彌散着無望的氣息。特别是随着洪秀全等人的腐敗堕落，士兵們已經開始懷疑自己到底為何而戰。可以說，盡管李秀成手握重兵，但大家都已不願意再去拼命，又怎麼能和裝備精良、骁勇善戰的湘軍對抗呢？