康熙幼年即位，他所繼承的是一個飽經戰火、經濟凋零、國弱民貧、群雄逐鹿、四分五裂的基業，先是盤踞在雲南、貴州、廣東、廣西、福建的吳三桂、尚可喜、耿精忠三藩，他們各擁重兵，軍饷開支浩大，“天下财賦，半耗于三藩”；其次是西北噶爾丹以伊犁為巢穴，其軍鋒和影響遠及于内外蒙古、南部新疆、西藏、青海以及中亞細亞，勢力強盛，窺伺中原，成為清朝的嚴重威脅；在東北則有俄羅斯人入侵，在黑龍江設立軍事據點，屠殺和掠奪當地人民；還有中原反清複明的明朝遺民亦在積蓄力量，俟機待發。
當然，還有東南沿海一寓的台灣，鄭氏割據着，阻絕了台灣和大陸之間政治經濟與文化的聯系，不利于台灣的進一步發展。同時，鄭氏對清朝所展開的軍事活動，給東南沿海地區人民的和平生産和生活，也帶來了嚴重的威脅。
由此可以看出，當年的大清王朝可謂是一堆幹柴，隻要星星之火，便會成燎原之勢，清王朝危機四伏，統治極不穩固。
十幾年後，康熙逐漸成年，他首先擒拿鳌拜，奪取權力，消除了朝廷内部的隐憂。接着集中精力削三藩，親征噶爾丹，經過十數年的努力，終于掃除了這些大的隐患。
然而，對于台灣，很多清朝官員認為，此地孤懸海外，人口稀少，防守不易，不如放棄台灣。一開始，康熙也的确是這麼認為，台灣地處大海中，波濤萬頃，作戰需賴水師，滿族将士娴習馬步，而不習水戰，加之台灣土地初辟，人口甚少，生産落後，經濟困難，急需大陸的糧食和物資供應，隻要采取經濟封鎖便能解決之。
是以，起初采用的隻是“遷界禁海”，即在福建、廣東、浙江、江蘇、山東、河北6 省沿海及各島嶼的居民内遷30——50裡，在沿海一帶形成一個無人區；嚴禁一切船隻出海貿易、捕魚。其目的是通過斷絕海上貿易往來，阻塞大路貨物的出海管道，切斷軍用物資的供給，又無法向沿海居民征收糧饷，進而在經濟上完全陷入困境，叫不戰而屈人之兵。
沒有想到的是，這遷界禁海使清王朝的經濟最少倒退幾十年，為此付出了沉重的代價。一直以來東南沿海地區有發達的農業、手工業和商業，瀕海地區有良田萬頃，土地肥沃，生産技術先進，是中原王朝的賦稅主要來源，損失是相當大。
同時，強制群眾内遷數十裡轉眼成廢墟，又無妥善安置措施，沿海種田捕魚經商百姓背井離鄉，失去生計，不少人便铤而走險，渡海赴台，反壯大了鄭氏集團的實力。
尤其令康熙不能容忍的是，和平年代這台灣表面按兵不動，一旦内地有風吹草動，便立即傾巢出動，張牙舞爪，表現最突出的是平息三藩之亂正酣，中原戰火彌漫之際，台灣便立即揮兵渡海，乘機發兵攻福建、廣東，與清軍作戰，占領廈門與漳州、泉州、潮州、惠州各地。
為此，康熙認為，針對當時世界領土最廣闊的大清王朝來說，台灣充其量就是九牛一毛，小得可憐，然而，從當年大清朝的地圖來形象地比喻，清朝的版圖就像一頭牛，而台灣就像在牛肚子上的一根鋼針，一旦有一絲風吹草動的變故，這根鋼針就插進肚子，你一打盹就紮得鑽心疼，說不定就會是以而斃命。更讓他寝食不安的是，台灣是江浙閩粵四省之屏蔽，倘若放棄台灣，必為紅毛（指荷蘭）複占，外國勢力一旦插手，“乃種禍後來，沿海諸省，斷難晏然無虞”！
此時，康熙下定決心要收複台灣，如果一直讓其這樣不去解決的話，那麼早晚會威脅到自身的安全的，一定要忍受一時的痛苦，而根除無窮的後患！
康熙二十二年（1683）六月十四日，康熙帝力排衆議，決定給擔任水師提督的施琅在台灣問題上獨斷專行的權利，下令武力進攻台灣。
施琅率領戰船300 餘艘，水師2 萬餘人，仍自銅山出洋，第2 天上午，戰船即陸續到達澎湖海外。十六日曾發生小規模海戰，雙方各有損傷。二十二日清軍分三路出擊，與鄭軍決戰，施琅親率主力擔任中路主攻。清軍利用“風利舟快，瞬息飛駛，居上風上流之勢，壓攻擠擊”，一鼓作氣，經過七八個小時激戰，大敗鄭軍。劉國軒率所剩幾隻小舟逃回台灣。
澎湖為台灣門戶，一旦失守，台灣即失去了屏障。施琅派員到台灣勸降，聯絡劉國軒。劉國軒見大勢已去，于是派兵監視鄭氏統治集團，鄭克塽、馮錫範隻得上表求降，八月清軍勝利進駐台灣。由于鄭氏集團政治腐敗，是以清廷統一台灣得到台灣各族人民的支援和擁護，清軍至台灣時“百姓壺漿相繼于路，海兵皆預制清朝旗号以迎王師”。台灣人民是迫切希望國家統一的。收複台灣後，康熙皇帝在台灣設一府三縣，台灣府和台灣、鳳山、諸羅三縣，隸于福建省。并在台灣設總兵一員，駐兵八千，在澎湖設副将一員，駐兵三千。
康熙帝收取了台灣，使台灣重新回到祖國統一的多民族大家庭中，完成台灣和大陸之間的政治統一，大大促進了以背景灣的政治、經濟與文化的發展。由此台灣成為我國東南海上的重鎮，有利于加強和鞏固我國東南沿海的國防，有利于抵禦西方殖民主義勢力的入侵。
同時，統一台灣，這不僅對國家統一具有重要意義，從長治久安的曆史角度來看，為往後清朝一百多的安定的确是打下基礎，而且沒有留下曆史後遺症，的确是最明智的做法。