李太後是明神宗的親生母親，屬于明朝曆史上較有作為的太後之一，其與張居正是政治盟友，甚至在野史上還有着說不清道不明的關系。
而這個問題本身就有問題，清算張居正，并不是李太後不想出面阻止，而是李太後已經死了，無法出面阻止了。李太後死于萬曆六年（1578），此時張居正的宰輔地位根本沒有動搖，而是時隔四年後的萬曆十年（1582）張居正去世後，神宗皇帝才開始對其清算。
政治有仁義，到頭還是交易
先帝明穆宗原本有兩個寵妃一個是正宮陳氏，一個是太子朱翊鈞（萬曆皇帝）的生母李氏。明穆宗駕崩，神宗登基後，以太監馮保為首的後宮為了讨好新皇帝，通過各種方式暗地裡向張居正傳達兩後并立的意思。張居正是什麼人，捕捉到這個資訊後，趕緊在朝會上提建議，加封李氏為皇太後，後宮由正偏房走向兩房并立的局面。
政治方面，之是以張居正和李太後能夠走到一起，純粹是出于政治交易。當年作為先帝明穆宗的幾大托孤大臣高拱、張居正等人，高拱不是李太後的人，李太後也對高拱有着一大堆意見，相對而言張居正就顯得懂事乖巧許多，至少張李二人相處時，還是有很多政治共識。
據史學家統計，張居正變法中的''一條鞭法''改變明朝困擾多年的财政危機，徹底清查出民間私有土地的畝數，朝廷國庫逐年增加，最多是達到一千三百萬石。同時興修水利、整頓吏治、鞏固邊防軍事等諸多方面都取得顯著成效。
張居正也是以順利坐上首輔大臣的座位，但接下來張居正才發現首輔做起來實在艱辛，一方面要打理朝政，一方面還要做太子老師。
願望莫過張老師，隻為李後背黑鍋
張居正可能是曆史上最冤枉無奈的老師沒有之一，張居正給皇帝朱翊鈞當老師期間，真是頭都大了。皇太後李氏是個嚴格教子且又教子無方的母親，她教育孩子的方式就是恐吓。
有一次，明神宗在宮裡開宴會，喝得稍微有點高，就讓近侍們唱歌聽。近侍說自己不會唱，明神宗一聽火冒三丈，拔劍就要殺近侍，幸虧左右攔住。此事傳到李太後耳朵裡，李太後命人把神宗皇帝喊來，一頓訓斥，細數他幾十條過錯。
母親教育兒子從來都有，可是李太後居然迫使明神宗下罪己诏。罪己诏不是随随便便可以下的，皇帝得犯下很大的政治失誤才會向天下人低頭認錯，也等于是讓天子向臣民們作檢讨。如此一來，神宗皇帝感覺自己顔面掃地，但懼怕于母後的威嚴不得不下罪己诏。
更為可笑的是，野史傳聞神宗皇帝少年時期，開始對兩性有些好奇，進而臨幸一個宮女。這事又被李太後知道，後宮一時炸開鍋。李太後可能是情緒太過激動，居然對神宗皇帝說，你如果不聽話，就讓張居正一班朝臣廢掉你。李太後雖然處于愛子心切的角度，但是這句話一旦說出，無異于将張居正等人推向君臣沖突的頂尖。李太後作為皇帝的親生母親，神宗皇帝自然無可奈何，但是張居正是臣子，神宗皇帝就會覺得自己一個君王，每天都要活在被一幫大臣說廢就廢的危險中。是以，明神宗對張居正的内心是充滿沖突的，仰仗、恐懼、厭惡、憎恨、感恩等等，可謂是百感交集，任何沖突的積蓄始終都會有一個限度，随着時間的增長，君臣之間越來越接近沖突的爆發點。
人死清算，可悲可歎
這種沖突的心裡在張居正活着的時候，神宗皇帝一直沒有發作。直到萬曆十年（1582）張居正去世，終于在朝中異己者挑唆下，明神宗帶人直接把張居正家抄了底朝天，居然查出黃金萬兩，白銀十多萬兩，萬曆皇帝面對恩師張居正如此龐大的财産，腦海裡又浮想起恩師生前對自己諄諄教誨要做一個勤儉節約、愛民如子的皇帝，一時悲憤之餘削去張居正生前的所有名分。
張居正屬于明朝期間知識分子的縮影，教條頑固、倔強不知變通的性格在其仕途當中展現得淋漓盡緻。所謂死後抄家家産龐大，我們暫且不說，畢竟這些都是張居正的政敵所撰寫，其中的真實與否，已經無從考究，單純拿他和李太後主張的改革來說，雖然沒有被貫徹至終，但也為明朝神宗執政期間帶來短暫的繁榮。