前言
ImageJ是個好東西……（省略1000字）
總地來說對我們的好處是：
1、免費
2、多功能，基本功能就很多，加上插件可以說得上是無限多（前提是你找得到，而且會用），真的沒有的功能還能自己做個插件（一般我們倒是沒這個閑功夫，基本好插件都是老外做出來的）
3、分析處理的結果比較受到普遍承認
這裡是它的官網：
<a href="http://imagej.nih.gov/ij/" target="_blank">http://imagej.nih.gov/ij/</a>
官網有它的原版安裝包及大量插件、使用者手冊下載下傳
正題
1、安裝後首先打開ImageJ：
2、打開要分析圖檔：File>open（熱鍵為Ctrl+O）
3、轉換成8bit的灰階圖：Image>Type>8-bit
4、黑白反轉（因為對于光密度（OD）來說越白數值越小，純白為0；越黑數值越大，純黑理論上是無限大。是以我們需要将上一步所轉換的灰階圖進行黑白反轉，不然的話測出來的數值就會熒光越亮反而數值越小）：Edit>Invert（熱鍵為Ctrl+Shift+I）
以下為從左到右分别為原圖、8bit灰階圖及反轉後的圖：
5、校正光密度（軟體預設為測量灰階，是以我們要改為更加适用的光密度，其中原理不是一兩句話能說得清的，這裡忽略）：Analyze>Calibrate
在彈出來的界面的Function選擇Uncalibrated OD，并下界面左下方勾選Global calibration，然後點選右下角的OK
點選OK後會跳出校正後的光密度曲線：
如不勾選Global calibration，光密度的校正隻對這張圖檔有效，一般分析都要分析多張圖檔，是以需要勾選，勾選後在打開另一圖檔時會提示是否将此校正應用于所有圖檔，不勾選Disable Global Calibration，勾選Disable these Messages
6、選擇測量機關（一般選擇象素，如有明确的比例，也可以選擇相應機關）：Analyze>Set scale
點選後在彈出的界面裡點選中間的click to Remove Scale，并勾選下面的Global（同樣的，如不選Global這個測量機關的選擇隻對這張圖檔有效），最後點選OK
7、選擇測量項目：Analyze>Set Measurements
在彈出界面中選擇我們需要測量的項目Area、Integrated density，并勾選下面的Limit to threshold（這個選項是指隻測量我們選中的範圍，如不勾選側會測量整張圖檔資料），選擇後點選OK
8、選擇測量域值：Image>Adjust>Threshold（熱鍵為Ctrl+Shift+T）
滑動彈出界面中間的滑塊選擇适合的域值，以使的你圖檔中的細胞或待測目标剛好全部被選中，選好之後點選右下角的Set
在彈出來的界面點選OK
9、測量：Analyze>Measure（熱鍵為Ctrl+M或直接按M）
10、記錄資料并計算：
結果中的Area為選擇範圍的面積，如果是測量的是細胞的話就是細胞在圖中的面積；IntDen就是所選範圍的IOD（光密度的總和）。
結果界面中的資料可以複制到Excel等軟體中進行計算。
用IntDen的數值除以Area的數值得出來的就是這張圖檔中細胞的平均光密度，以這張圖檔的資料為例，即：18854/179252=0.105181532（/pixel）
同法測量多張圖的平均光密度值後就可以進行半定量比較。
以下附上分别應用Image-Pro Plus及ImageJ對五張圖檔進行分析的結果對比：
從結果的對比看來ImageJ與IPP（Image-Pro Plus）的分析結果是基本一緻的