當同學要傳送job時，希望大家搭配下列的script來執行。 pbs_parjob.sh

[1] Q: 每次執行MPI程式時都需要求輸入密碼很多次嗎？

A: 因為MPI使用SSH protocol登入到各機器上啟動程式執行，是以每次需要登入到其他機器時，系統一定會要求你輸入密碼

如果你已經對每次都要輸入密碼而感到厭煩，透過下列步驟可以讓你以後跑程式時都不需要再輸入密碼

請依序執行下列指令:

# ssh-keygen -t rsa

(接著會要求你輸入一些東西，按<ENTER>即可)

# cd ~/.ssh

# cp id_rsa.pub authorized_keys

[2] Q: Queue Software使用說明

A: 當大家的程式(job)同時在系統中執行時，這些程式間會彼此競爭CPU資源，為了避免同學的程式執行時不會被其他人的程式幹擾，

以確保程式的效能數據是準確的，請大家務必使用Queue System。

Queue system會監控整個cluster系統中所有CPUs的狀態，並根據大家送出的程式(並指定此程式執行時需要的CPU個數)、

最後將此程式指派到系統中閒置的CPU(s)上去執行。

以下是幾個大家使用Queue System時常用的指令：

# qsub        (submit a job)

# qstat       (show job status)

# qdel         (cancel a job)

qsub 的使用方法：

當同學要傳送job時，希望大家搭配下列的script來執行。   執行方式如下：

# qsub pbs_parjob.sh

下列是pbs_parjob.sh的內容：

### Job Name

#PBS -N mpijob

### submits the job to the queue which name is "batch"

###PBS -q batch

#PBS -q batch

### requests 4 nodes, and each node has 2 Processing Units.

#PBS -l nodes=4:ppn=2

### Declare job non-rerunable

#PBS -r n

# Print the name of the node on which this script has started and the time.

echo "====================================================================="

echo "Starting on `hostname` at `date`"

#PBS_NODEFILE=$1

# The environment variable $PBS_NODEFILE lists the name of a file contain

# a list of the nodes that are available to this job.

# The mpirun command will use $PBS_NODEFILE for its machinefile.

# See the mpirun man page for details.

if [ -n "$PBS_NODEFILE" ]; then

if [ -f $PBS_NODEFILE ]; then

# print the nodenames.

echo

echo "Nodes used for this job:"

echo "------------------------"

cat ${PBS_NODEFILE}

# Count the number of lines in $PBS_NODEFILE so that we can get the

# number of available processors. Put this in the $NP variable.

# Unfortunately, PBS doesn't give us this information automatically.

NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

fi

# Display this job's working directory

echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR

cd $PBS_O_WORKDIR

# Use mpirun to run MPI program.

# /opt/mpich/gnu is the MPICH compiled with GCC version, and mpirun is the launch script.

# If your MPI program is compiled with Intel compiler, you can specifies /opt/mpich/intel/bin/mpirun.

# if your MPI program is compiled with PGI compiler, you can specifies /opt/mpich/pgi/bin/mpirun.

###/opt/mpich/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS ./program/hello3

time mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS ./parallel_program_name

# time ./sequential_program_name

# print end time

echo "Job Ended at `date`"

Script說明：

PBS -N <Jobname>        (設定Jobname。並在程式結束後產生2個輸出檔，附檔名為.o及.e)

(如上例，Jobname為mpijob，輸出檔為mpijob.o及mpijob.e分別紀錄stdout及stderr的值)

PBS -l nodes=<X>:ppn=<Y>        (設定程式執行需要X nodes，每個node上用Y個processing unit)

(如上例，使用4個nodes，每個node上用2個processing units。)

(當執行sequential程式時，務必設定X=Y=1。若為平行程式，請參照platform中的設定值)

執行MPI程式時，使用time mpirun...那一行。Sequential程式使用time ./sequential...

若欲更動其他的參數值，請詳閱說明檔案。

qstat 的使用方法：

# qstat -a        (查詢queue中job的詳細狀態)

# qstat -n        (列出job在各node上執行的詳細情況)

qdel 的使用方法：

# qdel <JobID>        (刪除佇列中id為JobID的程式。JobID可由qstat -a查詢得知)

更多用法請使用man查詢, ex:

# man qsub

# man qstat

# man qdel

[3] Q: 使用queue軟體出現 p4_error: Child process exited while making connection to remote process on XXX

A: 因為queue軟體無法和使用者互動做輸入訊息的動作，是以當需要使用者輸入訊息時，

你的程式會停住不動，直到一段時間後queue軟體將你的程式結束並顯示上述錯誤訊息。

是以有幾點需要注意：

1. 你所寫的程式不要使用到需要和使用者互動的函式，如scanf(), getchar()等。

2. 讓Queue軟體登入到其他機器時不會有互動的清況發生，如輸入密碼或yes/no的問題。測試方法如下執行：

# ssh <Hostname>

     (在Blade server上 Hostname 為node01, node02, ~, node05, node06)

     (在VIA cluster上 Hostname 為VIAC3-01, VIAC3-03, VIAC3-04, ~, VIAC3-11, VIAC3-12)

如果需要輸入密碼，使用FAQ[1]解決。如果需要輸入yes/no則輸入yes。

當確定不會有任何互動的動作發生，則不會出現此錯誤訊息。