我們所認識的牽牛花又夕顔，朝開暮落,而東野圭吾裡的黃色牽牛花又稱夢幻花，卻誘發了3起案件。
故事撲朔迷離，從樂隊天才少年鳥井尚人的自殺，再到爺爺秋山周治的被殺，再追溯到50年前的兇殺案，竟然是同一進制兇。
退休後的秋山周治潛心研究各種植物，他培養的黃色的牽牛花是禁花，也就是夢幻花，據說如果硬要追尋，會招緻自身毀滅。而秋山周治就是在培育黃色牽牛花開花後遇害，而黃色的牽牛花不翼而飛。
孫女梨乃是最後一次與秋山周治聯系的人，而獨居的爺爺并無仇人。與爺爺有科研競争的同僚日野成了最大嫌疑人，但是日野承認偷走了那盆黃色的牽牛花，卻并沒有殺人。
一時間秋山周治的死因成了懸念。
梨乃決心要調查爺爺的死因，她将夢幻花的照片發到爺爺曾經的部落格上，很快一個自稱蒲生要介的進階植物專家與她聯系，聲稱要立刻删掉微網誌，不然會有災難發生。
而黃牽牛花早已在幾十年前滅絕，而且記載黃色牽牛花的大量文獻都消失殆盡。
一瞬間，事件似乎走進了恐怖的深淵，所有的關于黃色的花都變得神秘而又懸念。
而負責秋山周治案件的警察早濑，調查的所有有關案件線索全中斷了，案件進入了瓶頸。
浦生蒼太是蒲生要介同父異母的弟弟，蒼太的父親去世已經3年了，而要介卻不并不參加父親的3周年忌日。
而蒼太從小感覺父母對他态度冷淡，似乎哥哥和父親都有事瞞着他，在這種心理影響下，他與家人的關系并不好，是以一心想畢業後遠走高飛，離家遠遠的生活。
偶然的機會蒼太與梨乃得知50年前的MM精神病人殺人案件死者竟然是蒼太的外婆與外公，而她媽媽是幸存者。
而蒼太在“鐘擺”樂隊發現代替鳥井尚人的竟酷似少年時代的戀人伊庭孝美，但孝美堅決聲稱認錯人後從樂隊消失。蒼太和梨乃認為這其中必有玄機，于是展開了一系列的調查。
最後他們兩人發現在牽牛花市上竟然看到了專心看花的孝美，于他們直覺孝美加入樂隊也是為了牽牛花，而且她還經常打聽自殺的鳥井尚人的事情。
50年前的兇殺案與如今的案件到底有沒有關聯，一時成了謎。
梨乃和蒼太調查到了孝美是由樂隊前輩工藤明介紹來的，于是找到工藤明的别墅，導航的目的地卻是樹林中有一座孤零零十分詭異平房。周圍鄰居對這座房子欲言又止，多方詢問得知此房屋主人因為追星精神失常，當街行兇殺人，而殺的人正是蒼太的外婆和外公。
這究竟是怎麼一回事，一系列散亂的資訊，穿越了50年的案件竟然巧合的浮現。
而此時在一片詫異中，警察卻帶走了同為天才少年的樂隊隊長雅哉，雅哉和死去的尚人是非常要好的朋友。
雅哉供認了殺死秋山周治的全過程，原來雅哉因為服用黃色牽牛花被秋山周治發現，而要求他戒掉，否則就會報警，情急之下，雅哉殺了秋山周治。
原來工藤明在買來的房子裡發現了夢幻花的種子，而将這些種子分享給雅哉服用，以提升音樂才華與靈感，享受飄飄欲仙的感覺。
而雅哉又将種子分給了他的好朋友尚人，而尚人的自殺正是服用夢幻花神志不清而跳樓。
原來殺人的元兇就是夢幻花，也就是秋山周治培育的黃色牽牛花。
因為50年前的MM夢幻花引起的殺人案件，夢幻花的種子并沒有全部銷毀，而是在背後秘密培育，因為種子既是緻幻劑，也是醫用的必備麻醉劑。
蒼太最終明白了父母和哥哥是夢幻花的守護者，之是以對他的隐瞞，隻是出于保護。
而他少年時代的戀人孝美世代為醫，也是夢幻花的守護者。
蒼太最終選擇了一份别人都不太願意的枯燥、無聊的核電方面工作，他終于達成了與家庭，與自己的和解。
你看到的、觸感冷漠與不公平的未必是事實，還可能是愛與保護，所有的事情皆有可能。