1853年2月9日，太平軍離開武漢三鎮，開始順流而下，目标是進攻六朝古都南京。
太平軍不是過去，早已不是原來的無目标，走遍美國。當時，太平軍，兵力的迅速壯大，已經擴大到數十萬人，在一定程度上開始超越清軍一線，出現了一定的優勢，結束了金田開始為生存而戰、東西方、轉身以來的軍事被動局面。
太平軍和陸軍師兩條路，相呼應，互相配合，與長江齊頭并進，直奔金陵。
太平軍師由悍馬胡一旋、李開方、林鳳祥等指揮，沿長江、沿東、沿路尋旗，軍号嗚咽，槍聲隆隆作響。
水手由月洲船人領袖唐正統領銜，軍艦連通數十裡，桅杆屹立不倒，白帆如雲朵，猶如百條争流，乘風破浪，無敵不敗。海軍陸戰隊由董望陽秀清統一指揮。翼王石大開、燕王（時任皇帝）秦志剛和廟左一指揮羅大綱，廟右四指揮賴漢英等為副司令員，乘軍艦往東，向南下。
《太平天國史綱要》記載，太平軍所有将領加上他們的家人，有五十萬人，王紅秀都騎着"龍舟"，在秩序的中間。
從武昌到南京，大約有1800華裡。在1800多英裡的内河防線上，清軍主要集中在江西九江、安徽安慶、蕪湖等重要城鎮。太平軍水陸軍順流而下，如斷竹等，先後征服了九江、安慶、蕪湖等戰略城鎮，使清軍苦苦營運的河防系統迅速分崩離析。
同年3月8日，經過一個月的長途跋涉，太平軍師奮戰千裡之力，第一批士兵來到南京。
軍隊抵達南京後的第二天，第二天，北王偉昌會、翼王師大開凱、李開方、林鳳祥、紀文源等，在城市西南山西橋一帶建立了24個營地，然後發動了強攻。太平軍在南門外的屯寺塔頂上架設炮兵，用重炮轟擊清軍。
南京自古以來繁榮昌盛，被譽為六朝金粉之地，是清朝在江南的政治、經濟、軍事中心，不僅駐紮重兵，而且城池大小，像龍盤虎，其城防比武昌強得多，據記載，僅南京市就有13個城門。
然而，此時此刻，南京城兵力較弱，全市守軍不到2萬人，其中大部分是永定臨時征兵，精銳和戰鬥力強的正規軍——八旗兵卻隻有5000人左右。
南京市最高統帥是兩江總督陸建軒，他的人民沒有計劃和勇氣，不懂軍事，隻知道粉飾太平，躲避欺淩。在南京老巢失去警惕後，他整天閉門造車，既不處理政務，也不加強城防，也不部署防衛部隊。當太平軍炮擊南京城時，陸建璇依然生活簡單，沒有積極組織守軍抵抗，而是在官邸燒香拜佛，祈求佛陀的保佑，派兵掃除太平軍。金陵市有這麼淡無能的上級軍官，難道沒有理由不被打破嗎？
3月12日，太平陸軍陸戰隊師也抵達金陵市外，駐紮在石館等地。整個長江都在太平軍的控制之下。水陸軍師畢業後，素有實金湯之稱的南京市，被數十萬太平軍包圍，從城外一直延伸到江東門，綿延數十裡，到處都留着長發，頭上裹着紅巾的太平軍士兵。在清軍的城首，望着城旗遮蓋着一天，刀槍相持，人們喊着馬嘶嘶聲，無所畏懼戰争。
楊秀清看到南京城池高聳入雲，心知強襲不易，決定先換智。一天晚上，太平軍的一名優秀士兵打扮成光榮的士兵來到城裡，叫守軍開門，聲稱他們是奉命幫助光榮的士兵的。壽成軍官向蔣介石上報督盧建軒，盧建軒喜極而泣，毫無疑問有騙子，以為薩薩仙嶺，軍隊到了，就能得救。就在下令開放城市之前，一名助手為他辯護，說這是太平軍假裝成儀仗部士兵賺錢的伎倆。陸建軒突然醒悟過來，指令守軍開火。在城下，假裝成清軍榮部的太平軍隊無法阻止，被炸死打傷。
楊秀清見無法獲得智慧，于是下令動用武力進攻。林鳳祥奉朝奉奉東王的指令，率領土營（由道州、泸州礦丁組成）在宜豐郊外的一座寺廟裡挖隧道。為了轉移守軍的注意力，太平軍在水西門外集結重兵，以牽制清軍。
就在清軍主力防禦部隊轉向水西門的時候，3月19日淩晨，宜豐門外傳來一聲巨響，原太平軍土營開挖隧道完工，引爆了地雷，炸毀了城門的一角，有一條兩英尺多長的縫隙。守軍得知自己打赢了太平軍的詭計，驚呆了，但為時已晚。猛犸象林鳳祥率領行刑隊，勇敢勇敢地進城，激烈戰鬥，清軍将領程三光、沈瑜二世将被太平軍擊斃。
行刑隊沖進城後，立即分成兩條路，一路向鼓樓方向，另一條路向雞籠山方向。太平軍一路行軍，剛遇到清二江總督陸建璇坐在車裡從江陵總公府回到兩江總督府，還沒到省，然後與太平軍突擊隊相遇狹窄的道路，雖然他的衛兵奮戰至死抵抗，束手無策， 唐兩江總督逃到小營地，還是被太平軍追上，成為了它刀下的鬼魂。
封疆的陸建軒被殺的消息，迅速傳遍了整個金陵市。已經士氣低落的捍衛者突然分崩離析。太平軍主力立即從四面八方發起強力進攻。槍聲、殺戮聲、哭聲合二為一，震撼了整個城市，那些被迫來到城市的人勇敢地迷失了方向，不去打仗，不逃。
不過，城裡的守護者将崗厚監率超過5000名八旗精英兵和家屬一共打成萬人留下來，或者叫消極抵抗。這面旗幟士兵裝備精良，勇敢好鬥，與軍人家庭也能戰鬥，拒不投降，血戰。八旗兵的兇猛使得太平軍的傷亡非常大，最後帶着戰死兄弟的屍體變成了"人梯"，在昔日的仆人血腥的戰争之後，付出了巨大而悲慘的代價，黨到南京内城突圍。
混戰中，清軍上将項厚、何龍武副将、鐵托·傅祝洪加等20多名全人将領和5000多名八旗兵全部陣亡。
曆史記錄顯示，南京戰役中，雙方戰死加遇難者加南京居民共計15萬餘人。這場血戰過後，南京市火，硝煙彌漫，屍體遍地，血流進河中，風景不忍心看見。
到20日晚，全市剩餘的清軍小分隊基本被整肅整肅，太平軍終于占領了整個南京城，取得了自金田以來的最大勝利。
征服南京後，北王、東王等紛紛進城。3月29日，天王紅秀在10多萬人的包圍和歡迎下，興奮地進入南京，原龍盤湖的六個古都終于被一群農民起義軍踐踏。
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