明朝初設中書省，六部（吏部、戶部、兵部、刑部、禮部、工部）隸屬于中書省。後來，廢除中書省，六部則直接對皇帝負責，成為主管全國行政事務的最高機構。每部一般情況下，各部設定正二品尚書1人，總管本部政務（相當于現在的部長），下置正三品的左、右侍郎（左比右大）各1人，為尚書之副（相當于現在的副部長）。
每部分設4屬部（司），每屬部（司）設正五品郎中（相當于現在的司長）、從五品員外郎、正六品主事各1人，各類辦公人員若幹。
吏部，類似現在的組織部、紀委等部門。
戶部，類似現在的民政部、财政部、國土局等部門。
兵部，類似今天的國防部，中央軍委及其各軍事機關。
刑部，類似現在的司法部和公檢法部門。
禮部，類似現在的外交部、教育部、文化和旅遊部等。
工部，類似現在的工業和資訊化部、水利部、住房和城鄉建設部等。
六部的辦公是在午門内，官員相對穩定，一般不會輕易調動，凡有勞績者，則在本部升用。六部屬于文官系統，就是冠以“兵”的兵部，也不屬于武官系統。尤其是在明朝初期，不能直接調動各省的最高軍事機構都指揮使司。統領各省的都指揮使司的機構是中央設定的五軍都督府（前軍、後軍、左軍、右軍、中軍）。兵部則專司武官選授、征伐簡練、馬政驿傳諸事，也就是說，五軍都督府和兵部都聽命于皇帝， 五軍都督府擁有統兵權而無調兵權，兵部擁有調兵權而無統兵權。五軍都督府和兵部互相節制互不統屬（明朝中後期文官制約武官）。
明朝曆史上較有名氣的尚書有：吏部尚書蹇義、王直；刑部尚書王世貞、林聰；兵部尚書于謙、袁崇煥(加銜)；禮部尚書楊溥、徐光啟；戶部尚書費震、茹太素；工部尚書雷禮、吳中。