1624年，荷兰人占领台湾后，便在大员（今台南市安平区，当时还是一座小岛）建造一座坚固的城堡热兰遮城， 成为荷兰人在台湾的统治中心。荷兰人在大员建立城堡的第二年，又用十五匹棉布的代价又向台湾原住民购买了一块土地， 后来在这里建造了一座普罗民遮城。
荷兰人占领台湾后，这让在菲律宾吕宋岛的西班牙人大为紧张，他们怕荷兰人会阻断吕宋岛到中国大陆和日本的贸易航线。1626年，西班牙派出舰队绕过台湾本岛的最东点三貂角，进入基隆港，占领台湾本岛最北端的社寮岛（今和平岛）， 并且在这里建筑了圣萨尔瓦多城。1628年，又占领沪尾（今台湾淡水港），并建筑了圣多明哥城（今红毛城）。这样，西班牙人实际上与荷兰人分据占领了台湾，形成对峙局面。
西班牙人主要占领的是北台湾地区，全盛时期他们在北台湾建立了三个省区：淡水、哆啰满（台湾新北市贡寮区）、蛤仔难（台湾宜兰县）。
西班牙人占领台湾有两个目的，一是传教，一是作为贸易据点。西班牙人占领北台湾后积极推广天主教，到处建教堂 ，据说还真有一些原住民信奉了天主教。
当然，西班牙人最重要的目的还是希望以北台湾作为贸易据点。可是后来西班牙人发现这个据点其实用处不大，中国正闭关锁国根本无法贸易，后来连日本也闭关锁国了，也无法贸易。这个据点的作用日渐减小。
加上当地原住民极力反抗西班牙人的统治，烧毁了他们的圣多明哥城（今红毛城），矛盾越来越激化。后来，西班牙在亚洲的根据地菲律宾吕宋岛发生动乱，西班牙人赶紧从台湾调走大部分兵力，前往吕宋岛平乱。
可别忘了，南台湾是荷兰人的据点，当他们得知西班牙人前往吕宋岛支平乱了，那么西班牙人在北台湾的防御自然就很薄弱了。于是在1642年，荷兰人派出船舰北上进攻西班牙人的据点，由于守兵不多身单力薄，没怎么抵抗就开城投降了。
所以，从1626年到1642年西班牙人也曾在北台湾殖民统治了16年。
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