光绪三十一年（1905）虚云老和尚六十六岁，往南洋弘化，在越过野人山时染上瘴毒，发为热病，昼夜高烧不退，勉强扶病到柳洞观音寺。寺中有一中国僧人名叫定如，向之行礼，彼亦不理，只好找寻到大殿边一处石板地上打坐。此僧上早晚课毕，皆三唱“杀、杀、杀”，不知何谓？又饮食中杂有葱蒜牛奶，云公也不多言，每日只饮水而已。僧察知原因，即不再于斋食中杂入葱蒜荤腥，公乃得食。至七日后方叙述前十年前从香港到星加坡船上备受洋鬼子虐待，饮恨终身，故此每日殿后唱杀，以志不忘。弱国之民，何有尊严？
从缅甸仰光乘船往马来西亚槟城（槟榔屿）极乐寺，船到槟榔屿泊船停靠，因为船上有疫病死亡人员，船一泊岸，即将船上一千余人客驱上一座山上接受检测，一任风雨日晒，每人发萝卜两根、一小碗米，自行煮食。洋人医生每日检查两次，七天置留人员离去一半左右，十天之后独留云公一人，心内焦急，以前在野人山所染病情加重，渐渐的不能饮食。到了第十八天，洋医过来令人移云公居一屋中，有一泉州的老人过来巡查，叹息道：“此房是专门为将死的病人活活解剖用的”！云公即向老者告知是去极乐寺的僧人，老人不禁怜悯曰：“我取点药给你吃吃看看，病能否好起来也未可知，一切听天由命吧”。即煎煮一碗神曲茶饮下，吃了两天，病情略缓解，老人再三告诫云公：“一会儿洋医来，听我在外面咳嗽声音，你要振作精神，坐起身来假装无病，坚决不可吃洋医的药，切记，或许还有回天之术”！过了一会儿果然洋医过来查看，逼迫吃药，老人得知已经被强制喂药，大惊失色：“难以存活了，明天即会过来活活开刀解剖，我给你点解药吃，有没有效果不敢保证，只祈求佛祖保佑你啦”！次晨，老人早早过来探望，看到满地是血，云公仆卧于血泊中，目已不能视物，老人赶紧将人抱起，换穿净衣，将血迹清洗干净，对公耳边大声说话：“你不该死啊，佛有灵验了，如果换作他人昨天吃了药，不等断气就活着开刀解剖了。九点钟左右洋医来时，你听到我在外面的咳嗽声，装得神气十足一些，或者尚有一线转机”。一会儿洋医果然携带手术用的器械箱过来，看到云公精神充足，了无病容，不觉用手指指，又笑笑而去。老人见洋医远去，才过来安慰：“你不该死啊，他笑你不该死，不会即行解剖了”。云公请他帮忙送洋医二十四元钱，通融一下给予放行。次早医生来查看一下，准予放行，老人扶公上船过海，终离此劫。
带病强行至广福宫，在寺院客堂挂单，客堂执事看到云公形容憔悴、病势奄奄，坐待二个多小时，竟无人过问接待，不觉悲感交集，万幸不死于洋人之手，可悲知客僧不知接待十方游僧之职责。等到天晚，觉空首座和尚偶然路过，云公当时拜下已不能起身，老和尚用手扶起：“缅甸仰光的高万邦居士已来电二十多日，不知你的消息，妙莲老和尚和大众师父都很着急，你怎么弄成这个样子”？未几，妙莲老和尚赶到：“天天望你消息，恐怕你遭险，我欲回闽修造龟山寺院，听闻你来，故专门在此等候，未曾想你竟遭此厄难，真是危乎险矣”！与妙老和尚同回极乐寺，老和尚令服药，公曰：“既已到家，妄念顿歇，将息数日便好了”。以后在极乐寺常常一定数日，老和尚告诫说：“南洋天气炎热，在此静坐与内地不同，你这样每坐都入定几日，恐怕日久天长对色身有巨大的伤害”！云公当时未加在意，致使两年后在泰国龙泉寺而生一场大病，几乎丧命，这是后话。妙莲老和尚不日上船回闽，嘱咐云公讲法华经后，先至鼓山，有重要的事情需要你来办理。云公即在马来西亚槟城极乐寺、马六甲青云亭、吉隆坡灵山寺讲经，前后皈依者一万余人。
光绪三十二年（1906）三月回国，在上海会同寄禅和尚进京请愿，保护佛教，光绪帝诏谕各省严禁提捐寺产，不准地方刁绅官员蠹役侵扰。这年七月，又钦赐云南鸡足山钵盂峰迎祥寺加赠“护国祝圣禅寺”，钦赐龙藏、銮驾全副。钦命方丈，御赐紫衣、钵具，钦赐玉印、锡杖、如意，封赐住持虚云“佛慈洪法大师”之号。奉旨回山传戒，护国佑民。
光绪三十三年（1907）正月运全套龙藏出京，方抵厦门，鼓山湧泉寺来电谓妙莲老和尚在龟山示寂，星夜兼程赴鼓山筹办后事。四月初十日入塔，前半月大雨滂沱不止，众甚忧之，初八天晴，初十日于天坪祭斋百桌，众人诵经上供，念到变食真言时，忽起一阵旋风，将诸祭品旋转飞于空中，灵龛顶放射出一道霞光，直贯塔刹。又将灵骨另一分运抵马来西亚槟榔屿观音亭，数千人诵经念至变食真言时，又起旋风，将万花吹散，灵龛顶涌白光，直射入二里外极乐寺妙莲老和尚灵塔顶端。虚云老和尚评论这二件异事时说：此之二事，予亲手所作，耳所闻、目所见者也，佛云密行难思议。论老人平生修持事，予所未知，亦未主行于禅、净，惟以修建寺院，接众结缘为务。末后因缘，有斯奇特。予自从披剃后，流荡四方，久未侍奉，且数十年不通音讯，有负师恩。然最后因缘，为其料理龛塔，分光舍利，忆其屡嘱诸事，又似有前知者，难以愚测。略叙事实，俟证将来。
办理毕妙莲老和尚灵塔一事后，乘船从马来西亚丹那到暹罗国（泰国），在转船期间遇一英国领事，曾做过腾冲、昆明的领事官，看到虚云老和尚不随便食用轮船上的糕饼及含有牛奶的食物，特请老和尚食用纯素的饭食，询问得知是为修造鸡足山迎祥寺化缘的事情，专门在缘薄上捐助三千元做为建寺专款。船到暹罗，上岸分手，几日后老和尚在龙泉寺讲地藏经，该英国领事专至寺中拜访，并付三千元现金而去。此为一奇事，英国人中亦有具佛善根之人。
于暹罗龙泉寺讲经，一日跏趺静坐，忽然入定，一定九日，哄动泰国，自国王大臣及庶民百姓咸来礼拜，国王请入王宫供养皈依，官绅士庶皈依者约几千人。从这次入定后，以前妙莲老和尚劝诫的话应验，开始时只是足生麻痹，行动有碍，继则全身麻木，饮食起居需人抚助，中西医药无效，直至最后口不能言，目无法视物，群医束手，唯有待死而已。虽身体瘫痪麻痹不能行动，心中泠然，思虑修建鸡足山寺院及转运藏经之事，万一身死被烧，如此之事无人知悉，因果如何负责？不觉落泪，默祷迦叶尊者护佑，能够圆满修造鸡足山寺院安僧接众，妙圆师父赶紧上前取水喂饮后，即时入梦。梦中看见一老僧状如迦叶尊者，坐云公身旁以右手摩顶曰：“比丘比丘，衣钵诫勿离身，汝不须忧，以衣钵作枕，病就好了”！闻语即取衣钵为枕，回视已失尊者所在，通身汗下，心中悦愉，无法尽言。口稍能言语，即嘱妙圆师至华佗前求取药方，只是木栉与夜明砂二味中药，煎服后，口能说话，视能见物，再求华佗，只有一味赤小豆。从此煮赤小豆为粥食，吃了两日，头略能动，再求，仍是赤小豆一味药，致此每日皆以赤小豆为主食，不吃其它，不久大小便所便尽是黑秽液体，身体渐知痛痒，起卧行动无碍，前后二十余日，麻痹尽除，瘫痪悉去。礼谢妙圆师及大众费心辛苦护持，礼答华佗赐方除病，发愿以后建造寺院咸建伽蓝殿供奉，以解除天下苍生疾苦。病愈，继续讲经，暹罗国王捐送洞里土地三百顷以为供养，云公即送与槟榔屿极乐寺设橡胶厂。