公元前213年，为庆贺击败匈奴、收服百越的战绩，秦始皇在咸阳宫大摆宴席，与70位博士、文武百官共同畅饮。席间，众臣无不为秦始皇歌功颂德。其中博士侍中周青臣对秦始皇赞叹道:“陛下铲平六国,统一天下,今北败匈奴,南服百越,日月所照之地,皆为陛下统治。陛下废除分封旧制,遍布郡县,消除了战乱之患,百姓安居乐业,自古至今无人能及陛下威德.”秦始皇听后自然欣喜若狂。
座下的另一位博士淳于越是反对郡县制的，听到周青臣的谄媚，心中很是抵触，就站起来说：“殷商和周朝稳坐天下千多年，就是因为分封子弟功臣，仰仗这些人辅佐朝廷。而今陛下坐拥有天下，居九五之尊，而子弟功臣只能做个普通臣民。如果突然之间发生齐国那样的田氏篡权、晋国那样的六卿专政，没有辅佐诸侯，哪一个来拯救那种危险局面呢？治理天下不效法古人而企图长治久安，我从来没有听说过。如今周青臣当面谄媚陛下，为陛下的过错推波助澜，这样的人绝不是忠臣，应以严惩，以示天下！”淳于越的一番话，使宴会上原本欢乐热烈的气氛一扫而空。灯火通明的咸阳宫陷入一片寂静。
众臣纷纷垂头不语,秦始皇一听,也是脸色铁青、怒气冲冲,因为淳于越直接否定了他的基本国策,不过秦始皇忍住不言不语,便要借此机会统一天下的意见。因此,他现在便要求各臣自述看法。李斯随即把矛头指向“诸生”,他进一步向秦王献言说：“古时候中原混乱，没有人会统一，因此诸侯乱作，归根结底就以古非今，惑乱人心。如今陛下夺天下，位极人尊。而士子多专擅书卷,反政,朝廷内心怀不满,民中借古讽今,若不加以严禁,则国威必不长盛。李斯由一人推举到一类人,由一类人推举到一类人做事,由事推举到诗书,随后又出列一表奏请秦始皇公布焚书禁令。这项建议中饱秦始皇之怀,于是下令焚书,中国古文化史上空前的一场浩劫开始了。
根据李斯建议，秦始皇向全国发布“焚书令”：凡秦国以外的史籍，除了博士馆分享的《诗》《书》《百家语》的书之外，其余全部焚毁,医药、卜筮、农耕类书,都不予焚毁;若有再谈诗书者“弃市”。“以古非今者族”,如官知而不揭发则以刑,对未按焚书令三十天内拒焚者一律处以黥刑。
咸阳城内的一把火揭开了秦始皇焚毁文明的大幕；这把火在全国各地熊熊燃烧。首先烧毁了除《秦记》以外的国家历史档案，不到30天，民间大部分的“违禁”书籍化为了灰烬，只有皇家图书馆保留了一套比较完整的藏书。但是焚书的大火、严厉的法令没有完全惊醒当时的全部儒生,他们也尽力珍藏这本书。
如果说，焚书是由朝廷大臣争议引起的一次书厄，那么，坑儒却是因皇帝的迷信造成的一场人祸。秦始皇怕死是很出名的，他非常迷信，在妄想世代为帝的同时，也异想天开希冀长生不老，千方百计想寻找使人长生不死的药。
除了坑杀于咸阳的460余人外，同时还谪迁了一批人至北方边地。事情发生后，秦始皇的长子扶苏进谏说：“天下初定，远方的黔首还没有安下心来，诸位先生都诵法孔子，陛下重法绳之，臣恐天下不安。望陛下三思。”秦始皇怒扶苏多嘴，把他轰出咸阳，让他到北边的上郡（今陕西榆林东南）去执行监军任务。儒家书生依据儒学思想，批评讥讽秦王朝凶恶的朝政，更为秦始皇深恶痛绝，早欲除之后快。因此，秦始皇转移矛头，拿无辜的儒生出气，进行反击迫害，并不为奇。
然而历史的发展不因秦始皇倒行逆施而改变,秦始皇焚书三年,坑儒两年,他本人却病逝于沙丘。这位幻想长生不老的一代霸主,一生不过五十岁便夭折了,他试图“以传千世”的庞大王朝,也“亡于第二世”。倒是被他百般摧残的道家学说和儒家学说反而具有超强的生命力，烧不尽、坑不死，从稍后的汉王朝起，就取得了中国社会观念上的统治地位，历经数千年而不衰。
焚书坑儒是秦始皇为了巩固大秦帝国万世一系的皇权统治而在文化及意识形态领域中实行专制统治、统一思想、巩固政权所采取的措施，这种做法是残暴的，也是愚蠢的，焚书坑儒并未真正起到巩固秦王朝王权统治的目的，反而加速了它的覆亡！