公元前213年，為慶賀擊敗匈奴、收服百越的戰績，秦始皇在鹹陽宮大擺宴席，與70位博士、文武百官共同暢飲。席間，衆臣無不為秦始皇歌功頌德。其中博士侍中周青臣對秦始皇贊歎道:“陛下鏟平六國,統一天下,今北敗匈奴,南服百越,日月所照之地,皆為陛下統治。陛下廢除分封舊制,遍布郡縣,消除了戰亂之患,百姓安居樂業,自古至今無人能及陛下威德.”秦始皇聽後自然欣喜若狂。
座下的另一位博士淳于越是反對郡縣制的，聽到周青臣的谄媚，心中很是抵觸，就站起來說：“殷商和周朝穩坐天下千多年，就是因為分封子弟功臣，仰仗這些人輔佐朝廷。而今陛下坐擁有天下，居九五之尊，而子弟功臣隻能做個普通臣民。如果突然之間發生齊國那樣的田氏篡權、晉國那樣的六卿專政，沒有輔佐諸侯，哪一個來拯救那種危險局面呢？治理天下不效法古人而企圖長治久安，我從來沒有聽說過。如今周青臣當面谄媚陛下，為陛下的過錯推波助瀾，這樣的人絕不是忠臣，應以嚴懲，以示天下！”淳于越的一番話，使宴會上原本歡樂熱烈的氣氛一掃而空。燈火通明的鹹陽宮陷入一片寂靜。
衆臣紛紛垂頭不語,秦始皇一聽,也是臉色鐵青、怒氣沖沖,因為淳于越直接否定了他的基本國策,不過秦始皇忍住不言不語,便要借此機會統一天下的意見。是以,他現在便要求各臣自述看法。李斯随即把矛頭指向“諸生”,他進一步向秦王獻言說：“古時候中原混亂，沒有人會統一，是以諸侯亂作，歸根結底就以古非今，惑亂人心。如今陛下奪天下，位極人尊。而士子多專擅書卷,反政,朝廷内心懷不滿,民中借古諷今,若不加以嚴禁,則國威必不長盛。李斯由一人推舉到一類人,由一類人推舉到一類人做事,由事推舉到詩書,随後又出列一表奏請秦始皇公布焚書禁令。這項建議中飽秦始皇之懷,于是下令焚書,中國古文化史上空前的一場浩劫開始了。
根據李斯建議，秦始皇向全國釋出“焚書令”：凡秦國以外的史籍，除了博士館分享的《詩》《書》《百家語》的書之外，其餘全部焚毀,醫藥、蔔筮、農耕類書,都不予焚毀;若有再談詩書者“棄市”。“以古非今者族”,如官知而不揭發則以刑,對未按焚書令三十天内拒焚者一律處以黥刑。
鹹陽城内的一把火揭開了秦始皇焚毀文明的大幕；這把火在全國各地熊熊燃燒。首先燒毀了除《秦記》以外的國家曆史檔案，不到30天，民間大部分的“違禁”書籍化為了灰燼，隻有皇家圖書館保留了一套比較完整的藏書。但是焚書的大火、嚴厲的法令沒有完全驚醒當時的全部儒生,他們也盡力珍藏這本書。
如果說，焚書是由朝廷大臣争議引起的一次書厄，那麼，坑儒卻是因皇帝的迷信造成的一場人禍。秦始皇怕死是很出名的，他非常迷信，在妄想世代為帝的同時，也異想天開希冀長生不老，千方百計想尋找使人長生不死的藥。
除了坑殺于鹹陽的460餘人外，同時還谪遷了一批人至北方邊地。事情發生後，秦始皇的長子扶蘇進谏說：“天下初定，遠方的黔首還沒有安下心來，諸位先生都誦法孔子，陛下重法繩之，臣恐天下不安。望陛下三思。”秦始皇怒扶蘇多嘴，把他轟出鹹陽，讓他到北邊的上郡（今陝西榆林東南）去執行監軍任務。儒家書生依據儒學思想，批評譏諷秦王朝兇惡的朝政，更為秦始皇深惡痛絕，早欲除之後快。是以，秦始皇轉移矛頭，拿無辜的儒生出氣，進行反擊迫害，并不為奇。
然而曆史的發展不因秦始皇倒行逆施而改變,秦始皇焚書三年,坑儒兩年,他本人卻病逝于沙丘。這位幻想長生不老的一代霸主,一生不過五十歲便夭折了,他試圖“以傳千世”的龐大王朝,也“亡于第二世”。倒是被他百般摧殘的道家學說和儒家學說反而具有超強的生命力，燒不盡、坑不死，從稍後的漢王朝起，就取得了中國社會觀念上的統治地位，曆經數千年而不衰。
焚書坑儒是秦始皇為了鞏固大秦帝國萬世一系的皇權統治而在文化及意識形态領域中實行專制統治、統一思想、鞏固政權所采取的措施，這種做法是殘暴的，也是愚蠢的，焚書坑儒并未真正起到鞏固秦王朝王權統治的目的，反而加速了它的覆亡！