Rosetta概覽
Rosetta軟體包括用于蛋白質結構的計算模組化和分析的算法。它使計算生物學取得了顯着的科學進步，包括從頭進行蛋白質設計，酶設計，分子對接以及生物大分子和大分子複合物的結構預測。
所有非商業使用者均可免費使用Rosetta，商業使用者可付費使用Rosetta。
Rosetta的開發始于華盛頓大學David Baker博士的實驗室，作為結構預測工具，但從那時起，它就已經适應解決常見的計算大分子問題。
Rosetta的開發已從華盛頓大學擴充到RosettaCommons的成員，該成員包括政府實驗室，研究所，研究中心和合作夥伴公司。
Rosetta社群對該軟體有許多目标，例如：
了解大分子互相作用
設計定制分子
開發有效的方式來搜尋構象和序列空間
為各種生物分子表征找到廣泛有用的能量函數
Rosetta協定
Rosetta提供一個靈活的功能庫來完成各種生物分子模組化任務。這些庫定義的基本任務和操作作為算法被組合在一起，稱之為“Protocols”，每種Protocols都使用Rosetta的靈活分子模組化庫來完成特定的模組化任務。這些協定可以用作獨立單元，也可以将它們連結在一起以完成更複雜的任務，方法是連續使用不同的應用程式，或者在通用架構内組合Protocols。
Rosetta算法能夠對多種生物分子系統進行預測、設計和分析，包括蛋白質，RNA，DNA，肽，小分子以及非規範或衍生氨基酸。一些協定更改/評估單個單體單元的内部結構（環重塑，雙鍊折疊），而其他協定則模組化/評估兩個獨立單體之間的互相作用（蛋白質-蛋白質對接，蛋白質-肽對接，蛋白質-配體對接）。這些協定中的許多協定都可以合并來自各種實驗結果的資料，包括X射線，NMR和EPR。Rosetta協定涵蓋了一系列範圍，從局部環路重塑到完整結構設計，從單個單體到生物分子互相作用再到超分子複合物。
Rosetta使用方式
Command Line Interface（指令行互動）
指令行界面是Rosetta的原始形式，仍然是使用Rosetta的最常用方法。由于大分子模組化的複雜性和消耗，Rosetta通常在分布式叢集超級計算機上通過簡單的指令行界面運作。Rosetta提供了許多不同的可執行檔案，每個可執行檔案都用于解決不同的高分子模組化問題。
PyRosetta
Rosetta提供了一組Python接口，這些接口提供了Python程式設計語言通路，修改和擴充Rosetta C ++對象的能力。PyRosetta非常适合通過組合現有教程或編寫新的Movers 和得分項來建立新協定。PyRosetta非常适合在該領域教學入門材料，以及快速制作新思想和新協定的原型。
PyRosetta Toolkit
PyRosetta工具包是一個基于PyRosetta建構的Rosetta軟體套件的圖形使用者界面，用于設定Rosetta檔案類型，分析結果，運作方案以及執行許多其他分子模組化和設計任務。它與PyRosetta一起分發。該代碼使用Tkinter API用Python編寫，該API與Python本身一起分發。這樣，很容易添加新的菜單，視窗和功能來幫助您進行自己的模組化和設計。PyRosetta工具包由Dunbrack實驗室的Jared Adolf-Bryfogle開發。
RosettaScripts
RosettaScripts是一個XML腳本接口，允許使用者混合和比對Rosetta協定，以根據自己的确切需求定制功能強大的協定。RosettaScripts并沒有涵蓋PyRosetta，但是它是Rosetta的标準C ++建構的一部分。是以，直接在大型超級計算機和分布式計算環境（例如BOINC）上使用RosettaScripts即可。确實，許多内部使用Rosetta都是通過RosettaScripts進行的，并且某些協定僅以其收集的對象和XML腳本的形式存在，而不是以獨立的可執行檔案的形式存在。
GUIs（圖形使用者界面）
Rosetta沒有經典的圖形使用者界面。但是，許多開發人員都以更具互動性的方式簡化了使用Rosetta的過程。
Servers（伺服器）